崇禎皇帝朱由檢在當信王時，對於魏忠賢的惡行，就已經有所耳聞。因此，當他被皇兄召入宮中傳位時，魏忠賢就成了他要考慮的首要問題。朱由檢以信王入承大統，等待他的是：“毒霧迷空，荊棘遍地，以孑身出入於刀鋒劍鏈之中”雖被閹黨勢力所包圍，但年輕的崇禎皇帝處變不驚，靜觀其變。
魏忠賢面對一朝天子一朝臣的局勢變化，有所收斂。在以往的大典中，魏忠賢都會頭戴公候級別的簪纓，名曰“貂蟬冠”。但這次崇禎的上位大典，魏忠賢本分地換上四品補子的太監禮服。顯然，魏忠賢希望以這種低姿態換取崇禎的信任，以此保住既得利益。崇禎依舊不動聲色，而魏忠賢則畢恭畢敬，諂媚奉承。兩人都在相互試探，並回避衝突。崇禎正式繼位後，對魏忠賢表面上繼續優待，大致沿用皇兄對他的態度，使其放鬆緊惕。但對於魏忠賢的黨羽，崇禎已經開始着手處理。
崇禎剛入宮時，身邊伺候他的人大多都是魏忠賢的勢力。崇禎將這些人分批次撤換，並調來自己信王府的潛邸舊人：“信邸承奉，盡易以新銜，入內供事——《烈皇小識》”這樣就擺脱了魏忠賢的監視，身邊聚集一批可信之人，也讓自己的安全得到保障。與此同時，魏忠賢的親信則被崇禎以各種藉口清理。比如像裴有聲、李朝歌、王秉恭等人，都是魏黨骨幹，有的被明升暗降，換成閒職，有的則被“告老還鄉”。崇禎還有一個極其關鍵的措施，即“遣散內丁”。這是一支由魏忠賢直接調動的，由宦官組建的宮廷武裝。這隻武裝經常在宮廷操練，能夠很快地執行任務。他們就住在宮廷，皇帝就在他們的包圍圈，一旦作亂，後果不堪設想。因此，崇禎將他們遣散，既穩定了宮廷，又讓魏忠賢失去了作亂的籌碼。
魏忠賢掌管的東廠，是他最重要的陣地。東廠是一個臭名昭著的特務機構，從明成祖時成立以來，其勢力就越來越大。臣子都稱魏忠賢為廠臣，以表示尊敬。依據慣例，魏忠賢應的地位在掌印太監王體乾之後，但王體乾為了“表忠心”，主動讓魏忠賢在自己之前。兩人狼狽為奸，排除異己，還發明許多酷刑。許多大臣，受不了他們的嚴刑，當場歸西。有一天，崇禎問道此事，魏忠賢不敢言語，王體乾回答那些臣子罪有應得。崇禎出言責備，魏忠賢不敢出聲，只是高呼萬歲。
對魏忠賢而言，崇禎的這次責備，代表着一種信號，皇帝的態度開始轉變了。表面上看，皇帝還是對自己很客氣，誰又能想到他什麼時候一不高興，就會大開殺戒。眼看崇禎的皇位一天天穩固，魏忠賢已經沒有力量將其扳倒。於是，他準備以退為進，向崇禎提出辭職。這是魏忠賢對崇禎的試探，如果崇禎不批准，那就説明他還是信任自己的；如果崇禎批准，那就證明崇禎對自己不再信任。崇禎看出魏忠賢的那點花花腸子，便拒絕了他的辭呈，説自己剛剛上位不久，還需要廠臣協助，以安天下。另外，還對他進行一番安撫，勸其盡心盡力，不要多想。魏忠賢看到崇禎的“信任”，因而暫時安心下來。
王體乾看到魏忠賢的辭呈未被批准，於是依葫蘆畫瓢，也提出辭職，也被崇禎否決。這些跡象似乎表明，崇禎對魏黨並沒有起疑心，他們依舊作威作福。他們不知道的是，崇禎比他們想象中的厲害。在行動之前，崇禎對魏忠賢極力安撫。魏忠賢的侄子魏良卿已被封為太師寧國公，魏良卿的兒子魏鵬翼還是嬰兒就被崇禎封為少師安平伯。此外，為了消除魏忠賢的戒備心，崇禎還賞賜魏忠賢的侄兒與侄孫丹書鐵券。經過一段時間的觀察與試探，魏忠賢已經放鬆了警覺，但崇禎卻發現他其實是一隻紙老虎，徒有其表。
繼位兩個月後，崇禎決定下手了，他先讓臣子彈劾魏忠賢，長久以來對魏忠賢的各種不滿像火山一樣噴發，彈劾魏忠賢的奏摺堆滿了御前。1627年十一月初一，崇禎發佈公告，將魏忠賢定性為大惡之人：“朕聞去惡務盡，馭世之大權；人臣無將……朕思忠賢等不止窺攘名器，紊亂刑章，將我祖宗蓄積……本當寸磔，念梓宮在殯，姑置鳳陽”一紙政令，魏忠賢只得捲鋪蓋走人。然而，他沒走幾天，崇禎就來了一招斬草除根。十一月初六，得知皇帝的意思，魏忠賢南行的路上自我了斷。曾經風光無限的九千歲，還是被年輕的崇禎一腳踢翻。
魏忠賢在得意時，眾多小人對其趨之若鶩，那一刻，他已經埋下了禍端。他的成功是建立在剷除忠良的基礎之上，他的品德不配他的高位，眾人對其敢怒不敢言。魏忠賢享受吹溜拍馬，但沒有改變自己目光短淺的現實。他對自己的定位沒有一個清醒的認知，他的權力是建立在沙灘上的樓閣，只是皇權的延伸，如果沒有皇帝的支持，他實際上什麼也不是。他從未想過皇帝態度變化之後，自己將會何去何從。
其實，魏忠賢的團隊，不乏聰明之人，他們知道魏忠賢的致命缺陷，那就是皇帝遲早會歸西。一旦天啓皇帝去世，魏忠賢這座大廈就會人去樓空，甚至轟然倒塌。因此，他們也多次勸説，趁着鼎盛之時，乾脆取而代之。然而，魏忠賢自詡為大忠之人，從未想過如此不忠之事。等到被崇禎拿下，魏忠賢后悔也為時已晚。秋媚説：談笑之間，魏忠賢就被崇禎灰飛煙滅，一來是新天子樹立皇威的需要；二來是魏忠賢的行為樹敵太多，已經天理難容。天子昏庸不作為，皇權旁落，才有魏忠賢宦官專權的機會。魏忠賢只是皇帝放飛的風箏而已，收與放都由皇帝説了算。