回鹘原来是北亚的游牧汗国，唐文宗开成五年(840年)时，回鹘的别将句录莫贺乘内乱之机，勾结黠戛斯阿热可汗合兵十万攻杀回鹘可汗，“焚其牙帐荡尽，回鹘诸部逃散”，大部分回鹘人向西迁徙。一支迁到葱岭以西，一支迁到河西走廊，一支迁到西州(今新疆吐鲁番)。西州回鹘又向西发展其中一支占据古高昌国就是唐西州地区，史称西州回鹘或高昌回鹘，一称高昌。高昌最初臣属于辽，宋初之后又向宋朝贡，辽宋灭亡又贡奉于金。
据《宋史·高昌传》记载，“高昌即西州也。其地南距于阗，西南距大食、波斯，西距西天步路涉、雪山、葱岭，皆数千里。”实际上，高昌回鹘王国的疆域，东过哈密，与西夏邻接;西过拜城，与喀喇汗王朝为邻;南至塔克拉玛干沙漠，其南为喀喇汗王朝辖地;北至古尔班通古斯沙漠，其北其西分别为辽朝和喀喇汗王朝所控制。
981年，高昌回鹘可汗始称“阿厮兰汗”，意为“狮子王”，并于同年向宋遣使朝贡。宋朝也派供奉官王延德和殿前承旨白勋回访高昌。
1130年，耶律大石西征时，曾假道高昌，高昌王毕勒哥对他热情款待，并表示愿意作其部属。耶律大石到达中亚的阿姆河中下游，打败称雄这里的花拉子模等部，建立西辽政权(国外史学界有时又称为“喀喇契丹”或“黑契丹”)。1132年，耶律大石率军南下，再次进入高昌。高昌归附西辽。
高昌成了西辽的附庸以后，受到了西辽的残酷欺压。西辽皇帝直鲁古派驻高昌的少监等官“对亦都护和他的将官百般凌辱.撕毁他们的荣誉面纱;因此他成为贵族和平民共同憎恨的对象”。这样，不仅高昌的群众对西辽不满，就是亦都护与西辽官员的矛盾也日益激化。
1209年，高昌亦都护巴而术·阿而忒的斤听到成吉思汗崛起的威名，下令杀死西辽派来的少监等官，宣布脱离西辽王朝的统治，准备归附蒙古。恰巧这时成吉思汗派遣使臣按力不也和奴答拜到达高昌，巴而术·阿而忒的斤喜出望外，便派官员别吉思和阿邻帖木儿朝觐成吉思汗，并表示“自今而后，愿率部众为臣仆。
1211年，巴而术·阿而忒的斤到怯绿连河(今蒙古国克鲁伦河)朝觐成吉思汗。成吉思汗非常高兴，不仅认他为自己的第五个儿子，而且还将自己的女儿阿勒阿勒屯许配给巴而术·阿而忒的斤，《元史》称此女为“公主也立安敦”。这是蒙元与高昌回鹘的第一次和亲。
也就是说无论是成吉思汗还是巴而术·阿而忒的斤都对这次和亲很有诚意。成吉思汗之所以会主动提出把女儿嫁给巴而术阿而忒的斤，主要是奖赏巴而术·阿而忒的斤的最早归附。在蒙古王室中，对归附政权首领奖赏的重要标准之一，就是归附的顺序及是否抵抗。
元世祖忽必烈在至元七年(1270年)三月对高丽王所说的一段话就解释了这一标准：“汝内附在后，故班诸王下。我太祖时(高昌)亦都护先附，即令齿诸王上，阿思兰后附，故班其下，卿宜知之。”同时，高丽世子向元朝请求“尚主”和亲时，忽必烈仍没答应。而巴而术阿而忒的斤最早归附了蒙古，所以他得到了最高荣誉和最高地位，宠遇列于诸国之冠。
这也是巴而术·阿而忒的斤的忠诚感动了成吉思汗。不仅娶了公主，而且排在术赤、察合台、窝阔台、拖雷之后，成为成吉思汗的“第五个儿子”。
尽管蒙古和高昌双方都对这次和亲极有诚意，但因巴而术阿而忒的斤正妃妒忌心极强，并且专横霸道加以阻挠，阿勒阿勒屯公主在成吉思汗时期根本就无法出嫁。直到巴尔术·阿尔忒的斤的正妃死了，这时窝阔台即位，才开始商议公主下嫁事宜，决定把也立安敦公主嫁给亦都护，没过多久也立安敦公主也死了，之后不久，巴尔术·阿尔忒的斤也死了。看来这次和亲历时之久把三人都给拖死了，第一次和亲最终没能成功。
巴而术·阿而忒的斤死后，由他的长子怯失迈因嗣位。怯失迈因继承父亲的王位后到蒙古朝觐，窝阔台在位期间，窝阔台不仅把他册封为亦都护，而且还将阿刺真别吉公主许配给怯失迈因为妻，可惜的是这位怯失迈因的寿命很短，很快就死了，阿刺真别吉公主最后也未成婚。致使这次和亲也又没有成功，尽管也立安敦和阿刺真别吉由于某种原因实际并未出嫁，但蒙古和高昌已经许婚而确立的和亲关系，在巴而术·阿而忒的斤的后代中得以进一步加强。
