説起明朝，相信很多人都想到了明朝的內核制度和內閣大學士。在清朝入關以後，為了自己的統治需要，保留內閣制度的同時，又建立了軍機處制度。兩大機構相互並存，一直延續到了清朝滅亡。但是在短短几十年時間裏，軍機處就徹底架空了內閣。軍機大臣和內閣大學士之間，權力劃分完全不對等。那麼，為何會出現這樣的問題呢？今天，我們聊聊軍機處和內閣之間的博弈。
首先，我們需要聊聊明朝內閣制度的來源，內閣制度屬於明朝皇權進一步加強的產物。在中國古代歷史上，丞相制度從秦朝一直延續到了元朝，僅僅是歷朝歷代的稱呼不一樣而已，例如秦漢的丞相、唐朝的宰相、宋朝的平章政事等等，嚴格的説都屬於丞相制度的範疇。元朝建立以後，在中央和每個省，都建立了丞相。公元1368年，朱元璋在南京建立了明朝。明朝建立以後，通過大規模的北伐，將元朝趕回了北方草原。
明朝建立之初，由於江山初創，沿用了元朝各方面的行政管理制度。例如行省制度、丞相制度等等，都進一步延續下來。明朝在中央設立了中書省，分設左丞相和右丞相。文官集團的首領李善長擔任左丞相，明朝第一名將徐達擔任右丞相。其實，開國皇帝朱元璋渴望大權獨攬，並不願意把權力分給其他人，朱元璋在位的中期，通過一系列的案件，殺掉了明朝最後一任丞相胡惟庸，並且廢除了丞相制度。在此之後，六部（吏部、禮部、户部、兵部、刑部、工部）開始直接向皇帝負責，皇帝則開始了事必親躬的歷程。
朝政非常繁雜，依靠一個人精力根本無法完全處理。按照明朝的文獻記載，朱元璋需要每天工作12個小時以上。因此，朱元璋非常討厭大臣們在奏摺裏説各種廢話，喜歡簡明扼要講述問題。為此，還曾經廷杖了一些長篇大論的官員。筋疲力盡的朱元璋已經焦頭爛額，最終，想了一個折中的辦法。朱元璋設立了內閣大學士制度，充當自己的工作顧問。內閣大學士負責幫助皇帝整理文件，處理那些無關緊要的繁瑣事務。為了防止內閣大學士的權力膨脹，內閣大學士的品級僅僅是正五品。內閣大學士的人數不定，一般是好幾個相互牽制。至於那些重要的軍國大事，仍由皇帝親自處理、批閲。
燕王朱棣上台以後，由於北方蒙古各部不斷侵擾，這位“馬上皇帝”經常需要率兵出征。同時，為了防止太子權力太大。內閣大學士們開始負責處理部分事務，內閣制度的雛形開始出現。在明朝歷史文獻中，明成祖朱棣曾經明確表示：“天下事鹹朕與若等同計,非若六卿之分理也。代言之司,機密所繫,裨益不在尚書之下也。”由此可見，內閣的地位正在迅速提高。明朝歷經了明宣宗、明營宗、明憲宗、明孝宗、明武宗等幾代皇帝以後，明朝政治格局已經發生了巨大變化，皇帝正在逐步怠政。很多日常工作，都交給了內閣大學士們處理，內閣的權力越來越大。
清朝撰寫《明史》的時候，給出了這樣的評價：“明制,六部分蒞天下事,內閣不得侵。至嚴嵩,始陰撓部權,迨張居正時,部權盡歸內閣,逡巡請事如屬吏,祖制由此變。”進入明朝統治的後期，內閣已經完全凌駕於六部之上，並且逐步侵蝕了原本屬於六部的大部分權力。例如兵部和禮部的工作，已經被內閣奪去大半。在六部之中，只有吏部尚書依靠人事權，能夠與大學士們抗衡。關於內閣大學士，出現了“雖無相名，實有相職，既有相職，卻無相權，既無相權，卻有相實”的定位。
17世紀中期，已經通知了200多年的明朝滅亡。1644年，清朝入關以後，在10多年時間裏，平定了南方各路農民軍和南明勢力，確立了自己對全國的統治。由於清朝之前並沒有行政管理經驗，因此沿用了明朝的一系列規章制度，其中包括了內閣制度。清朝把內閣大學士的品級，從正五品提升為一品，並且分為了內閣大學士和協辦大學士（在清朝末期，很多地方的總督或者巡撫，都被授予協辦大學士的頭銜）。
