明朝開國元勳中，除了湯和等寥寥幾人倖免於難，大多數人都不得善終：徐達發背癰吃蒸鵝而死；常遇春病故早亡，躲過一劫；劉伯温據説被胡惟庸授令毒死；但胡惟庸自己也沒有得意多久，不久就被主子以“擅權植黨”、“枉法誣賢”的罪名處死，遭受牽連者多達三萬餘人，朱元璋甚至在胡死後十年，還給他安插了一個“通倭謀反”的十惡不赦罪名，這就是明朝歷史上著名的“胡惟庸案”。
朱元璋瘋狂屠殺功臣元勳的心理動因，歷史學家有不同的解釋，最有代表性的解釋是，朱元璋看到皇太子懦弱，擔心自己死後強臣壓主，所以事先消除隱患。
這種解釋有一則宮廷軼聞可為佐證：有一天，皇太子勸説父親不要殺人太多，朱元璋把一根長滿了刺的棍子丟在地上，命皇太子用手拾起來。皇太子一把抓住刺棍，結果給扎破了手掌，並連聲呼痛。朱元璋説：“我事先為你拔除棍上的毒刺，你難道不明白我的苦心嗎?”就算上面的解釋是真實的，也説明被殺的功臣都蒙受不白之冤，“謀反”根本是莫須有的罪名，而在屠殺功臣的同時．也助長了司法制度的黑暗。
皇太子懦弱而皇太孫年幼也許是原因之一，但恐怕不是主要的原因。之所以如此，主要是朱元璋的自卑心理在作祟。朱元璋出生於一個板度貧苦的家庭，父母雙雙死於瘟疫，很小就成了孤兒。 他放過牛，當過幹粗活的小和尚。天下大亂時又被迫落草為寇，在 底層社會受盡欺凌。因為出身過於卑賤，朱元璋對上流社會既羨慕又仇恨，既想拼命擠進去．又恨不得把上層人士踩在腳下。
他沒有機會接受系統的教育，缺少做人的崇高理想和高尚情操，不可能把苦難身世演變為改造社會普濟天下蒼生的動力，相反，因為自己沒有學問，便對有學問有才能 的人嫉妒得發狂。像胡惟庸、李善長、劉基等人，都是運籌帷幄、決勝千里的智囊，朱元璋的江山是他們三人智慧的結晶。
當時誅殺藍玉等人時，北元一支已廢，金山之役，拔掉了元朝在中原的最後一個大本營。捕魚兒海之役，使元順帝張皇逃跑，不久就分裂為幾個部落，互相征伐，爭相與明朝交好，想增強自己在競爭中的籌碼。明朝統治趨於穩定，元勳都是在這之後誅殺的，牽連了10餘萬人。但殺他們也是忍無可忍的，藍玉他打完仗回來，把關將士不得將令，不開門（這是常理），藍玉就破關而入，再者，藍玉送別人東西都稱為賜，用餐稱為用膳，嚴重危害了皇帝的權威，可見都傲慢到一定程度胡連庸，背地想謀害太祖。不過此舉當然也害了他孫子。
在本質上．自卑感過重的領袖，跟有才幹的部屬不能並存，因此，他們三人在朱元璋的力量不夠強大時還可被委以重任，一旦朱元肆意識到自己沒有他們，也有足夠的安全保障時，他們的生命也就完結了。宋濂也是出身貧寒，身世和朱元璋相近，按理會同病相憐。
但宋濂太有學問，朱元璋最終還是容忍不了，朱元璋對功臣實行滅種式的屠殺後，以為自此國泰民安，沒想到，他剛剛進入墳墓，他的第四個兒子，分封在北平的燕王朱棣便匝夏舉兵反叛，開始了復仇式的宗族自相殘殺。因為功臣被屠殺罄盡．中央軍沒有傑出的統帥，叛軍輕而易舉地取得了勝利，建文帝在都城陷落之時永遠失蹤了，野史傳説他遠逃海外做了和尚