怯失迈因死后，巴而术·阿而忒的斤的次子玉古伦赤继位;玉古伦赤死后，其子马木刺嗣位;马木刺死后，其子火赤哈儿的斤嗣位。由于连年的战事频繁，各位王的寿命都很短暂，直到1272年，窝阔台嫡孙海都扶植都哇为察合台汗，联合反对忽必烈。火赤哈儿的斤因在海都、卜思巴等人围攻高昌火州时表现出对元世祖忽必烈的赤胆忠心，以及收抚高昌散乱民众的得力措施，得到了忽必烈的极大奖赏，娶了已故元定宗皇帝贵由之女巴巴哈儿公主为妻。其实，火赤哈儿的斤在得到元朝公主的同时，也付出了沉重代价。《元史·巴而术·阿而忒的斤传》载：“十二年(1275年)，都哇、卜思巴等率兵十二万围火州，声言曰：‘阿只吉、奥鲁只诸王以三十万之众，犹不能抗我而自溃，尔敢以孤城当吾锋乎?’亦都护曰：‘吾闻忠臣不事二主，吾生以此城为家，死以此城为墓，终不能从尔也。’受围凡六月，不解。都哇以书系矢射城中日：‘我亦太祖皇帝诸孙，何以不附我?且尔祖尝尚公主矣。尔能以女与我，我则休兵;不然则急攻尔。’其民相与言曰：‘城中食且尽，力已困，都哇攻不止，则相与俱亡矣。’亦都护曰：‘吾岂惜一女而不以救民命乎!然吾终不能与之相见。’以其女也立亦黑迷失别吉，厚载以茵，引绳缒城下而与之，都哇解去。其后入朝，帝嘉其功，锡以重赏，妻以公主曰巴巴哈儿，定宗之女也。又赐钞十万锭以赈其民。”火赤哈儿的斤从北京回到高昌后，屯田于哈密力，后遭海都、都哇的袭击，力战而死。
火赤哈儿的斤战死的时侯，他的儿子纽林的斤尚处于幼年时期。为了向元朝请兵给父亲报仇雪恨，纽林的斤到北京朝觐元朝皇帝。元世祖对他的雄心壮志和胆量非常敬佩，赐给他“金币巨万”，并把太宗皇帝窝阔台的孙女不鲁罕公主嫁给他为妻。不鲁罕公主去世后，元世祖又将其妹八卜叉公主嫁给他。八卜叉公主与纽林的斤结合后，生两个儿子，长子叫帖木儿补化，次子叫钱吉。八卜叉公主病逝后，元朝皇帝又将元世祖孙安西王阿难答之女兀剌真公主嫁给纽林的斤为妻。
纽林的斤三次娶元朝公主为妻，使他对元朝更加忠心耿耿。纽林的斤先是按照元世祖的旨意，留在永昌。至元二十三年(1286年)，吐蕃脱思麻发生叛乱，元世祖任命纽林的斤为荣禄大夫平章政事，率领本部军万人前往镇守吐蕃宣慰司。纽林的斤为官清正，“威德明信，贼用敛迹，民赖以安”。纽林的斤在此镇守20余年，到元武宗时才把他召回永昌，嗣位亦都护，并赐给他“亦都护”金印。元仁宗即位不久，即封纽林的斤为高昌王，又赐给他“高昌王”印，同时规定“其王印行诸内郡，亦都护印行诸畏兀儿之境。”延祜五年(1318年)，纽林的斤死于永昌。
纽林的斤的长子帖木儿补化于大德中(1297—1307年)娶元太宗之子阔端的孙女朵尔只思蛮公主为妻。至大年间(1308一1311年)帖木儿补化从父入朝，留在宫中宿卫。后来到东朝为皇太后办事，以中奉大夫领大都护事。以后又出任巩昌等处都总帅达鲁花赤。纽林的斤死后，帖木儿补化请求将王爵让给其叔父钦察台，因其叔父力辞不就，帖木儿补化只好嗣位为亦都护、高昌王。
元至治中(1321—1323年)，帖木儿补化领甘肃诸军，仍治本部。天历元年(1328年)，帖木儿补化奉命进京，帮助元文宗协调帝位之争，因功被封为开府仪同三司，出任上柱国等职;次年，又被封为御史大夫。帖木儿补化不仅颇有雅量，而且也很能谦让。在他升职为宰相之后，便将王位让给他弟弟钱吉，由钱吉出任亦都护、高昌王。
帖木儿补化之子不答失里也与元朝有和亲关系。据叶盛《水东日记》卷27记载，不答失里曾娶阿哈也先忽都公主为妻。
以上是蒙元与高昌回鹘王国共有的六次和亲，有两次许婚因种种原因最终没有成婚。此外，火赤哈儿的斤也曾在察哈台汗国国主都哇的威逼下将女儿也立亦黑迷失别吉送给都哇，这种联姻虽在性质上与和亲不太一样，但也毕竟是两个不同民族政权之间的联姻。由此可以看出，蒙元与高昌的和亲属于世代联姻，这在中国古代和亲史上是比较少见的。