1979年，时任伊拉克总统贝克尔因病退休，二号人物萨达姆开始全面掌握大权，尽管在这之前，他已是伊拉克最有实力的人物。1978年和1979年萨达姆就在为建立自己的绝对统治做准备，先后逮捕了数万名反对政府的人，其中有191人因“阴谋反对革命”而被处决。
在萨达姆正式成为伊拉克总统后，立即枪决了21名高级军官和复兴党干部，进一步巩固了自己的统治。1980年9月17日，萨达姆宣布：“阿拉伯河在名义上和事实上应是伊拉克的和阿拉伯的。”5天之后的9月22日，伊拉克军队就打进了伊境内，两伊战争全面爆发。
战争的前两年，这是伊拉克大规模进攻时期，伊拉克军队一度攻入伊朗境内十多公里。港口霍拉姆沙赫尔以及胡齐斯坦省的阿巴丹市均被伊拉克占领。两伊交锋的霍拉姆沙赫尔堪称是波斯湾的斯大林格勒血战。战争结束后，整座城市到处残垣断壁、瓦砾遍布尸骸，交战双方都遭遇了巨大的人员伤亡。虽然伊拉克占领了这座城市，但是耗时太久，为了伊朗动员集结部队，筹划反击赢得了时间。
到了1982-1984年，伊朗开始了大规模的反攻。一些军事行动，如“斋月”行动，采取人海战术，给伊拉克以巨大的杀伤。1982年6月，伊拉克宣布单方面停火，遭到伊朗拒绝。同年7月，伊朗军队收复霍拉姆沙赫尔，并在前线南段首次打进伊拉克巴土拉地区。伊拉克开始使用化学武器和着重打经济战争。德黑兰则扬言要关闭霍尔木兹海峡并控制了伊拉克南部沼泽地的马季农岛
1984-1987年:“石油战”和”袭城战”爆发，被伊拉克人击中的第一艘油船是沙特阿拉伯的。伊朗的石油平台，特别是哈尔克岛输油管终点站的石油平台，也成了袭击的目标。德黑兰首批飞毛腿导弹袭击，伊朗人攻占法奥半岛，在库尔德斯坦地区发动一次大规模进攻，曾一度停止的“人海”战术在1987年初又开始了。
1987年-1988年，因不满科威特对伊拉克进行援助，对其进行了报复行动。1988年7月3日，美国“文森斯”号巡洋舰同5艘伊朗舰艇发生战斗，击落了伊朗航空公司的一架空客飞机，机上290人遇难。半个月后，伊朗最高领袖霍梅尼接受联合国第598号决议。8月20日两伊正式停火，打了8年的战争终于结束了。
这场旷日持久的战争，双方都付出了巨大的代价。伊拉克伤亡超过40万人，伊朗更严重，伤亡近100万，仅首都德黑兰就有20万女性成了寡妇。为什么伊朗的伤亡比伊拉克还严重？
这个比例是容易解释的：面对伊拉克的先进武器，德黑兰把无数“志愿兵”派往前线。宗教的信念和欲望往在代替了军事训练，据美国人估计，光是1987年1月份伊朗的进攻就造成45000人死伤，使伊拉克方面在5个星期内死伤20000人。
按照80年代末物价计算，战争还造成了两国4200多亿美元的破坏、石油收入损失和投资损失。1984年，处于困境的萨达姆把经济战放在优先地位，他派空军袭击伊朗哈尔克岛、锡里岛和拉腊克岛三个输油管终点站，伊朗原油出口下降50％。德兰进行回击，袭击伊拉克的盟国科威风特和沙特阿拉伯的海上运输。在这种“油船战”中，有546艘船只被打毁或打坏。
数以千计的村庄遭到了战火的摧毁，战后的恢复工作举步维艰，两国都欠下了巨额债务。伊拉克在战前还有370亿美元外汇储备，战争结束后居然倒欠西方和海湾国家700亿美元外债。伊朗新政权承自巴列维王朝，经济发达，军事力量雄厚。在革命之前从美国进口了近700亿美元的军火武器。战争爆发后，消耗很快，伊朗外汇储备很快告罄。所幸的是战争期间，国际油价高涨，伊朗可以靠着石油出口所得支撑战争。尽管如此，战争结束时，伊朗依然欠下了450亿美元的债务。
两伊战争造成了两个国家经济起码倒退20年，伊朗本打算到80年代末，经济发展接近法国水平，没想到八年战争几乎打回到蒸汽时代。这场战争，双方都不是赢家，反而是向两国卖武器的军火商们赚个盆满钵满！