当地时间6月25日，日本奥运大臣丸川珠代表示，访日乌干达奥运代表团中一成员抵日后在成田机场确诊新冠肺炎，系感染新冠变异病毒德尔塔毒株。代表团中另外一人在赛前集训地检测出新冠病毒阳性，第二名感染者具体是感染何种病毒，日方将申请进行进一步检测。
乌干达奥运代表团一行9人于6月19日抵达日本。在成田机场接受检疫时，其中1名成员新冠病毒检测结果呈阳性，后隔离疗养。检测结果呈阴性的其余8人直接前往位于大阪府泉佐野市的赛前集训地。22日，其余8人全部被认定为密切接触者。经对22日采集的样本实施核酸检测后，23日确认其中另1人感染了新冠病毒。目前乌干达奥运代表团共有2人确诊新冠肺炎。