受《三國演義》的影響，今天的許多史學家也大都認為，華佗不僅醫術高明，而且醫德高尚，時刻心繫天下百姓的疾苦，不肯服侍權貴、專門為曹操一個人看病，於是藉口妻子病重離開了曹操，曹操屢次催他回來他都不肯，最後曹操一怒之下把他給殺了。
南京審計學院教授徐少錦先生和河北省平泉民族師範學校的林振清老師認為，華佗之死責任不全在曹操，兩篇論文的發表，終於解開了華佗被殺的真正原因。
曹操為何要殺掉華佗呢?《三國演義》對此的解釋可謂深入人心。在該書的第七十八回中，羅貫中詳細地描寫了曹操殺華佗的經過。
曹操為造建始殿，親自揮劍砍伐躍龍祠前的梨樹，得罪了梨樹之神，當晚做了個噩夢，驚醒之後便得了頭痛頑症，遍求良醫，均不見效。
後來，華歆向曹操舉薦了華佗，曹操立馬差人星夜將華佗請來為他看病。華佗認為曹操頭痛是因中風引起的，病根在腦袋中，不是服點湯藥就能治好的，需要先飲“麻沸湯”（按：也就是人們所熟知的“麻沸散”，是華佗發明的一種麻醉劑），然後用利斧砍開腦袋，取出“風涎”，才可能去掉病根。
多疑的曹操以為華佗是要藉機殺他，為關羽報仇，於是命令左右將華佗收監拷問，致使一代神醫屈死在獄中，而華佗所著的《青囊書》也因此失傳。
在中國古代社會里，“萬般皆下品，唯有讀書高”和“學而優則仕”是眾多讀書人的信條。華佗所生活的東漢時期，社會上讀書做官的熱潮已經達到頂點。
當時公卿大多數是熟悉經術者，漢順帝時太學生多達3萬人，學儒讀經成為社會風尚，而醫藥技術雖為上至帝王、下至百姓所需，但卻為士大夫所輕視，醫生的社會地位不高，名醫棄醫從政的例子很多。這種社會風尚不能不對華佗有所影響。
據《三國志·魏書·方技傳》記載，華佗年少時曾經在徐州一帶遊學，是個“兼通數經”的讀書人。徐少錦的文章認為，同當時大多數讀書人一樣，入仕做官也是華佗的人生目標，從醫只是他的“業餘愛好”。
但是，該書還記載，沛國相陳珪薦舉華佗為孝廉，太尉黃琬徵辟他做官，他都不去。
這又是為什麼呢?
林振清在文章中指出，這可能有兩個原因：一是華佗才氣大，頗自負，認為陳珪、黃琬薦舉的官職都不大，不肯為之。二是他已經迷戀上醫學，不願為此小官而拋棄所喜好的醫學。
《三國志》的作者陳壽在該書的《方技傳》中寫道，“然本作士人，以醫見業，意常自悔”，一語道破了華佗走上從醫道路以後的心態。
在行醫的過程中，華佗深深地感到醫生地位的低下。他的醫術是高明的，名氣越來越大，前來請他看病的高官權貴越來越多。
在跟這些高官權貴的接觸過程中，華佗的失落感更加強烈，性格也變得乖戾了，難以與人相處，因此，范曄在《後漢書·方術列傳》中毫不客氣地説他“為人性惡，難得意”。在後悔和自責的同時，他在等待入仕為官的機遇的再度降臨。
曹操請華佗為他治療“頭風”頑症，華佗用針扎胭俞穴位，手到病除，效果很好，《三國志》對此的記載是，“佗針鬲，隨手而差。”
後來，隨着政務和軍務的日益繁忙，曹操的“頭風”病加重了，於是，他想讓華佗專門為他治療“頭風”病。華佗説：“此近難濟，恆事攻治，可延歲月。”意思是説，你的病在短期內很難徹底治好，即使長期治療，也只能苟延歲月。曹操的病果真那麼嚴重了嗎?
據中醫界人士講，“頭風”病確實比較頑固，在古代的醫療條件下，想要徹底治癒確實很困難，華佗雖為神醫，也未必有治癒的良策。但若説即使“恆事攻治”，也只能苟延歲月，死期將近，就未免危言聳聽了，很明顯有要挾的成分在內。
在文章中，林振清認為，華佗正是想利用為曹操治病的機會，以醫術為手段，要挾曹操給他官爵。曹操後來説，“佗能愈此。小人養吾病，欲以自重”，意思是説，華佗能治好這病，他為我治病，想借此抬高自己的身價。這説明曹操當時是明白華佗的言外之意的。但是他並沒有立即滿足華佗的要求。
於是，華佗便以收到家書，想回家小住幾天為藉口，請假回家，到家後又託辭妻子有病，一直不回，對曹操進行再度要挾。曹操依照漢律，以“欺騙罪”和“不從徵召罪”判處華佗死刑，華佗服罪伏誅。
據《三國志》記載，華佗回家後，曹操曾經多次寫信催他回來，還曾命令郡縣官員將華佗遣送回來，但是華佗還是不肯回來。
曹操大怒，派人前去查看，如果華佗的妻子果真病了，就賜給四十斛小豆，並放寬期限，如果華佗説謊，就拘捕押送他回來。於是華佗就被交付許縣監獄，審訊後本人認罪。荀彧替華佗向曹操求情，曹操不理，將華佗給處死了。
曹操殺華佗是不是一時意氣用事呢?判處華佗死刑有法律依據嗎?
曹操是當時著名的政治家，在歷史上以“動以王法從事”著稱。無論是理政還是治軍乃至齊家、誡子，曹操都以漢律為基本準則。
徐少錦在文章中指出，依照漢律的規定，華佗犯了兩宗罪：一是欺騙罪，二是不從徵召罪。主要是後者。
漢律中有“大不敬”罪，對“虧禮廢節”之犯者要處以重刑，《漢書·申屠嘉傳》便載有人“通小臣，戲殿上，大不敬，當斬”的案例。“大不敬”的具體內容較多，其中“徵召不到大不敬”適用於華佗所犯之罪。