戴笠在得知军统局裁撤已成定局的情况下，主要谋求改当的职务就是“海军总司令”，为此甚至单方面拉拢美国人帮他说话，堕机身亡之前，就是去青岛拜会美军太平洋舰队司令。“戴老板”如此觊觎的位置，显然级别必须合适自己的身份，抗战中期他已经能与胡宗南、汤恩伯等战区头目拜把子平起平坐了。
不过蒋某人断然拒绝了美方的说项：特务就是特务，奴才就是奴才，还想抓军权？作梦！某种意义上， 这很可能也是戴笠意外死亡的一个因素。因为在那个年代，海空军的数量虽然不是很多，却属于稀罕而重要的军种，一定要掌握在蒋的黄埔嫡系手中。
比如空军最初的老大毛邦初，那是蒋氏原配夫人的族侄，之后掌权的王叔铭和周至柔，也都是黄埔一期的嫡系将领。抗战胜利后海军总司令陈绍宽辞职，而兼任这一职务的则是中央军头号亲信陈诚（军事委员会军政部长），1948年5月的继任者则是黄埔一期的桂永清，两大军种的总司令资历和出身，惊人的一致。
从组织架构上说，抗战胜利军事委员会改组为“南京国防部”以后，本部下设陆军总司令部（顾祝同）、海军总司令部（参谋总长陈诚兼）、空军总司令部（王叔铭副总司令）和联勤总司令部（郭忏）。本部直接指挥各战区（绥靖公署或剿总司令部等），因此军种和战区并无直接隶属关系，但级别又比战区略低。
因为这会的黄埔一期生除胡宗南外，都还坐不上战区老大的位置，资历略显不足，军衔多数刚到中将。而战区的头头像卫立煌、傅作义、阎锡山、刘峙、白崇禧之流，都算是黄埔生的师执辈，军衔也基本为二级或者一级上将，差着一格呢，另外战区指挥的陆军数量也很庞大，权重明显不同。
比如解放战争爆发前，蒋军拥有的陆军共有86个整编师（军）约200万人，二线的非正规部队约和特种兵110万人，而另外两大军种的空军是16万人以及海军3万人，另有后勤部队、军事机关和院校约101万人，总兵力约为430万人（我方军队总数约为127万人）。可以发现，海空军的兵力比例还是很低的，当然军种情况有其一定特殊性。
所以第一层的结论是，军种与战区属于平行而非直接上下级的关系，但是由于陆海空三军具体的情况不同，军种司令部的级别比战区司令部要低上半格。不过在那个年代，蒋系空军和海军可是牛的不行，因为地位超然，加之是妥妥的嫡系，所以在实际作战中经常不配合陆军，后者也无可奈何，告也告不赢的。
在1948年平津战役的张家口作战中，蒋系空军就因为疏于观察误炸了傅作义部第35军第102师二团，炸死白姓营长一名和士兵数十人，而这个白营长还是第35军军长郭景云的老连长，从此郭军长对空军恨之入骨，然却无可奈何，因为连傅作义也无权处置。
郭景云当时只能破口大骂：“飞机又炸自己人啦，编号是905，我已向空军总司令部发电追问，飞机上也有八路了，这仗怎么打”？
当然，海空军也在蒋军的战败逃跑中确实起到了重大的作用，毕竟我军当时的海空力量几乎是零。比如辽沈战役中在营口逃跑的刘玉章第52军，平津战役中在塘沽逃跑的侯镜如兵团，上海战役中逃跑的汤恩伯部队，都是依靠海军的协助才溜掉的。而敌人若没有海空军，那么三野金门战役的历史就得改写，薛岳就得在海南岛被四野生俘。
至于如今我军的军种和战区关系，众所周知的原因只能简单介绍下，由于海空两个军种在现代化战争中的比重增加，其规模和地位有很大提升，在未来作战中遂行：联合总参谋部同时指挥各战区、各军种司令部的体制，而各战区也建立了二级军种司令部，接受联合总参谋部和战区的双重指挥。