當時追擊李自成的清朝靖遠大將軍阿濟格給朝廷的報告説，李自成兵力潰散，僅帶親信20人竄入九宮山中，被村民圍困，無法脱逃，自縊而死。他派人前去驗屍，而屍體已經腐爛，無法辨認了。還有一個根據是，南明王朝駐湘將領兵部尚書何騰蛟給唐王的報告稱，他的部眾已將李自成斬於九宮山下，只是丟了首級。但是，這個“遇難”説卻難以令人相信。因為李自成雄才大略，驍勇非常，一直是官府的死敵。
無疑，他是清王朝或南明王朝統治者心目中的大患，他的生死絕對是當時的重大事件。而阿濟格報告中説是“屍朽莫辨”，純屬浮誇不實，清王朝怎能相信？何騰蛟的報告簡直就是馬後一炮，謊報戰功，南明王朝也不會相信。特別值得一提的是，李自成退居湖湘時，他的手下還有40餘萬兵馬，駐九宮山一帶至少也有數萬人，説他僅帶20名親信與事實明顯不符。況且，如果李自成真的被殺，他的幾十萬大軍豈能善罷甘休？九宮山能平靜嗎？
然而，事實上，當時九宮山很平靜，那幾十萬大軍也很平靜。那麼，為什麼有“遇難”之説，而且在民間廣泛流傳？據推測，這是李自成與其部下放的煙幕彈，是一個緩兵之計。一方面，揚言李自成已死，可以打消南明王朝對這支大軍的敵意，下一步可能聯合抗清；另一方面，使清王朝以為，心腹之患已除，放鬆警惕，一旦時機成熟，李自成可東山再起。也有人説李自成在夾山寺隱居。據説，清朝初年，即將上任的雲南同知張瓊伯在赴任途中，遊訪石門夾山寺，與寺中方丈談古論今，頗為投緣，相見恨晚，視為知己。幾年後，他又重訪夾山寺，方丈已死。
悼念之中，方丈的徒弟告訴他：那方丈就是威震天下的闖王李自成，在九宮山替死的是他的部將孫某。乾隆初年，澧州知州何某親赴夾山寺調查李自成的下落，在寺中他親眼見過一幅李自成的畫像，據稱，叫“奉天玉和尚”。1981年，在石門夾山寺發現了奉天玉和尚墓。據考察，在一個瓷壇中盛的遺骨，與李自成身材相近。墓中陪葬物與李自成家鄉陝西米脂縣的習俗相同。但這一説法仍有不同意見。
有人説，奉天玉和尚墓的發現，只能説明石門夾山寺確實有奉天玉和尚這個人，並不能證明奉天玉和尚就是李自成。又有人説，李自成生前左眼曾受箭傷失明，但李自成畫像卻雙目炯炯有神，以此證明，奉天玉和尚不是李自成。因而，李自成隱居於夾山寺一説，也成不了定論。李自成的生死之謎至今仍成為史學家探討不休的事。
奉天玉大和尚究竟是兵敗後的李自成還是李自敬？其實在李自成死後被擁戴為大順皇帝的李自成弟弟李自敬更有可能。
李自敬，李自成三弟，在李自成死後繼位（一説被自成手下推舉）。尊李自成為先皇，率領李自成部下抗清，敗後不知行蹤。《明史》也記載，李自成死於湖北通城。大順軍餘部稱李自成為先帝，其妻高氏為太后，李錦推舉李自成三弟李自敬為首領。
第一，李自敬也是行蹤不明。
第二，李自敬和李自成年齡差別不大，長相口音相似，習俗一致，也算是大順皇帝的繼承者，使用皇族口氣和用品也比較合理，這點和考古資料相符。
第三，關於奉天玉大和尚一些難以解釋的謎團如果是李自敬的話就説的通了。
1、進入夾山寺的時間，和李自成失蹤時間相隔了七八年。事實是李自成死後，其侄子李過擁立李自敬繼位，後來投降殘明，在廣西一代堅持抗清，直到七八年 後才被基本剿滅，此時，李自敬可能由廣西進入四川最後到達夾山寺。
2、大順軍在李自成死後失去了統一指揮。李自敬是李過推選出來的，並沒有得到所有大順軍餘部認可，李自敬沒有李自成的能力和威望，這就解釋了大順軍在李自成死亡後迅速瓦解的原因。
3、和清朝官員的交往很多人認為李自成面貌特徵明顯，為何沒有被清朝官員認出。而當時流傳下來的奉天玉大和尚畫像，眼部也沒有箭傷，但有人稱很像李自成。如果是李自敬的話，就比較合理。
另一方面，李自敬本身並不是非常重要的人物。當時清朝剛剛統治全國，實行了很多收攏人心的政策其中之一，就是對前朝不重要的貴族或者大臣比較寬容。當時很多人出家或當道士（比如大畫家朱耷）朝廷也不再追究。李自敬雖然繼承大順皇帝，但是主要兵權在李過等將領手中，他的影響力有限。
後來，他重修寺院的時候，清朝官員們未必不懷疑他的身份，而當時四川局勢並不穩定，他們捐錢捐物可能也是一種拉攏或者監視。其實，他的同時代人就已經明確表示他和大順政權有關了。
第四，關於野拂
奉天玉大和尚的弟子野拂有明確的歷史資料可以認定是李闖王舊部，但不太可能是李過，李過病死的可能性比較大。他可能是地位比較高的一位軍官，在大順軍徹底瓦解後，負責保護重要人物和他們的家眷。從一些野拂的行動和傳説來看，他可能領導或者和一些以大順軍為基礎的地下幫會有聯繫。有些研究表明，發源於廣西一代的幫會組織，早期都有崇拜李闖王的傳統。
總之，奉天玉大和尚可以肯定和大順政權有關，但是李自成的可能性很小，可能是地位很高的皇族或將領，但從其詩歌和現存有皇帝專用語言的文物看，李自敬的可能性比較大。
另外，從清廷的態度來看，雖然對不重要的貴族比較寬容，對有影響力的貴族或將領非常殘酷，比如很多年後還捕殺了一個疑似明太子的老頭。當時，奉天玉和野拂似乎不太避諱自己的隱藏身份，不但名字不符合佛家規範，還時常能搞來鉅額不明財產，甚至印刷過意思明顯的詩集，鑄過金牌，還都擺在寺廟裏。假如對方真的是李自成，清朝絕不會放過。
總之，奉天玉大和尚究系何人，李自成最終是否出家，至今仍是一個謎。