在《西遊記》裏，並沒有直接交代豬八戒被貶下凡後八萬水軍的去向，只能結合背景和人物關係來進行分析和猜測。
有朝堂就有明爭暗鬥，無論天上人間。在《西遊記》全篇出現的天庭軍隊一共只有兩支，一是李靖統領的十萬天兵天將，還有一隻就是天蓬元帥統領的八萬水軍。李靖統領的十萬天兵直屬玉皇大帝，而天蓬統領的八萬水軍則是紫薇大帝的嫡系。
相信每個帝王都會有集權的想法，作為輔助的紫薇大帝居然手握重兵，玉帝心中自然有一番考量，考量的當然是如何削弱紫薇大帝的勢力和兵力。
而天蓬元帥作為紫薇大帝麾下北極四聖之首，還是直接統領八萬水軍的統帥，必然成為玉帝針對的對象。而調戲嫦娥事件則是一個由頭，雖説是很小的事情，不就喝醉酒跟一個宮娥胡言亂語了幾句，但是可以做很大的文章。於是天蓬差點就被直接處決了，幸的太白金星求情才逃過大劫。
至於當時為什麼紫薇大帝不出來求情呢？很大可能就是紫薇大帝明白這是玉帝明擺着針對他，若是他自己出來説清，玉帝必針鋒相對，那時天蓬肯定是大禍臨頭了，所以也只能令想辦法保住天蓬，令其加入取經隊伍可以是紫薇大帝或者玉帝對天蓬犧牲的補償。
玉帝做以上安排，目的肯定是裁軍，不可能再讓紫薇大帝的人填補空缺，當然他也明白他自己的嫡系也肯定坐不上八萬水軍統帥這個位置。
那直接解散這八萬水軍嗎？不可能，吃相太難看，紫薇大帝也會做出反擊。
於是，玉帝作出了收買或者離間的計策。就是扶持北極四聖之末的佑聖真君，令其統領部分水軍掃蕩天下羣魔，肯定不會統領全部，甚至大部分可能以各種名頭被歸入進李靖的統領。於是佑聖真君帶領部眾，遊走九天十地，斬妖除魔，以致功勳卓絕，被封為真武大帝，從此，四御中有了一個和紫薇大帝勢均力敵的帝君。
《西遊記》原著中亦有記載孫悟空去救助真武大帝時真武大帝的一番自述：
祖師道：“我當年威鎮北方，統攝真武之位，剪伐天下妖邪，乃奉玉帝敕旨。後又披髮跣足，踏騰蛇神龜，領五雷神將、巨虯獅子、猛獸毒龍，收降東北方黑氣妖氛，乃奉元始天尊符召。今日靜享武當山，安逸太和殿，一向海嶽平寧，乾坤清泰。奈何我南贍部洲並北俱蘆洲之地，妖魔剪伐，邪鬼潛蹤。今蒙大聖下降，不得不行；只是上界無有旨意，不敢擅動干戈。假若法遣眾神，又恐玉帝見罪，十分卻了大聖，又是我逆了人情。我諒着那西路上縱有妖邪，也不為大害。我今着龜、蛇二將並五大神龍與你助力，管教擒妖精，救你師之難。”
在真武大帝的最後話語中，他的主要得力部下為龜、蛇二將，還有五大神龍，這些應該都屬於水軍的編制。
所以綜上，猜測的結論就是天蓬下凡之後，八萬水軍被打散，一部分歸入真武大帝的統領，負責掃蕩天下羣魔。