噶爾丹確實打不過康熙皇帝，沒有別的，主要是噶爾丹的個人原因。
噶爾丹是也先的後代。也先就是那個在明朝的土木堡之變時打敗明朝五十萬大軍，捋走明英宗皇帝的那個人。也先當時是北元大汗脱脱不花的太師兼老丈人，他對蒙古一直由黃金家族統治深感不服，夢想建立一個非黃金家族的蒙古。他脱離了脱脱不花，自己建立了瓦剌蒙古，一度曾與黃金家族的韃靼蒙古並列稱雄。進入後金時代，也先的瓦剌變身為漠西蒙古衞拉特，而他的部落則成了衞拉特四部之一的準噶爾部。
在噶爾丹之前，準噶爾部還是很安分的，它只是衞拉特四部之一。而這個時候的衞拉特也早就不是也先的瓦剌了，而是由黃金家族的固始汗及其後代控制着。衞拉特當時由四部和一個小部組成，它們分別是和碩特部、準噶爾部、杜爾伯特部、土爾扈特部和小部落輝特部，其中的和碩特部是盟主。1676年（康熙十五年），噶爾丹擊敗和碩特部的鄂齊爾圖汗，又設法擠兑土爾扈特部，令後者不堪其擾，遠走伏爾加河流域。噶爾丹於是順勢把原來的衞拉特蒙古變成了準噶爾汗國。
噶爾丹最初的人生之路不是當大汗，而是一個活佛。他原來是準噶爾巴圖爾琿台吉的第六子，西藏尹咱呼圖克圖活佛圓寂之後，他被認定為第八世轉世靈童。所以他不到10歲就到拉薩，跟着班禪和達賴學佛法。成年之後一直生活在達賴身邊，用他自己的話説，他是在給達賴喇嘛當茶童。也因此，他深得五世達賴喇嘛的歡心，並與日後成為五世達賴喇嘛的大總管德斯·桑結嘉措成為同窗好友。但他本人對做職業僧侶沒有什麼興趣。他身上流淌着也先的血，自幼的理想就是當大汗，重歸他祖上的榮光。
1670年（康熙九年），噶爾丹的同父同母哥哥、準噶爾部首領僧格被殺，而僧格的四個兒子尚年幼，其中的大兒子策妄阿拉布坦才十歲多一點，最小的還在襁褓之中，沒有辦法繼承王位。噶爾丹認為這是上天給他的機會，他徵得五世達賴的同意後回到部族，率領着一幫西藏喇嘛，經過一番殺戮為他哥哥報了仇，同時成為新的準噶爾部族首領。
噶爾丹得位之初還是很有章法的。他先與最強的鄰居俄羅斯緊密勾結，西進滅哈薩克汗國，南下滅葉爾羌汗國，打敗西藏的宗主國和碩特汗國，稱雄西域。這時五世達賴不失時機地封他為博碩克圖汗。 康熙皇帝默認了噶爾丹在準噶爾的地位，但拒絕承認他博碩克圖汗的稱號。康熙皇帝認為五世達賴的敕封是一種僭越，只是這個時候朝廷正是平定三藩的關鍵時期，騰不出手來管這個事。
但沙俄卻很樂於見到噶爾丹找清廷的麻煩。1688年（康熙二十八年），噶爾丹在沙俄的支持下，率大軍越過杭愛山，進攻喀爾喀土謝圖汗部。這是準噶爾與清朝關係轉折的標誌。
噶爾丹進攻喀爾喀讓清廷無法容忍。因為此時蒙古喀爾喀部正在與沙皇俄國進行雅克薩之戰，噶爾丹背後捅刀子，使得清廷在尼布楚談判中喪失主動，已經出發的談判團隊不得不中途撤回。
這次戰爭中，噶爾丹率軍三萬，但由於喀爾喀部主力在與沙皇作戰，無暇顧及後方，加上噶爾丹提前派遣的一千多西藏喇嘛作內應，土謝圖汗倉促迎戰，初戰即失利。噶爾丹的騎兵乘勢擊潰車臣汗和扎薩克圖汗兩部，致使喀爾喀蒙古諸部蒙受空前浩劫，舉部內遷，“潰卒佈滿山谷，行五晝夜不絕”。
至此，康熙皇帝痛下決心，要徹底剿滅噶爾丹。正好這時三藩之亂已平，朝廷無所顧忌了。於是就有了康熙皇帝三次親征準噶爾丹。
説是三次親征，但關鍵的戰役只有兩次：烏蘭布通之戰和昭莫多之戰。
