1699年2月，康熙皇帝又一次南下視察。
這是康熙皇帝即位以來第三次到南方視察，出發前，康熙皇帝發佈詔旨聲稱南下期間，“一切供給，由京備辦，勿擾民間。”
當年4月，康熙皇帝一行來到了江寧（今南京市）。在江寧期間，康熙皇帝不但舉行了盛大的閲兵儀式，還親自前往明孝陵，跪拜朱元璋。康熙皇帝為人謹慎，頭腦清醒，很少給人題字。但在耳聞目睹明朝故都的盛況後，康熙皇帝忍不住給朱元璋題了4個大字：“治隆唐宋”。
這是什麼意思呢？是説朱元璋的治理比唐朝、宋朝還要好，以至於明朝比唐朝、宋朝還要興隆。眾所周知，唐朝之強大、宋朝之富裕，在中國古代屬於拔尖的行列。由此可見，朱元璋在康熙皇帝心目中的地位。
事實上，康熙皇帝一生6次南下視察，其中有5次親自前往拜謁朱元璋陵墓。而且每次拜謁均行三跪九叩之禮。對清史稍有了解的人就知道，三跪九叩意味着什麼。因此，時人譽為“禮文隆渥，逾於常祀，是乃千古盛德之舉。”
康熙皇帝之所以多次拜謁朱元璋陵墓，大致有兩點原因。
一是獲得清朝政權的合法性和正當性。眾所周知，清朝是一個外來政權。外來政權如何獲得合法性和正當性？一個最簡便的辦法就是以前朝政權的繼承者自居。雖然清朝入關時，明朝已經因為崇禎皇帝自縊身亡而不復存在。但清朝統治者總是千方百計想和明朝發生聯繫。拜謁朱元璋陵墓，即為其具體實踐。
二是安撫廣大民眾，籠絡漢人精英。清朝入關後，由於錯誤地實行了“剃髮易服”政策，導致南方一帶對清朝發生激烈的抵抗。著名的“嘉定三屠”和“揚州十日”就發生在這段時間。在相當長的時間裏，南方還存在濃烈的反清情緒。康熙皇帝拜謁朱元璋陵墓，有助於減弱漢人的牴觸情緒，將漢人精英籠絡在清廷身邊，至少也不要成為潛在的抵抗者。
然而，值得注意的是，康熙皇帝一面給朱元璋掃墓，一面卻對他的子孫後代趕盡殺絕。
我們知道，清朝入關後，對明朝皇室極盡刻薄之能事，殘暴殺戮，絕不留情。歷史學者白新良、趙秉忠所撰寫的著作《清兵入關與明朝宗室》中，統計了一排令人觸目驚心的數字：從順治三年到順治八年，清朝殺戮的明朝皇室，郡王以上有名有姓者有50多人。對於他們的家室，清朝則是全部誅殺。因此，僅僅這5年就殺掉了1萬餘名明朝皇室。連李自成都沒有殺掉的崇禎皇帝3個皇子，最終都被清朝殺掉。
甚至到了康熙時期，清朝統治已經比較穩固，這樣的追捕殺戮還沒有停止。
崇禎皇帝第五子朱慈煥，在民間隱姓埋名，有幸逃過了清朝初期的殺戮，活到了70多歲。
1699年，就在康熙皇帝拜謁朱元璋陵墓，並題寫“治隆唐宋”4個大字後，還向大臣表示，要尋找一名朱元璋的後裔，管理明孝陵：“朕意欲訪察明代後裔，授以職銜，俾其世守祀事。”
朱慈煥不是傻子，當然不會真的跑出去接受康熙皇帝的這番“好意”，但他從此放鬆了警惕，自覺這輩子總算可以善始善終了。
然而，他老人家還是太天真了。
不久，朱慈煥請客吃飯時，喝多了酒，向一位老朋友透露了自己的身世。這可不得了。很快，消息就傳了出去。當時在浙江一帶組織反清復明的一念和尚獲悉後，迅速舉起朱慈煥的旗號。這把朱慈煥嚇得夠嗆，趕緊攜妻帶子逃之夭夭。
可是，“普天之下莫非王土”，清朝的網絡下朱慈煥又能逃得多遠？很快，朱慈煥和一個兒子被抓獲歸案，其餘6位家人均投繯自盡。
朱慈煥在審訊時，為自己辯護：“吾數十年來改易姓名，冀避禍耳……吾今年七十五歲，血氣已衰，鬚髮皆白，乃不反於三晉變亂之時，而反於清寧無事之日乎？且所謂謀反者，必佔據城池，積草屯糧，招軍買馬，打造盔甲，吾曾有一於此乎？”
對朱慈煥的辯護，康熙皇帝根本不屑一聽。他下諭旨稱：“朱三即王士元，著凌遲處死。伊子……俱着立斬。”於是，朱慈煥親眼看見自己的兒子被斬首後，又遭到凌遲之刑，在痛苦萬分中離開人世。
至此，崇禎皇帝的全部後代消滅殆盡。
【參考資料：《清史稿》《皇太子秘史》等】