從表面工作來説，清朝的內閣大學士們，負責“掌議天下之政,宣佈絲綸,釐治憲典,總均衡之任。”但在清朝的權力劃分框架下，內閣實際權力並不算大，出現了各方面的限制。清朝內閣大學士基本上有3大主要工作：第一，為皇帝提供各種建議，由皇帝進行自主選擇。第二，按照皇帝的口述，起草各種正式詔書，同時負責整理各地的奏摺。第三，起草各種法律條文、以及為皇室成員、重臣設定封號。
除了至高無上的皇權制約之外，清朝還自帶了一套八旗議政王制度。八旗議政王制度由八旗貴族們組成，八旗的旗主王爺們商議的各種國策，連皇帝都無權改變。在順治、康熙兩朝，議政王制度對皇帝造成了很大的約束。為了擺脱議政王制度的制約，雍正皇帝在位時期，以“西北軍務緊急”為理由，設立了軍機處。雍正皇帝選拔親信大臣進入軍機處，軍機處直接向皇帝負責。從這個時候開始，軍機處開始逐步架空議政王制度，同時對內閣制度發起了挑戰。在乾隆皇帝在位時期，清朝正式撤銷了議政王制度。
至於內閣，則與軍機處明爭暗鬥的幾十年時間。軍機處的編制比內閣小得多，分為了軍機大臣和軍機章京。與內閣相比，軍機處的工作更加詳細。大體上分為4個部分：一、為皇帝提供各種建議和想法，由皇帝進行選擇。二、起草各種詔令、文書和聖旨。三、參與各種重大國策、軍事行動的討論。四、向皇帝推薦總督、巡撫、各地將軍等封疆大吏的人選。在軍機處剛剛建立的時候，有人認為“軍機處乃內閣之分局，”屬於小一號的內閣。其實，從權力劃分來説，軍機處的權力明顯大於內閣。
例如舉薦各地的總督、巡撫，內閣大學士根本沒有這樣的權力。在軍機處工作的官員，被稱為軍機大臣。軍機大臣在六部尚書、內閣大學士、各地督撫中挑選。按照清朝的任命管理，軍機大臣可以同時兼任各部尚書、內閣大學士，但內閣大學士不一定是軍機大臣。在乾隆皇帝在位的中後期，權臣和珅在軍機處擔任了領班軍機大臣，同時又在內閣擔任首席內閣大學士。換而言之，在軍機處、內閣兩大機構中都是一把手。至於以反應靈敏著稱的紀曉嵐，一直在內閣擔任協辦大學士的官職。由於並不是軍機大臣，紀曉嵐連軍機處的大門都進不去，更沒有參與重大國策商議的資格。
在乾隆、嘉慶兩朝，內閣與軍機處的爭鬥不斷，內閣明顯處於劣勢。對於內閣的權力，乾隆皇帝曾經非常直白的説：“內閣固為絲綸重地。然收發章疏。繙本票籤。及承辦誥敕寶冊等事。並有一定章程。祇須遵循罔斁。遇有改簽事件。則系朕親閲本章。折衷酌定。特降諭旨，皆非閣臣所能參與。”嘉慶皇帝在位時期，有御史上奏表示軍機處的權力過大，建議對軍機處進行改組。
一向非常温和的嘉慶皇帝卻勃然大怒，直接下達明詔嚴厲申斥：“軍機處名目，自雍正年間創設以來，沿用已久，一切承旨書諭及辦理各件，皆關係機要，此與前代所稱平章軍國重事相仿，並非專指運籌決勝而言。目今三省邪匪久已肅清，大功告蕆，薄海內外，共慶昇平，又何必改易“軍機”二字，始為偃武？豈國家承平日久，並古大司馬之職亦可不設乎？何元？”
從嘉慶皇帝措辭嚴厲的明詔，我們不難看出皇帝對軍機處非常信任和依賴，軍機處已經成為了清朝的核心權力部門，內閣的權力和地位進一步下降。到了清朝統治的後期，軍機大臣成為了實權派的代表，內閣大學士們則淪為了榮譽性虛職。對於很多年邁的高官，一般會賞賜內閣大學士的頭銜，然後退休回家。在鎮壓太平天國運動期間，清朝並不吝嗇各種虛銜，曾國藩、左宗棠等地方實權人物，都被賞賜了大學士頭銜。