在传统的塔防游戏中，防御塔和怪物都只有属性值和外观，并不会有人物设定这种元素，毕竟它们只是一个道具，连"人"不能算。《明日方舟》这款新型的塔防游戏，把所有的防御塔拟人化，让他们拥有了自己的名字、拥有故事，并且拥有性格，玩家们在《明日方舟》里面不再只是记得一个个"防御塔"的属性数值，而是清楚的知道每一个角色的背后的故事，把塔防游戏玩成了卡牌游戏，或者说是让两种游戏结合起来，组成了《明日方舟》。但凡卡牌游戏中，都会有复杂的故事存在，让玩家们在故事里对每一位角色产生深刻的印象，也对故事的发展十分重视。
在玩家的分类里面有一个类型，叫作"剧情党"，这类玩家在游戏中对游戏的每一个剧情都非常熟悉，故事中的每一点细节都会注意到，尤其是在卡牌游戏里面，有些玩家可以利用故事的发展路线来推测新角色。一个优秀的游戏，会在故事中埋下很多的伏笔，为了接应游戏更新中推出的新角色，甚至会这条故事剧情线埋得很深，也就给了玩家们去细节中寻找线索的机会。《明日方舟》这款游戏的故事剧情就很值得推敲，无论是世界观的构建，还是角色之间的故事，都给人眼前一亮的感觉。
《明日方舟》游戏里的故事都是原创的故事情节，没有任何IP的移植，首先单凭"原创"这个元素就已经赢过很多游戏了。原创的故事有很多优势，玩家不知道故事的结局，或许连文案策划都不知道故事的结局，游戏只要一直还在更新，就无法知道最后的结局。由于故事的设定中有战争元素，每一个角色在故事中的生死是未知的，剧情党玩家们就像是在看一本连载小说，每一段故事都很值得期待。这就是原创的魅力，也是原创故事的优点。
热爱游戏的玩家们看过了太多的IP移植游戏，动漫移植、小说移植、影视剧移植等等，故事剧情脉络一清二楚的游戏，很难让玩家去游戏中挖掘什么，也没有什么可挖掘，有意义的东西早就在原作品里面表现过，这种"拿来主义"让游戏丧失可期待的故事性。《明日方舟》并非是游戏大厂出品的游戏，却得到了如此高的关注度，原创的故事的吸引力占据了很大一部分，没有人会不喜欢深刻的故事。
故事背景的看上去是高科技的未来时代，但是这并非是我们目前时间线上的未来，故事所发生的世界是创作者们凭空构建的一个世界，不是平行世界，而是一个想象中的虚拟世界。这个世界叫普拉世界，是一个科技水平发达，但是精神层面比较匮乏的世界，可以看作是反乌托邦的世界，这里的人们都会使用法术，但是需要依靠武器道具来进行施法，而制造武器道具的最重要的原材料"源石"，却逐渐出现了问题。
"源石"是这个世界上最重要的能源，可以说是支撑这个世界运转的唯一能源，而这个本来被赖以生存的能源却在逐渐腐蚀着人民，密切接触源石的人开始患上了矿石病。染上了矿石病的人会增强自身的法术，但同时在释放法术的时候也会加速矿石病的扩散，也会让自身的健康状况越来越差，进而走向死亡。人们无法离开源石，也无法治愈矿石病，无法阻止矿石病的传播，没有源石人们无法生活，利用源石人们无法存活，这成了一个无法解决的问题。
为了找到矿石病的产生的原因，人们从源石的来源开始研究，源石是随着天灾一起来到这个世界的，每当有特大的自然灾害产生后，就会在天灾肆虐的地区出现源石。而随着人们越来越深的研究，发现源石的存在反而会让天灾更加频繁，天灾带来源石，源石引来天灾，人们利用源石获得法术，源石使人们感染矿石病，这是一个闭塞的恶性循环，打破循环就会让世界停止运行，唯一的打破方式就是找出治疗矿石病的方式。
得了矿石病的人变成一种危险，他们获得了比常人高超的法术，被力量迷惑了心智，试图利用这种来历不明的力量占领这个本就满目疮痍的世界，甚至想要和源氏合二为一，再次增加自己的力量。源石让天灾变得频繁，理智的人类为了保存辛苦建立起来的文明，不惜让整个城市进行迁移，而感染者还在收集大量源石，不断的扩大感染范围。人类终究和人类站在了对立面，只是因为一种没有生命力的矿物质，也是因为被感染者对力量的盲目追求。
在这个混乱的世界里，依然还存在着一个善良的组织"罗德岛制药公司"，整个公司的研究人员都在为治疗矿石病做研究，希望可以找到治疗方法。并且他们无差别收治任何病患，给不愿意融合源石的感染者一个栖身之所，在罗德岛这里人人平等，所有的感染者和研究人员都是一样的，这也是这个乱世之中唯一一片净土了。有人在行凶作恶，就有人在救死扶伤，人类和人类站在了对立面，自相残杀的这种局面让人心痛。
游戏中设计玩家们拥有的角色为干员，是站在正常人类的一边，而游戏中的怪物就是别有用心的感染者。游戏本身还是一个塔防游戏，所以干员们的目的就是消灭每一个关卡里所有的感染者，治疗是给清醒的感染者们的待遇，而这些沉迷于力量的感染者只会落得如此下场。贪图力量、权利、金钱都是一样的，没有什么区别，都是一样的贪念。
有一部分人认为，人们在玩游戏的时候，最看重的是游戏的玩法，只要游戏好玩，就会有很多忠实的玩家。但是一个游戏的背景故事代表了一个游戏的内涵，也是游戏的根基，可以从故事里看出一个游戏的深度，没有厚重故事支撑的游戏，只不过是一个快餐品，让人无法产生高端的印象。故事剧情的精彩程度决定了一个游戏的格调，《明日方舟》原创的故事让玩家们感受到了游戏的诚意，玩家们在故事剧情中得到的感动，会成为玩家和游戏之间的羁绊，加深玩家和游戏之间的联系。