窩闊台死後，汗位空懸長達五年，脱列哥那皇后本打算立自己的小兒子貴由作大汗，而拔都與貴由不和，拒絕參加選汗大會，不斷拖延時間，成吉思汗幼弟斡赤斤這時也領兵來爭汗位，內戰隨時可能爆發，而且朝政日益敗壞。在這樣的形勢下，唆魯禾帖尼率諸子參加大會，同意推舉貴由，穩定了動盪局勢
同時也使自己的聲望和權威得到進一步提高。但貴由即位後，一直怨恨拔都，通過種種方法，不斷排擠他，削弱他的力量。宋淳祐八年(公元1248年)初，貴由以葉迷立的氣候更適宜於他的病體為藉口，率領軍隊離開都城和林向西進發，其真實目的是討伐拔都這一點被唆魯禾帖尼洞察
她秘密派使者馳告拔都，請他作好準備，拔都立即起兵東進迎敵。拖雷家族和朮赤家族經過這件事後關係更加密切，形成了反對窩闊台系的聯盟。三月，貴由在西行途中死去，傳説是被拔都毒死，從當時形勢看，拔都已在欽察草原立國，似乎沒有爭奪汗位的意圖，並且實際上他也不可能取得汗位
汗位的合法候選人應是窩闊台後裔。拖雷家族雖有幼子宗支的特殊地位，並且實力維厚，但要取代窩闊台系，則需要藉助各支宗王的支持。這次會見，加強了朮赤系和拖雷系的團結，他們決定了共同的汗位人選。拔都對蒙哥的到來非常歡迎，他念在與拖雷系的交情，並且與窩闊台系諸王有矛盾，故此決定推選蒙哥為汗。
他稱讚蒙哥才能非凡，並且指出窩闊台系諸王違背父命立貴由；他還責備他們不應該把成吉思汗最寵愛的幼女處死，因此，他們不能繼承汗位。貴由死後二年(公元1249年)推選新汗的庫裏勒台在阿刺豁馬黑召開
與會者除朮赤雷兩系諸王外，還有窩闊台系的合丹以及察合台系的合刺旭列。會上出現了一面倒的形勢，但爭論還是十分激烈。當拔都發言宜布推舉蒙哥後，斡兀立海迷失的使者八刺立即反對説：“過去宗指定皇孫失烈門為維承人，請王百官都知道這件事。
如今失烈門還活着，若你們不把皇位讓給他，你們準備將失烈門置於何地?“蒙哥的異母弟木哥反駁説：“太宗的命令，誰敢違背?然而前次議立定宗，完全是由皇后脱列忽那同你們一手操級，那麼是你們先違背了太宗的命令，現在又能責怪誰呢?”
八刺頓時碰口無言，由此，蒙哥順利地獲得庫裏勒台的推選拔都派他的兄弟別兒哥、脱哈帖木兒護送蒙哥返回斡難怯綠連，準備來年正式舉行登基大典，同時也等待窩闊台系下諸王忽察、失烈門、腦忽，察合台系下不裏，也速蒙哥、也孫脱哈參加。
雙方為爭奪寶座繼續進行着激烈的鬥爭窩闊台、察合台兩系諸王接連不斷向拔都遣使，反對大會的決定，拒絕出席登基大典。窩闊台系諸王説：“你怎麼能把應歸屬我們的汗位授予他人?”
拔都答覆道：“推選是兄弟的一致意見，已經無從更改。蒙哥有治國才能，而且，他會照顧窩闊台系諸王的利益，因為治理如此一個從東至西的大帝國，決非孩提之輩力所能及。
“使者只好無功面返魯禾帖尼也加緊她的活動。她不斷對他人給子恩惠，大肆收買人心，並邀請親友們參庫裏勒台，對她不友好的諸王，她一開始則施展懷柔手段，向他們派遺使者，表達她的誠意和關懷，要他們站在她一方。
這招行不通之後，她又採取軟硬兼施的辦法，温言撫慰和威脅恐嚇交替年過去了，協議仍沒有達成，登基大典只好延期舉行。最後，擁立蒙哥的諸王在斡難怯綠連集會，派遺襲刺門必閒赤去見的兀立海迷失及其子，派遺阿蘭答兒必鬧赤去見也速蒙哥，要他們馬上來參加大會，迫於大勢，忽察、腦忽、失烈門、也孫脱哈等相繼動身出發，但他們故意拖拖拉拉，落在後面。
預定日期已過，他們仍沒有到達，別兒哥遺使向拔都請示辦法，拔都回答説擁蒙哥登基，蒙哥即位，窩闊台系對蒙古的統治至此宜告結束窩台系諸王滅裏、合丹以及察合台系的合刺旭烈，在大典後前去向蒙哥祝賀，蒙哥接待了他們。
滅裏、合丹是窩闊台庶出之子，即使汗位留在窩闊台系內，他們也沒資格繼承，因此他們不願得罪蒙哥。合刺旭烈為了從其叔也速蒙哥手中奪回察合台封地，也只有投靠蒙哥，支持蒙窩闊台系的蒙哥也都參加了大典。蒙哥都是貴由弟闊端之子，但是，峻魯禾帖尼別吉曾拉攏過闊端。
