哥斯拉与金刚将在《哥斯拉大战金刚》展开一场史诗级的终极之战，金刚与它的保护者，踏上危险的旅程，寻找它真正的家园，同行的还有跟它一样出身于骷髅岛的小孤女吉雅，她与金刚间有着独特且强大的联系，但他们意外与愤怒的哥斯拉狭路相逢，并在全球引发一片腥风血雨。
当两大巨兽争锋相对的同时，各自也拥有致力于保护它们生存和安全的人类角色，赋予怪兽人性化的关系，也让剧情充满温暖人性、幽默欢笑。
【哥斯拉大战金刚】剧情分成两条故事线：「挺金刚」、「挺哥斯拉」，也将人类角色分成两方人马，各自跟着各自的怪兽发展，故事到最后交集在一起。「挺金刚」的一方有纳森林德博士(亚历山大史柯斯嘉饰)、艾琳安德鲁博士(蕾贝卡霍尔饰)、小孤女吉雅(凯莉霍特尔饰)，他们努力保护金刚的生存和安全，在一旁随行，支援金刚与哥斯拉抗衡；
「挺哥斯拉」的另一方则是麦迪森罗素(蜜莉芭比布朗饰)、伯尼海斯(布莱恩泰瑞亨利饰)、乔许瓦伦谭(朱利安丹尼森饰)，他们踏上冒险旅程、抽丝剥茧，试着找出哥斯拉大肆攻击的原因，而不是伤害它。
两大巨兽在大银幕上争锋相对是前所未见的，对于导演亚当温高德而言，这让他执导这部电影变得分外有趣，他表示这部电影最重要的事情之一，就是将哥斯拉和金刚如同真实的角色一样对待，让观众有机会透过怪兽的视角来体验这场世纪终极对决。
片中演员也被问及在这场世纪对决中挺谁称王？达米安毕契尔、艾莎冈萨雷、凯莉霍特尔、朱利安丹尼森、亚历山大史柯斯嘉都是「挺金刚」的一方，朱利安丹尼森认为「金刚是大猴子，而且猴子很酷！」。「挺哥斯拉」代表是小栗旬、米莉芭比布朗，小栗旬表示：「好难选，但身为日本人，一定是挺哥斯拉！」