清朝官員中，總督屬於地位極高的封疆大吏。比如河道總督、漕運總督，專門管理某項重要事務。
或者像直隸總督、兩江總督，同時管轄幾個省份或地區，掌管軍政大權。負責轄區內的訴訟審判，對軍民官吏，都有管轄的權責。如果發生了什麼違背律法和禮儀的事情，總督都有權處置。
除了節制提督、總兵這些高級武將外，總督統轄下還有一支數量不多，卻可以直接指揮的軍隊，被稱為“督標”。
雍正年間，朝廷為了讓總督更好管轄，曾規定：如果總督兼職兵部尚書，可以同時兼任都察院右都御史。這是為了讓總督在節制軍隊的同時，更好的管轄官員。
所以，總督官階雖然只是正二品，但因為兼任兵部尚書和右都御史，大部分情況，可屬於從一品。
跟總督相比，伊犁將軍也不差。雖然在劃分上，伊犁將軍屬於武職，但它卻同時掌握着軍政大權。
這是很特殊的一點。一般來説，其他地區的駐防將軍，只是統轄本地八旗軍，以及八旗內旗人的事務。除此之外，不能直接參與駐地內的地方政務。
伊犁將軍的不同，在於清朝沒有在當地設立總督、巡撫。所以，伊犁將軍成了當地最高的長官。
除了要整頓軍備，固守邊疆，伊犁將軍也要安撫民眾，收繳賦税，考核提拔當地官員。雖然伊犁將軍的職權、地位，在清朝二百多年的歷史中，有過一些變化。
但總體上，伊犁將軍有其他不容易取代的優勢。不過，伊犁將軍和總督對軍隊的統轄上，有一些不同。
總督雖然節制轄區內的高級武將，並有一部分直接管轄的軍隊。但他們沒有辦法調遣直接大規模調集軍隊。麾下的“督標”，也只是幾個營的兵力。
如果要調動軍隊，總督需要得到兵部的調令。但伊犁將軍卻不同。在伊犁將軍的管轄區內，常年駐紮着兩萬多的兵力。
這部分軍隊是可以由伊犁將軍直接調遣的。也是因為伊犁將軍的職權重大，所以這個職位，擔任伊犁將軍的，也都是八旗中的滿蒙大臣居多，只能由皇帝親自任命，並決定任期長短。且，這個位置事關邊境安危，連一天都不能空缺。
伊犁將軍和總督在軍隊調遣的不同，主要是因為交通不便，距離又遠，很難靠朝廷指令，處理緊急事務。
在官階品級上，伊犁將軍跟總督也有不同。伊犁將軍是正一品。清朝官制有一品到九品，每一品有從、正兩個級別。正一品屬於最高的等級。
伊犁將軍在不需要兼職的情況下，就達到了清朝官制中最高的一級。不過，總督變動較大，它們可以兼任其他官職。
除了從一品的兵部尚書和右都御史。它們還可以兼任正一品的大學士。晚清的左宗棠，就曾是陝甘總督任上，授東閣大學士。
曾國藩是在兩江總督授任體仁閣大學士，後改為武英殿大學士。他們在官階地位上，屬於跟伊犁將軍同一品級。不過，這種總督兼任大學士的情況，非常少見，只有小部分人可以得到。
作為總結，伊犁將軍跟總督，其實更多是職權上的不同。負責領域的不同。如果從地位來説，大部分總督官階是低於伊犁將軍的，雙方是上下級關係。