中藥除具有與西藥一致的興奮和抑制兩個基本作用外，尚具有扶正、祛邪和調節等基本作用。
1. 扶正 即中藥具有增強機體抗病能力的作用，包括抗應激、自我修復和增加機體免疫功能的作用。抗應激能力指中藥可增強機體對物理性、化學性和生物性等非特異性損傷的適應能力，如人蔘具有抗疲勞作用、紅景天具有提高耐缺氧作用、乾薑具有提高機體耐寒冷作用、甘草具有解毒作用等。增強自我修復能力指中藥通過促進物質合成、促進自噬或凋亡、促進代謝或調節激素水平等，修復受損細胞或器官，促進機能恢復，提高細胞或器官的反應能力或水平。如甘草具有皮質激素樣作用、青皮能提高胃腸平滑肌的反應能力等。增強機體的免疫功能指中藥具有提高機體非特異性免疫功能或特異性免疫功能的作用。如蘇葉能提高機體巨噬細胞的吞噬能力、黃芪能提高機體的細胞免疫和體液免疫功能等。
2. 祛邪 包括祛除致病因素或扶正祛邪兩個方面。前者指對病原微生物的直接抑殺作用，如許多清熱藥具有抗菌、抗病毒等作用，寒涼藥多具有抗腫瘤作用；後者指中藥本身對病原微生物無作用或作用較弱，但可以通過調動機體其他內在機制達到抑殺病原微生物的作用，如通過誘生內源性干擾素的產生達到抗病毒作用、通過提高機體對內毒素的耐受性達到抗毒素的作用等。
3. 調節 包括單向調節和雙向調節。調節作用與機體的狀態（中醫“證”）密切相關。單向調節可以是正向調節，也可以是反向調節，主要表現在調節機體、細胞或器官的反應水平或反應能力，如中藥的增強機體免疫功能或者抑制免疫功能。雙向調節指同一中藥或複方，針對不同的疾病狀態，表現出完全相反的藥理作用。如桂枝既能降低體温表現為解熱作用，又能升高體温表現出升温作用；人蔘小劑量能興奮心肌細胞，而大劑量時抑制心肌細胞活動。
