當地時間6月25日，日本奧運大臣丸川珠代表示，訪日烏干達奧運代表團中一成員抵日後在成田機場確診新冠肺炎，系感染新冠變異病毒德爾塔毒株。代表團中另外一人在賽前集訓地檢測出新冠病毒陽性，第二名感染者具體是感染何種病毒，日方將申請進行進一步檢測。
烏干達奧運代表團一行9人於6月19日抵達日本。在成田機場接受檢疫時，其中1名成員新冠病毒檢測結果呈陽性，後隔離療養。檢測結果呈陰性的其餘8人直接前往位於大阪府泉佐野市的賽前集訓地。22日，其餘8人全部被認定為密切接觸者。經對22日採集的樣本實施核酸檢測後，23日確認其中另1人感染了新冠病毒。目前烏干達奧運代表團共有2人確診新冠肺炎。