1368年朱元璋成功地“驅逐胡虜，恢復中華”，建立起了大明王朝。這是自唐代以後，中國主體疆域首次較完整地統一在主體民族所建立的政權之內。其間四、五百年的時間，歷經了五代、宋、元，新政權所面臨的內外形勢早已不同，對於明代地方行政來説，很難簡單地恢復過去的郡縣體制。
明初一段時間曾完全沿襲元代的行省制度。但元代粗線條的行省劃分，很容易導致地方統轄軍民過多，權力太大，不利於中央集權，很快中央朝廷就對此作出了調整。
明初繪製的《混一疆域歷代國都圖》
1376年（洪武九年）改元代行省為承宣布政使司，統轄天下各府州縣，主管一省的民政，上與中央六部直接對接；1370年（洪武三年）時於各省曾設置都衞，1375年改為都指揮使司，主管各省軍户衞所番漢諸軍，上聽命於兵部和五軍都督府；同時，又設置了提刑按察使司一職，主管各省的監察和司法，上聽命於刑部和都察院。
承宣布政使司是明代（以及清代）地方最高民政機構的正式官方名稱，但由於其名稱較長並且轄區和元代的行省區別不大，所以在大多數場合，仍然保留了元代“行省”的稱呼，簡稱省。
明代將省級政區的權力一分為三，都（指揮使司）、布（政使司）和按（察使司）三司，分管軍事、民政和監察，這顯然是借鑑了宋代地方政區一分為四的統治思路，其目的無非是抑制地方長官權力的膨脹，有利於權歸中央。
明代的兩京十三省
1380年（洪武十三年），朱元璋罷中書省，六部直屬皇帝，原屬中書省的轄區也直屬六部，稱為直隸。當時所謂的直隸，是指南京應天府（南京市）為中心的，包括今天江蘇、安徽兩省和上海市地區；永樂年間遷都順天府（北京市），直隸就改指包括今天北京市、天津市和河北省大部分地區。原來的直隸改稱南直隸。
到了宣德年間，全國的政區包括京師、南京和山西、山東、河南、陝西、四川、江西、湖廣（今湖南、湖北）、浙江、福建、廣東（含今海南省）、廣西、貴州、雲南，合稱“兩京十三布政使司”。
至於軍政系統的都（指揮使）司，大多與省相同，但在一些邊疆地區，實際情況是軍户多民户少，甚至沒有民户，一個都司鞭長莫及，所以分設幾個都司或行都司。明代一共有16都司、5行都司、2留守司。其中13個都司是與布政使司同名同治，還有三個是北直隸境內的萬全都司（治今宣化）、大寧都司（初治內蒙古寧城，後遷至保定）和屬於山東省的遼東都司（治今遼寧遼陽市）。
5個行都司分別是，陝西（治甘州衞，今張掖市）、四川（治建昌衞，今四川西昌市）、湖廣（治鄖陽衞，今湖北鄖縣）、福建（治建寧府，今建甌市）、山西（治大同府，今大同市）。2留守司是洪武年間設置於鳳陽府的中都留守司和嘉靖年間設置於承天府（今湖北鍾祥市）的興都留守司。
跨渤海灣的山東省，以及隸屬山東的遼東都司
都、布、按三司分立，三司同為封疆大吏，本意是避免地方權力過於集中，但在實際操作過程中，三權分立又導致了行政效率偏低，互相牽制互相推諉，這弊端到了多事之際的明代中晚期更顯突出。
於是，自宣德年間開始出現了中央六部或者都察院大臣，以“總督”“巡撫”的名義或臨時職銜前往地方，統籌地方三司。嘉靖以後，面對激增的內憂外患，地方三司體制顯然無法有效應對，全國開始普遍設置節制地方都、布、按三司的總督和巡撫。地方體制開始向總督巡撫制轉變，當然這一過程一直延續到清代才最終穩定。
另外，明代還有一類邊疆地區設置的都司，如著名的奴爾幹都司（統轄黑龍江、松花江流域和庫頁島）、烏斯藏、朵甘二都司（統轄青藏地區），這些都司屬於羈糜性質，與內地都司的設置和運作存在很大差異。
明代後期疆域圖
【來源：老唐閒談歷史】
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