孟加拉國在獨立之前，是以“飛地”形式作為巴基斯坦的一塊領土。當時的人們習慣將巴基斯坦本土稱之為西巴基斯坦，將孟加拉地區稱之為東巴基斯坦。
孟加拉歸屬巴基斯坦的時間並不長，僅有二十四年之久。在此之前，孟加拉、印度和巴基斯坦同屬英屬印度，也就是英國在南亞次大陸建立的殖民統治地。
孟加拉國當時是英屬印度的一個省，這段殖民歷史持續了八十九年。直到1947年，印巴才脱離了英國的殖民統治。根據蒙巴頓方案，印巴脱離殖民後分治。
孟加拉地區曾被兩次分割，一次是20世紀初被殖民政府分割成兩部，後來複合；另一次是印巴分治時被再次分割，西孟加拉歸印度，東孟加拉歸巴基斯坦。
孟加拉與西巴相距2000多公里，只能以飛地的形式存在。地理上的隔絕，使得孟加拉和西巴在民族、文化及語言上差距甚大，這也為矛盾的產生埋下伏筆。
巴基斯坦獨立之初，西巴與孟加拉尚能過到一塊。但隨着時間的推移，雙方矛盾也漸漸變得不可調和。西巴面積幾乎是孟加拉的六倍，但人口卻基本相當。
這樣兩個歷史上少有聯繫的地方，卻被硬生生劃成一個國家。西巴的主體民族是烏爾都人，而東巴是孟加拉人，兩者之間少有交集，語言和習俗大不相同。
獨立後，國家機構和經濟投資都在西巴，烏爾都語也被定為官方語言。這些都讓孟加拉人覺得有失公平，使他們的國家歸屬感在逐漸降低，直至分道揚鑣。
二十四年後的1971年，孟加拉出現獨立運動，西巴的干預導致了大規模的衝突。當時的印度趁機出兵孟加拉，隨後爆發第三次印巴戰爭，次年孟加拉獨立。
孟加拉國獨立後，與巴基斯坦不存在領土爭端，兩國的關係經歷了交惡、和好，到下滑再回升的過程。對於孟加拉國的獨立，起初巴基斯坦是不予承認的。
直到三年後，在有關地區組織的斡旋下，巴基斯坦承認孟加拉國，雙方建立外交關係。在拉赫曼出任孟加拉國總統後，兩國關係隨即進入十多年的和好期。
在此期間，孟加拉國疏遠了印度，與巴基斯坦在經濟等方面展開合作。雖然兩國關係表面上有所改善，但實際上的隔閡並未消除，兩者間的主要障礙如下。
首先是資產歸屬問題。孟加拉國要求按人口比例進行資產分配，若照此方案，孟加拉國將獲得五十多億美元。但遭到巴基斯坦的拒絕，此事一直懸而未決。
其次是居民的遣返問題。孟加拉國獨立時，國內尚有數十萬巴基斯坦人。孟加拉國希望巴基斯坦能接回這些人，但這一要求也未得到巴基斯坦的積極響應。
最後是孟加拉國想要一個道歉。孟加拉國一直對巴基斯坦武力干預耿耿於懷，孟國希望巴基斯坦能給無辜傷亡者一個道歉，但巴基斯坦認為那是維護統一。
儘管穆沙拉夫當選總統後，給了孟加拉國一個道歉。但從2013年開始，兩國關係再次出現下滑趨勢，究其原因就是孟加拉國審判處死伊斯蘭大會黨領導人。
巴基斯坦下院對此進行了譴責，而孟加拉國則指責巴基斯坦干預內政，兩國關係變得空前緊張。兩年後，孟加拉指控巴方資助恐怖勢力，雙方互撤外交官。
之後，兩國又因戰犯及審判伊斯蘭大會黨領導人等問題，繼續相互指責。近年來，兩國在農業、旅遊等多個領域都展開合作，兩國的關係也有了向好之勢。
孟加拉國南部毗鄰印度洋，除東南與緬甸接壤外，其餘三面均被印度包圍。孟國除重視與印的關係外，還積極向外拓展合作，我國已是孟第一大貿易伙伴。
面對地區霸權主義，孟加拉國也開始外拓展關係，同時積極與巴基斯坦展開合作，兩國關係也出現持續向好之勢。但歷史矛盾的掣肘作用，也是不可忽視。