為嚴厲打擊醫保領域違法違規行為，切實維護醫保基金安全，保障公民健康權益，國家醫保局、財政部、國家衞生健康委、國家中醫藥局決定在全國範圍內組織開展2022年度醫療保障基金飛行檢查，並制訂和印發《2022年度醫療保障基金飛行檢查工作方案》（以下稱為《工作方案》）。
根據《工作方案》，此次檢查對象為全國範圍內定點醫療機構、縣區級醫保經辦機構，視情況可延伸檢查相關機構和參保人。檢查時間範圍為2020年1月1日以來。通過抽籤方式確定參檢和被檢省份，其中北京、天津、上海、重慶四個直轄市交叉配組。除此之外，國家醫保局根據工作需要組隊對有關機構開展專項飛行檢查。飛行檢查組與被檢省份醫保局綜合研究確定被檢地市，也可根據舉報問題線索、智能監控疑點數據等指定。根據基金支出規模隨機抽取或結合有關問題線索直接確定1至2家定點醫療機構、1家醫保經辦機構作為檢查對象，並在飛行檢查啓動會上公佈。原則上既往接受過國家飛行檢查的機構，不再作為此次檢查對象。
此次檢查的內容為：對定點醫療機構血液透析、高值醫用耗材（骨科、心內科）等領域納入醫療保障基金支付範圍的醫療服務行為和醫療費用（包括本地接收跨省異地就醫人員結算費用），醫保經辦機構服務協議履行及費用審核與結算支付，以及通過偽造醫學相關資料、虛構醫藥服務項目等方式騙取醫保基金行為進行檢查。
其中，針對定點醫療機構檢查，包括基金使用內部管理情況，財務管理情況，病歷相關資料管理情況，藥品和醫用耗材購銷存管理情況，和分解住院、掛牀住院、違反診療規範、違規收費（包括違規收取新冠病毒核酸和抗原檢測費用）、串換項目、違規採購線下藥品、未按要求採購和使用國家組織集採中選產品等行為。
另外，針對醫保經辦機構檢查，包括異地就醫備案及直接結算、門診慢特病待遇認定、手工報銷、與醫療機構費用審核和結算支付情況，基金“收支兩條線”執行和會計核算情況，對參保人享受醫療保障待遇、定點醫藥機構協議履行等核查情況。