有一次，窩闊台把兩個原屬拖雷的遜都思部兵賜給端，拖雷系下大將對此非常氣憤要向窩間台抗議，但被咬魯禾帖尼制止，他們趁機向端表示友好，所以闊端及其家屬與唆魯不帖尼和他的兒子們並沒有成為敵人蒙哥爭得帝位後，兩大支系間的矛盾並未解決。
對於珊來遲的腦忽、失烈門、不裏，也速蒙哥、火者等人，蒙哥早有戒心，決心剷除異已，克辭傑的告變帶來了契機。其經過是這樣：失烈門和腦忽的底盤離大會的地址最近。蒙哥宮廷的一個名叫克薛傑的腐人，他的一頭母驢丟了他便四處尋找，闖人兩王的營地，發現有武器藏在作朝賀用的車輛中。
他進一步打聽到他們想趁朝賀之機，發動政變，情急之下，他馬不停蹄地趕了三天的路程，向蒙哥告發此事。蒙哥命忙哥撒兒立即率兵包圍兩王，把他們連同他們的手下全部抓了起來，然後命尚未到來的諸王忽察及其母的兀立海速失、不裏、也速蒙哥及其妻脱合失投案自首。
為了防備察合台系諸王的進攻，以不憐吉和十萬人馬在別失八里至哈刺和林一線駐防，與駐守海押立的弘吉蘭王子相呼應。諸王被迫前去，然後被全部拘留拔都當場處死了不裏，合刺地烈當着也速蒙哥的面活活踢死了其妻脱合失，合刺旭烈重新獲得察合台封地的統治權，但不幸的是他在途中便死了。
後來，合刺旭烈的寡要斡兒吉納奉蒙哥殺死了也速蒙哥，其餘諸王遭流放，失烈門後來跟隨忽必烈南征，被投入河中死去眸兀立海失始終不肯歸案。她回答蒙哥説：“諸王曾立下文書，説王位應由窩闊台系繼承，你等現在卻食言與他的後人為敵”
蒙哥聽後大為惱怒，下令説：“成吉思汗之諸弟合撒兒、剪赤斤，別裏古台的妻子均來朝賀，但的幾立海速失沒有到來。若珊宣，鎮海、合答、八刺立人為帝或皇后，他們將不會有好下場。”的兀立海迷失被捕後，送給咬魯禾帖尼，忙哥微兒對她進行審訊。她的衣服被剎光，地説：“我的身體僅能呈露於皇帝一人前，其他人怎敢窺見?”按照蒙古的習慣作法，她最後被要在子裏，扔進河中。
蒙哥在答覆聖路易九世的信中，你她比狗還賤。共烈門之母合管也被處死貴由的三位大臣：師傅合答、丞相鎮海、書記八刺，前二人被捕處死，合答因為地位和資格都很高，所以他是被單獨捕殺。鎮海是畏兀兒人，他和另一大臣答失蠻長期敵對，被交給答失蠻處死。
八刺也是畏兀兒人，為反對蒙哥登基，他和畏吾亦都護密謀準備舉事，但事情敗露，他們被判死刑。在行刑那天，正好咬魯禾帖尼別吉生病，為替她祈福，朝廷赦免了當天受刑者，八剌也就撿了一條活命！窩闊台和察合台兩系的臣屬也大部分被處死，被殺者共有七十七人，兩系遭到這次毀滅性打擊後，從此再也沒有什麼大的作為。
蒙哥登基後，作為眾汗之汗的大位，就由窩闊台系，轉移到了拖雷一系。而由此造成的成吉思汗子孫之間的分裂也到了無法彌補的地步。
大蒙古帝國的同實質上已經名存實亡，各大汗國開始各自為政，割據一方拔都推選蒙哥，固然有個人恩怨；但是，他以長兄身份，又擁有優勢兵力，完全可以繼承汗位，但他沒有自取寶座，而是推舉比他年輕的蒙哥，表明他並不是一個野心家，他還是在為蒙古帝國的前途着想。
在推選蒙哥的庫裏勒台上，他指出了蒙哥適宜治國的種種才能。同時，他在回答窩闊台系諸王的覆信中指出，蒙哥即位將不會損害窩闊台系的利益，因為治理如此一個從東到西的大帝國，非孩提之輩力所能及。這已經超出了純粹個人恩怨的範圍
因此，拔都受到大多數蒙古人的尊敬蒙哥為人嚴謹，他的登基暫時平息了蒙古宮廷內的長期鬥爭。他整飭朝政，重委官吏，繼續東征西討，把蒙古帝國從危亡中拯救出來，並得到鞏固和發展，為忽必烈滅宋以及旭烈兀平哈里發奠定了基礎。他從窩闊台系手中奪取政權，對蒙古帝國來説，具有進步意義。
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