洪森出生在磅占，是六个孩子中的第三个。洪森的家族是富有的潮州华人地主，洪森也因此继承了一些家族资产，包括几公顷土地。他一直过着相对舒适的生活，直到一次绑架事件迫使他们一家变卖了大部分资产。13岁时，洪森离开家人，到金边的一所修道院上学。
洪森的父亲洪恩曾在甘邦占省当地的一个庙里当过和尚，后来脱了僧服加入了法国抵抗运动。可能是基因的影响，洪森后来受到越共在柬埔寨革命思想感染，也投身革命。1970年朗诺把西哈努克赶下台后，他放弃了自己的学业加入了红色高棉。加入红色高棉后，他再次更改了自己的名字，这次改为洪萨姆拉赫（Hun Samrach），以掩盖自己的身份。两年后，他改名为洪森;他后来说，洪萨姆拉赫这个名字不太吉利，在他使用这个名字期间，他曾多次受伤。
洪森随红色高棉掌权，并在民主柬埔寨(红色高棉政府时期的国名)东部地区担任营长。1977年，在红色高棉政权的内部清洗期间，洪森和他的营干部逃到了越南。当越南准备入侵柬埔寨时，洪森成为越南支持的反政府军和新政府的领导人之一。红色高棉政权失败后，洪森于1979年被任命为越南建立的柬埔寨共和国的副总理兼外交部长。
作为外交部长和首相，洪森在1991年的巴黎和谈中发挥了关键作用，促成了柬埔寨的和平。在此期间，拉那烈（西哈努克的次子）称他为“越南人的独眼走狗”。洪森一直担任总理，直到1993年联合国发起的选举，导致了一个无多数议会。在与奉辛比克党进行了激烈的谈判后，洪森被接受为第二总理，与拉那烈一起执政。
1997年，由于拉那烈和洪森之间的紧张关系，联合政府受到动摇。保皇派奉辛比克党开始与剩余的红色高棉叛军进行谈判，目的是吸收他们加入联合政府。1980年代，奉辛比克党曾与红色高棉结盟，反对越南支持的洪森政府。这样的局势发展将会改变保皇党和洪森的柬埔寨人民党之间的军事力量平衡。
（拉那烈）
作为回应，洪森发动了1997年的柬埔寨政变，扶持奉辛比克党的翁霍取代拉那烈成为总理，并保持了他作为副总理的地位，这种情况一直持续到1998年柬埔寨人民党赢得选举，之后洪森成为柬埔寨唯一的总理。在那一年里，媒体把他描绘成柬埔寨的强者。他后来说，这言过其实，1997年7月的军事政变只是对金边的准军事无政府状态采取的行动。国际特赦组织曾谴责洪森对政敌进行“有系统的逮捕和骚扰”。
2003年7月的柬埔寨的选举引起了广泛的争议，洪森的人民党在议会中获得了较大的多数席位，奉辛比克党的席位输给了人民党和桑兰西党。然而，柬埔寨人民党的多数票还没有达到宪法规定的单独组建政府所需的三分之二，只能与其他小党组成联合政府。这一僵局在2004年中期被打破，洪森才再次成为唯一的总理。
洪森被认为亲越南的原因：
与洪森的个人经历有关洪森的一些政治对手过去曾指责洪森是越南的傀儡。这是因为洪森在越南军事占领期间，在越南建立的政府中的地位，以及他是柬埔寨人民党（现称柬埔寨人）中的重要人物。从1979年到1993年的选举，柬埔寨一直是由越南军事占领下支持的柬埔寨人民党掌权的国家。但洪森和他的支持者反对这样的指控，说他只代表柬埔寨人民。
