在自上而下的变革背景下，基层军工科研单位的传统发展环境日趋狭窄。因不同时期对军工科研生产能力的需求不均衡，长期保有高需求期水平的专有军工体系成本过高。而军民结合、寓军于民被认为是更好的解决办法，既有利于国民经济，也符合军方长期利益——全部工业体系皆可军用且成本很低。随着我国民用工业体系的发展，这个进程正在加快。典型的自上而下变革反映在国家军工采购思路和办法的变化上，军工科研单位在这一进程中的直接感受是费用越来越低、竞争逐渐加剧，传统发展环境日趋狭窄。
产业化发展，是主动应变的理性之路。企业化发展（依靠竞争性服务能力、按照市场化方式运营），以及向国民经济领域延伸关联服务范围，是军工单位应对军工体系变革的必然选择。而作为科研院所，企业化发展的做法除具有很多共性方面之外，产业化发展是其中最具有整体带动意义的院级层面的战略性工作。军工科研院所进行科研产业一体化发展，是国家军民结合体系的微观对应。
良好的发展模式是避免产业化发展误区的关键。创新型企业的资源和能力构成是“强科研 强产业”。当前，我国一些生产型工业集团公司通过构造科研创新体系，在原来“强产业”基础上构造“强科研”，以向创新型企业转型；与此同时，很多科研院所通过产业化发展，在原“强科研”基础上构造“强产业”，是从另一个路径向创新型企业转型——因此长期看，产业化发展是军工院所向创新型企业转型的战略主线，也符合国家的变革取向。
但在军民结合体系未实际形成之前，可能会在过程中面临这样的矛盾：长期看上级主体必须鼓励科研院所产业化发展，但产业化发展过程中又可能影响到军工任务。该矛盾反映在各类上级管理主体的行为上，在不同情境下他们就会做出不一致、甚至相反的强调。——很多军工科研院所因此对产业化政策产生困惑、行动犹豫（详细探讨见《军民融合：寻求军工科研院所体制改革的突破逻辑》一文）。
实际上这只是“产业化发展模式”问题，是方式问题，不是方向问题。在军民结合体系未实际形成并发挥功能之前，作为军工科研院所，研究院产业化发展的目的不可能经济优先，而应该将产业化发展看成是形成强大军工科研和军工生产能力的方式——通过科研能力和产业化能力的相互强化实现更加强大的军工服务能力。如果因产业化影响了科研，则有悖于向创新型企业发展的目标；如果因产业化影响了军工任务，则有悖于产业化发展的阶段性目的。
从世界范围看，“强科研 强产业”的创新型企业很多，它们的存在早已证明科研和产业化发展并非是天然矛盾。只是在转型过程中，科研院所必须处理好产业化发展的模式问题，否则很容易陷入产业化发展的“陷阱”——产业公司小、散、乱，发展缓慢；科研人员受干扰严重，发展基础遭侵蚀（详细探讨见《军工科研院所产业化Ⅱ：以组织模式为主要承载，系统解决产业化发展模式问题》一文）。