在此之前，噶爾丹一直都是很順利的，他自己的感覺是勢如破竹，鋭不可當。尤其是1689年（康熙二十九年）的烏爾會河之戰，噶爾丹大敗清軍，把兩萬清軍主力盡數殲滅，只有主帥阿爾尼逃回。噶爾丹乘勝擴大戰果，東進至烏珠穆沁（今內蒙錫林郭勒盟東北），形成了自西向東對整個蒙古高原的貫穿性打擊。
也就是從這裏開始，變成了噶爾丹和康熙皇帝個人的較量，噶爾丹完敗。
不少人認為，噶爾丹敗在武器裝備不如清廷，這是一種錯誤認知。其實，開戰之初，噶爾丹的武器裝備比清廷好很多。清廷遠離歐洲，它的武器裝備都當時從明朝那裏繼承的，包括最先進的鑄造開花大炮的技術。噶爾丹不同，他有地利之便。當時在西域各汗國的戰爭中，早就開始使用從俄羅斯傳過來的火器和大炮了，所以噶爾丹能夠直接接觸到從歐洲傳過來的先進武器裝備。尤其是沙俄有意利用噶爾丹對付大清，不遺餘力支持他，其實，噶爾丹每次東進攜帶的武器都比清廷先進，最後一次的昭莫多戰役噶爾丹甚至帶了6萬由歐洲最先進的前膛槍裝備的俄羅斯步兵。
噶爾丹的另一個有利條件是來自達賴喇嘛的支持。當時整個蒙古雖然信奉薩滿教，但到了明初黃教已經非常流行，整個蒙古的上層都開始信奉黃教，因此達賴喇嘛和班禪在蒙古很有影響力。
達賴喇嘛在中國歷史上對於祖國統一方面一直沒有起過好作用。當時的五世達賴與噶爾丹有師生之情，非常支持噶爾丹。到五世達賴圓寂後，他的大管家第巴·德斯·桑結嘉措更是噶爾丹的堅強後盾。五世達賴圓寂後，很長時間他秘不發喪，對外封鎖消息，尤其是對朝廷隱瞞拉藏汗已死的事實，同時阻撓五世達賴的轉世靈童倉央嘉措坐牀，以便繼續把持西藏事務。他把西藏大部分的喇嘛派到噶爾丹身邊當打手，成為噶爾丹身邊最得力的間諜和武裝力量。
噶爾丹之敗，敗在他不懂政治。另外他的對手太強大，他在西域比較強悍，但與康熙皇帝比，無論是政治還是軍事都是小兒科水平。
首先，噶爾丹沒有處理好與他的侄子策妄阿拉布坦的關係，給自己埋下了心腹大患。
策妄阿拉布坦是僧格的長子，也是準噶爾汗的法定繼承人。當年僧格被殺時，他和三個弟弟年幼，因此才被噶爾丹篡了位。到了噶爾丹與清廷決裂時，策妄阿拉布坦不僅成年了，還成為準噶爾歷史上最傑出的英才，一個不世出的梟雄。
早在噶爾丹的部隊與喀爾喀蒙古衝突之前，康熙就開始了策反策妄阿拉布坦的工作。這是真正懂政治，噶爾丹在這方面也懂一些，比如他與沙俄的勾結，但他做的很不充分，也很潦草。
其次，噶爾丹發起的對清廷的戰爭很不是時候，他的後方很不穩定，他也沒有可靠的後勤保障，在沒有大後方的情況下貿然發動戰爭，實屬不智。
另一邊的策妄阿拉布坦做夢都想滅了噶爾丹，所以與清廷一拍即合。於是，烏珠穆沁這邊一開戰，策妄阿拉布坦就端了噶爾丹的老巢。這一下，噶爾丹有家難回了。
噶爾丹一生中犯的最嚴重的錯誤就是沒有及時滅了策妄阿拉布坦。他不是不想滅他，而是太輕敵了。策妄阿拉布坦小的時候，他覺得他們兄弟對他威脅不大，沒有及時下手殺了他們。在策妄兄弟們成長時，他又過於小氣，處處設防，把他們推到自己的對立面上。另一方面他又沒有防到點子上，讓僧格的老部下老臣子還跟着策妄兄弟們，尤其是僧格最精鋭的部隊一直都在策妄的麾下。
1688年（康熙二十八年），噶爾丹進攻策妄阿拉布坦，策妄阿拉布坦不敵，帶着父親留給他的5000騎兵和數萬部眾逃亡。在博爾塔拉河一帶，策妄阿拉布坦設伏，一舉打敗噶爾丹，成功地跳出了噶爾丹的包圍圈。從此，策妄阿拉布坦成了噶爾丹的噩夢。