不过洪森政府负责在2007-2008年间将柬埔寨45%的土地出租给外国投资者，威胁超过15万柬埔寨人被驱逐。柬埔寨的土地出售洪森在《2009年全球见证柬埔寨报告》中涉嫌与柬埔寨石油财富和矿产资源有关的腐败。他和他的密友被指控与有利害关系的私人团体进行秘密谈判，从那些的人那里收取金钱，作为回报，这些人将被授予开采国家资源的权利。而这些外国投资者不乏有越南人的背景，被外界视为有利益输送或者亲越的嫌疑。不过这一指控的可信度受到了柬埔寨政府官员，特别是洪森总理本人的质疑和否认。但是越南在柬埔寨撤军后，其影响在柬埔寨还是存在，这也是近水楼台先得月，越南不可能彻底放弃其在柬埔寨的国家利益，只不过从之前的军事干预转变为资本控制。
洪森除了母语是高棉语外，还会说一口流利的越南语。很多柬埔寨人都会说越南语，这和柬埔寨在历史上曾被法国殖民的历史有关。在近代的法属印度支那中，其殖民的范围就包括现在的部分柬埔寨地区。在法国殖民时期，越南和柬埔寨几乎为一体，几百年的殖民统治下，都是天涯沦落人，柬埔寨人对越南具有天然的亲切感，洪森亲越也就不难理解了。
这正是由于法属印度支那曾囊括了柬埔寨的部分领土，越南在赶跑了法国殖民者后，作为前法属印度支那的扛把子，就主张越南理应继承法属印度支那的疆域。于是信心膨胀的越南就贸然出兵柬埔寨，在柬埔寨实行了军事统治，试图吞并柬埔寨。
尽管越南出兵柬埔寨有自己的私心，但是从客观上推翻了残暴的红色高棉政权。虽然当时的柬埔寨不愿承认是越南将其从红色高棉中解救出来，但是实际上让很多柬埔寨人脱离了红色高棉的反人类苦海。越南在红色高棉失去民心后才得以迅速占领柬埔寨。这和二战时期日本从东南亚国家赶跑外国殖民者是一样的效果，柬埔寨人至今对越南人这段入侵历史并不反感，反而还心存感激。只有当时被推翻的柬埔寨政权下的既得利益者才对此口诛笔伐，拉那烈在巴黎对洪森的辱骂也就可以理解了。
柬埔寨结束内战后，仍是世界最贫穷的国家之一。柬埔寨是全世界在其境内大部分区域还住着茅草屋的原始生活的国家之一，有60%的柬埔寨人口受到过教育。在柬埔寨的乡村中，一户人一年只能赚到500美金左右，若遇到旱灾洪涝等自然灾害则锐减到一户收入只有125美金左右，而且由于基础水利设施缺乏，干旱洪涝灾害频繁。柬埔寨的每10个新生儿就有1个活不过5岁，大多死于营养不良或者疾病。
柬埔寨想扭转这一形势，也只有通过改革开放，吸引外资才能获得国家发展的第一笔原始资本。作为邻国的越南在富裕之后，由于语言沟通比较顺畅，是柬埔寨极力抱大腿的原因之一。对于柬埔寨来说，无论是谁执政，越南这个金主是必须得拉住的，洪森与越南也就一拍即合，没有理由会拒绝越南的资金。
而且柬埔寨长期与泰国在柏威夏古寺存在边境冲突，由于越南在中南半岛的军事实力还是能镇得住场面。在东盟的架构下曾多次调解柬埔寨和泰国的军事冲突，柬埔寨需要越南为其说话撑腰。这对于柬埔寨来说，越南是一个可以交好的对象，以至于不让柬埔寨四面都是强敌。而越南在柬埔寨的投资和国家利益，也会让他们成为利益共同体捆绑在一起，越南若站在柬埔寨一边，柬泰的实力差距就会瞬间改变。
综上所述，洪森被指亲越，是其政敌的酸葡萄心理，谁也无法改变越南在柬埔寨的影响力。小国在国际博弈中要想在夹缝中生存，必须要牺牲自己选边站的利益。反正都是得抱大腿，洪森当然是选择大腿粗的抱住，只要抱住大腿的国家实力够，亲谁也是亲，没有本质的区别。正所谓弱国无外交，洪森也只能择良木而栖。