兩江地區，指的就是今天安徽、江蘇，江西，包括上海這四個地方。清朝時，兩江地區極為富庶，當地交通便利，商貿發達，屬於當時的經濟中心。
兩江地區每年都可以為朝廷提供鉅額財政賦税，滿足國庫三分之一的需求。每次科舉榜上一半的人才，基本都來自這個地區。
所以，這也帶來一個問題，如何才能管理好兩江地區。對於清朝皇帝而言，這是一個頭疼的難題。因為當時仍然是時局不穩，選擇反抗的，依然大有人在。
尤其是江南地區，在明、清改朝換代，反抗得最為激烈。如果處理不好，對於剛剛建立的基業，可能會產生巨大的衝擊。
清朝除了駐紮重兵外，也開始借鑑明朝管理地方的一些制度，在兩江制度推行。明朝的督撫制度被運用上來。當然，這個也經歷很長時間的摸索。
因為明朝的督撫制度，本身也不完善，再加上形勢的變化。直到康熙二十一年，兩江總督的轄區、職權、跟當地巡撫的關係，才被逐步確立下來。
總督也由過去的地方軍事掌管，轉變為地方軍政掌管。這個確立的時間，跟其他地方總督相比，要稍微早一些。直隸總督到雍正二年才逐漸確立下來。
陝甘總督到乾隆二十五年才成為定製，中間經過多次變動。所以，兩江總督的定製，實際上為清朝其他總督的設立，提供了很好的樣式。
跟其他地方總督一樣，兩江總督自然總督所擁有的基本職權。它可以給皇帝單獨上奏摺，請示一些重要事務，或者給皇帝問好之類。
皇帝會進行回批，等到君臣二人商議後，即可推行相關事務。有時這些事務皇帝也會跟其他大臣商議，走公開程序，下發給總督施行。
朝廷給總督這一職權，即是為了方便總督處理事務，更是為了防止總督、巡撫之間，互相抱團。所以，朝廷也會給巡撫單獨上奏摺的職權。他們如果發現，對方有什麼不對勁的地方，可以跟朝廷舉報。
為了防止兩個人私下達成默契，清朝在總督、巡撫的職權，刻意做了很多交叉。不過，總督職權上，會更偏向軍事，巡撫更側重民政。當然，這個並不是説，總督不管民政。
它也要負責，教化百姓，鼓勵教育、引導風俗等事務。所以，總督跟巡撫之間，屬於互相交織，互相監督的關係。除此之外，朝廷通常會讓兩江總督兼任兵部尚書、都察院右都御史兩個職位。
兵部尚書負責全國軍事，兼任這一職位後，兩江總督可以對轄區軍隊更好調動，直接節制轄區內綠營軍。如果某一省份起戰事，兩江總督可以不用上奏，直接調集三個省份的兵力參戰。
這個兵部尚書只是兼任虛銜，不具備實權。都察院右都御史是專門監察官員，兩江總督可以憑着這個兼職，擁有監督任免轄區內文武官員的職權。
一些特殊情況下，兩江總督會被授予大學士兼職。位居正一品。這讓它可以從中樞朝廷，站在全國範圍調度考慮。不過，這個兼職比較少。
當然，兩江地區的特殊情況，也會給兩江總督的職權帶來不同。作為一個富裕地區的總督，兩江總督的養廉銀，也是位居全國總督前列。而且，隨着形勢變化，朝廷給兩江總督的兼職，也越來越多。
清朝中期時，兩江地區的漕運、鹽政、河道三項事務，就開始逐漸交給兩江總督擔任。這三項事務，清朝都曾專門設立級別頗高的官員擔任。可見地位重要。
漕運是把地方糧食，通過水路，運往京城、或指定地區的辦的一種辦法。兩江地區因為產量豐富，成為漕糧的主要提供地點。
兩江總督要協助漕運總督，完成漕糧的徵收、運輸，並有直接監察的職權。如果漕運總督出現空缺，兩江總督也可兼任。
鹽政是過去朝廷的主要收入來源。清朝清朝鹽政中，兩江地區最為重要。但是，但是，鹽政內部腐敗也是最嚴重的。
因為轄區原因，朝廷經常會讓兩江總督整頓鹽務，到了道光十年的時候，直接裁撤兩淮鹽政，由兩江總督兼任。
河道事務，兩江總督轄區內，主要是對漕運經過的河流，進行整治。清朝走漕運的河流，基本在黃河、淮河、運河流域。這些河流在清朝時，都有經過兩江地區。所以，兩江總督也負責河道事務。
乾隆中期時，開始兼任河道事務。不過，在咸豐十年，黃河改道山東，兩江地區內的河道事務，就不再重要。當時駐守在江蘇境內的江南河道總督，被一併裁撤。兩江總督的河道事務，就逐漸減輕了。
但是，除了漕運、鹽政、河道三項兼職，到晚清時，兩江總督還獲得南洋大臣的兼任。這個職位的重要性，讓兩江總督一下子擁有掌握外交，籌辦海防、稽查關税、手握南洋海軍、陸軍、創辦洋務企業的職權。
晚清多項洋務舉措，都跟這一職位有關。兩江總督也一躍成為僅次於直隸總督後，清朝最有地位的總督。