第三，噶爾丹的進軍戰略太簡單，太粗放。噶爾丹是個非常自負的人，第一次進攻喀爾喀蒙古時非常順利，這給了他一個錯覺：清軍不堪一擊。而且，他是直接翻越杭愛山，沿着蒙古高原的北麓進軍。他認為，幾百公里寬的蒙古大漠是天然屏障，清廷的軍隊不可能穿越寸草不生的大漠。噶爾丹打仗，沿用蒙古軍隊的老辦法，就是行軍時不攜帶後勤補給，在戰爭中用戰利品解決。這種方式適用於對手較弱時，而且是速戰速決那種。但清朝顯然不是這樣的對手，噶爾丹輕敵了。
烏蘭布通之戰是個遭遇戰。當噶爾丹已經到達烏珠穆沁時，清廷還沒有找到噶爾丹的具體位置。直到一個多月後才得到確切的消息。這是對清廷是個非常不利的局面。但康熙皇帝行動迅速，他在很短的時間裏動員了十萬大軍，兵分兩路，分別從古北口和喜峯口出發。 本來康熙皇帝是御駕親征，但剛出發時就得了瘧疾，只好返回北京。
就是康熙皇帝的缺席，才沒有打好這一仗。
烏蘭布通之戰的清軍主帥是康熙皇帝的哥哥、和碩裕親王撫遠大將軍福全，皇長子胤褆為副帥。康熙的弟弟、和碩恭親王常寧率另一路夾擊。
噶爾丹把戰場選在烏蘭布通山下的開闊地上，他用一千多頭駱駝布了一個駝城，每頭駱駝的四蹄被綁縛着，背上載有裝滿石塊的箱垛，上面蒙着打濕的毛氈。駝城戰法是從歐洲學來的，它脱胎於歐洲名將揚·傑士卡發明的車堡戰術，曾經被匈牙利、神羅、土耳其等歐洲強國效仿，威力強大。
噶爾丹憑藉着駝城戰法，加上他的火炮和從俄羅斯引進的前膛槍，讓清軍吃了很大的虧。國舅佟國維就在這一仗戰死。危機關頭，清軍只好用大炮轟，雙方對轟很久，最後噶爾丹彈藥不足，只好求和。
清軍主帥福全是個沒有城府的人，他想等常寧的軍隊到了以後再聚殲敵人，同意停戰。噶爾丹乘機連夜遠遁，逃出了生天。但他還是希望能夠在蒙古草原腹地重建他的輝煌。
1696年（康熙三十五年），噶爾丹進兵昭莫多。昭莫多在今天蒙古國首都烏蘭巴托以南地區，中間與內蒙隔着近千公里寬的大漠。噶爾丹認為清廷顧不了那麼遠的地方，而且如果清軍有異動，他正好以逸待勞。他這次帶了六萬俄羅斯鳥銃兵，勝券在握。
他想錯了。這一回康熙皇帝是御駕親征，非把他滅了不可。康熙皇帝又一次動員十萬大軍，分左中右三路進軍，直接穿越大漠。
與噶爾丹的輕率不同，康熙皇帝為了準備這次戰略決戰，提前三年在科爾沁和喀爾喀練兵，可以説準備充分，蓄勢待發。噶爾丹那邊一動身，這邊就迎頭趕上了。這次參戰的東路軍是從科爾沁和寧古塔出發的，雖然路程最遠，但卻最先抵達戰場。
噶爾丹萬沒想到康熙皇帝會御駕親征，加上情報工作嚴重滯後，在康熙皇帝大軍抵達戰場時，噶爾丹才如夢初醒。他事先一點準備也沒有，只好丟掉輜重，全力潰逃。於是，昭莫多之戰變成了追擊戰。
最後的結果是噶爾丹全軍覆沒，康熙皇帝徹底消滅了噶爾丹。噶爾丹隻身從戰場上逃了出來，部眾全部被殲，身邊只有區區幾個隨從。噶爾丹一路西逃，途中被告知他的老巢哈密被策妄阿拉布坦連鍋端了，於是一病不起，不久就服毒自殺了。
準噶爾從那時開始，進入策妄阿拉布坦時代。策妄阿拉布坦是個光芒四射的人，他和他的弟弟策零敦多布、兒子噶爾丹策零一起，開創了準噶爾的全盛時代，成為比噶爾丹更難對付的敵人。策妄阿拉布坦不僅幾倍地擴張了準噶爾的領土，而且成為清廷真正的強敵。我們現在所説的清廷與準噶爾的戰爭主要是指與策妄阿拉布坦和他兒子噶爾丹策零的戰爭，這些戰爭歷經幾十年，消耗了雍乾時代國家的主要財政收入，構成了雍正朝和乾隆朝對外戰爭的主旋律。
如果不是康熙皇帝滅了噶爾丹，策妄阿拉布坦也許不會有做大的那一天。歷史就是這麼弔詭，福兮禍兮，充滿了偶然性。