巴列维国王的专制统治激化了国内的政治、经济、宗教和社会矛盾，最终导致爆发了1979年的伊斯兰革命。这次革命后伊朗建立了世界上第一个伊斯兰共和政体，伊朗库尔德问题也进入了新的发展阶段。
1979年3月份，新政府同意在库尔德斯坦省实行有限的自治，保障库尔德人的权利，还第一次任命库尔德人担任省长。为了改善当地人民的经济和生活水平，霍梅尼特意向库尔德斯坦省拨付全国一天的石油收入——大约7500万美元。
伊斯兰革命所创造的宽松氛围位库尔德民族主义者十分活跃，他们在政治上形成三大主力：库尔德民主党、库尔德斯坦劳动者革命组织(库尔德复兴党)和马哈巴德的逊尼派宗教人士谢赫·伊兹丁·胡塞尼一派。
1979年3月，库尔德民主党在马哈巴德公开恢复活动，宣布承认德黑兰的伊斯兰政府，并以库尔德代表的身份向霍梅尼递交自治计划。库尔德民主党领导人加塞姆卢告诉霍梅尼：“由于伊朗的许多团体都受到压制，所以最好的方法是建立联邦制……自治或联邦的结构，绝不会危害伊朗的统一和内部凝聚。”这是库尔德民族主义第一次向伊斯兰政权正式提出政治自治的要求。
但是，这份自治请求遭到了霍梅尼的拒绝。他认为，族群认同不应成为妨碍穆斯林团结的理由：“讲不同语言的穆斯林之间根本没有区别，比如阿拉伯人和波斯人。非常可能的是，这一问题是那些阻止穆斯林国家实现统一的人制造的。……他们（世俗主义者）制造了民族主义、泛伊朗主义、泛突厥主义等各种问题和主义，都违背了伊斯兰的精神。”
霍梅尼把自治看作是谋求独立的前奏，因此，尽管库尔德民族主义者再三否认有独立企图，伊朗政府仍于1979年4月起，提高了对他们的防范。
霍梅尼请库尔德人一起“拯救我们的国家，把我们的全部精力转向以美国为首的真正敌人”，要求他们通过克制，共同维护国内稳定。
但是库尔德人依旧坚持自治要求，要求承认各族群、宗教的独立性。与此同时，部分库尔德武装开始与政府军发生冲突。
1979年8月18日，霍梅尼下令革命卫队进攻被库尔德武装控制的帕维赫镇。霍梅尼随后下令对“不信教的库尔德斯坦人”发动圣战，禁止所有库尔德政治组织活动，解除了部分库尔德人的政治职务，取消了加塞姆卢和谢赫伊泽丁·侯赛尼的宪法专家委员会成员资格，宣布二人是伊斯兰共和国的敌人，谴责库尔德民主党是“撒旦党”。霍梅尼用武装部队总司令的名义，下令摧毁库尔德武装，称“如果24小时内得不到好消息，将追究军队和民兵司令的责任”。伊朗政府军遂动用眼镜蛇直升机和坦克等重型武器进行激战，于3天后完全控制了帕维赫周围地区。接着向西挺进，在9月份夺回了多数库尔德城市。但库尔德武装仍在广大农村活动。战斗造成了上万人死亡，大量库尔德村庄被毁灭，数千名库尔德人被革命法庭判处绞刑，伊斯兰革命法庭的首席法官阿亚图拉拉萨迪克·哈勒哈里因此被称为“绞刑法官”。
伊朗政府开展舆论宣传，指责库尔德民主党在外国支持下反对中央政府，企图将库尔德斯坦省从伊朗分离，宣布取缔该党，号召逊尼派宗教人士与政府军合作，交出叛乱分子。霍梅尼同时宣布了对民族主义和左派的政策，“没有库尔德问题，只有共产党问题。”
库尔德民主党试图通过与政府的较量，扩大在库尔德人中的影响。12月3日，伊朗举行新宪法全民公投，库尔德民主党号召库尔德人进行抵制。结果库尔德斯坦省只有不到一半的人参加了投票，人们还和警察发生了冲突。尽管如此，新宪法仍通过了全民公决。新宪法承认伊朗国内有少数族群，但后者不包括库尔德穆斯林，而是指基督教徒、犹太教徒和琐罗亚斯德教徒等少数教派。伊朗政府认为，所有穆斯林都是伊斯兰共同体的成员，因此无需将库尔德人与国内其他穆斯林区分开来。
新宪法公投结束后，霍梅尼表示愿意继续谈判，要求库尔德民主党准备一份少数族群地位问题的计划。但双方的谈判在裁军问题上陷人了僵局：政府方面要求库尔德民主党解除游击队武装，以此为继续谈判的前提条件；库尔德民主党拒绝接受这一要求，警告政府不能用暴力解决问题。
1980年9月，两伊战争爆发，伊朗往库尔德地区大举增兵，一方面阻止伊拉克的进攻，另一方面趁机控制库尔德地区。1983年10月，政府军发起“黎明四号”行动，占领了所有战略高地，库尔德民主党和库尔德游击队控制地区全部落入革命卫队之手。1984年，库尔德民主党武装被赶出伊朗境内，进入伊拉克。
同时，伊朗政府还从什叶派的库尔德部落中招募民兵，组建了“伊斯兰敢死队”，类似于土耳其的乡村卫队，专门对付库尔德游击队。
1980年议会选举后，库尔德民主党再次分裂。1981年冬，分裂后的库尔德民主党加入了总部设在巴黎的伊朗全国抵抗大会，但由于它主张与政府进行谈判，遭到了其他派别的抨击，被迫退出。
库尔德民主党开始尝试在控制区内搞自治活动，它建立了政府，出版库尔德语的教材，设立电台，播放库尔德语、阿塞拜疆语和波斯语的广播节目。同时，民主党为扩张实力，还与其他库尔德党派争夺地盘，为此与库尔德复兴党发生了军事冲突，造成数百人死亡。
1984年1月，库尔德民主党第四次代表大会召开，会议承认该党在军事上遭遇挫折，决定控制游击战规模、避免与政府军正面冲突、重新与伊拉克政府合作，并获准在边境的伊拉克一侧设立总部。1988年两伊停战，加塞姆卢失去了伊拉克的支持，只好同意继续与德黑兰进行自治问题的谈判。12月30-31日，加塞姆卢与伊朗政府代表在维也纳秘密会谈。次年1月19-20日又进行了第二次会谈。1989年6月霍梅尼去世，伊朗政府中的强硬派势力抬头，降低了库尔德民族主义与政府达成和解的可能。1989年7月13日，加塞姆卢及其欧洲代表噶德里·阿扎尔在维也纳被人暗杀。调查显示，伊朗情报部门卷入了这起暗杀事件。事后，奥地利政府向已经离境的两名伊朗外交官发出了逮捕令。3年后，1992年9月18日，在柏林，加塞姆卢的继任者穆罕默德·萨达克·沙夫坎尼又被暗杀，据说凶手同样是奉了伊朗政府高官的命令。
接连发生的暗杀事件让库尔德民主党陷入混乱，但也更加坚定了它通过非暴力方式寻求解决库尔德问题，满足库尔德人要求的政治意愿。