消息人士称，纳土纳群岛周边海域此次爆发的冲突，进一步激化了越南与印度尼西亚之间的矛盾，越南被扣押的三艘渔船上有26名船员，印尼当局并没有释放这些违法人员。此事发生之后，白宫相关人士暗示印尼此举闯下了大祸，他们的行为破坏了美国在南部海域的计划。
印尼负责人佐科上台之后，他想要将印尼发展成为海上强国，所以印尼当局在处理涉及海洋问题的时候，态度十分的强硬。越南、印度尼西亚、马拉西亚三个国家一直都有领土领海纠纷，这样的纠纷从荷兰殖民者控制纳土纳群岛的时候就已经出现。为了整治越南渔船的越境打捞行为，印尼海事部门的巡逻船只要发现越南渔船，他们就会扣押对方的渔船，而这些被扣押的渔船直接由印尼军方处理。此前，印尼就通过炸弹，炸毁了几百艘越南被扣押的渔船。
分析人士认为，印度尼西亚这次的举动，出乎了所有人的预料，因为越南刚刚获得美国的支持，于情于理印尼都会给越南留点面子。但是，印尼此次却直接出动军舰扣押越南船只，他们这样的行为丝毫没有给美国留面子。结合此前纳印尼方面对于南部海域问题的表态，分析人士推断印度尼西亚当局不想倒向美国一面，印尼负责人希望通过这种制衡的方式，来赢得两大国为他们提供的各种援助与经济合作机会。
受到地理环境因素的影响，越南与印度尼西亚的海军水平并不高，由于印度尼西亚与美国的合作时间很长，所以他们得到了很多美国的军事武器援助。虽然越南近年来装备了俄罗斯的轻型军舰，但是其整体海军实力相比于马拉西亚要弱一些，而印尼却也无法在其它军事领域战胜越南，毕竟越南是硬抗过美国进攻的国家。
从7月初开始，美军航母战斗群频频出现在南部海域，五角大楼这样的行动安排，是为了强化自己对于亚太地区的控制。为了师出有名，美国想要拿南部海域归属问题做文章。但是，菲律宾、印尼等国对于美国的暗示一直都视而不见，虽然美国成功拉拢了越南，但是美方最想要拉拢的还是菲律宾与印尼这两个国家。