其餘藩王眼看朱由崧搶佔先機,只好奉朱由崧為正統,然而福王政權僅僅維繫一年便失敗了,隨後唐王政權在福州崛起,成為繼福王政權後的又一希望,在唐王建立隆武政權後不久,由於書信不通,魯王朱以海在不知情的情況下又在紹興建立魯王政權,唐王朱聿鍵得知後極為不滿,派使者赴紹興要求朱以海退位就藩,朱以海雖萬般不捨帝位,卻只能退位,後來在大臣們的重新擁立中又恢復帝號,並與唐王政權相互傾軋,互相內耗。
魯王朱以海本是朱元璋第十子朱檀的後代,家族封地本在山東兗州,然而明末天下大亂,公元1642年,清軍攻破兗州,朱以海家族遭到清軍殺戮,朱以海的哥哥自縊身亡,而他自己幸而躲在死人堆裏才僥倖活命,經歷生死大劫的朱以海在崇禎十七年承襲魯王爵位,但是僅僅一個月之後,大明王朝就被李自成滅亡了,李自成欲攻取山東,朱以海聞訊逃跑,只能到浙江台州尋找安身之所。
朱由崧政權倒台後,朱以海在大臣錢肅樂、張煌言、鄭遵謙、張國維等人的擁立下於1645年7月18日在紹興監國,由於朱以海從山東逃亡而來,在浙江紹興並無嫡系軍隊,只能依靠方國安和王之仁兩位將軍,然而此二人有挾天子以令諸侯的野心,對其他所部大加排擠,將朝廷下撥的六十萬錢糧擅自霸佔分配,其他各部由於無糧無餉,不久之後便四分五裂,自行瓦解,抗清力量大大削弱。
公元1646年,朱聿鍵派大將攜帶白銀十萬兩前往浙東犒勞朱以海的軍隊,想要籠絡軍心,然而卻被朱以海殺害,魯王、唐王政權天天算計、互挖牆腳,朱以海為分解唐王內部,竟派人來福州封鄭芝龍兄弟為公爵,朱聿鍵得知後勃然大怒,不僅殺了使者而且大加訓斥鄭芝龍,鄭芝龍對朱聿鍵日漸不滿。正當魯王唐王二人為爭奪帝位互相鬥爭時,清軍趁機而入。
公元1646年,清軍派大軍想要一舉平定浙東,由於浙東久旱無雨,正好給了清軍陸上作戰的機會,朱以海手下的大批官員紛紛投靠清軍,朱以海還未組織有效抵抗,便倉皇逃離紹興,乘船到海上飄蕩,朱以海將自己的家眷交由大將毛有倫保護,然而毛有倫卻擅作主張,改變路徑,終被清軍俘獲,清軍以家眷性命威脅朱以海,要求朱以海歸降,朱以海雖然貪戀權力,但對清軍卻頗有骨氣,他痛斥清朝派來的使者,大罵其暴行:\"平夷我陵寢,焚燬我宗廟\"。
朱以海的不配合讓清軍十分痛恨,便加緊了收拾南明小朝廷,由於朱以海漂泊海上,不成氣候,清軍便決定先從朱聿鍵下手,幾個月後,朱聿鍵被俘獲,絕食而亡,朱聿鍵死後,隆武政權中許多不願降清的大臣紛紛改換旗幟,又尊朱以海為帝,魯王朱以海的地位發生了很大變化,朱以海後來招納了永勝伯鄭彩,朱以海的勢力迅速增強,在攻佔福建,消滅隆武政權後,清軍由於無法適應南方氣候,患病者甚多,再加上農民起義不斷,清軍的處境堪憂,在此情況下,朱以海抓住時機,迅速反攻。公元1647年,朱以海誓師伐清,在出師大會上,朱以海慷慨激昂,提出着手收復福建失地,不到半年的時間,福建大多失地都已經收回,清軍在福建的統治行將崩潰。然而就在福建形勢一片大好的情況下,明朝內部又發生了內亂,對權力的爭奪又一次將朱以海推上了風口浪尖,擁兵自重的鄭彩眼看全國抗清形勢一片大好,又想擴充自己的勢力,取代朱以海,鄭彩無故殺掉忠臣數十人。
朱以海勃然大怒,嚴厲訓斥鄭彩,並憤怒流淚,對鄭彩説:朝中的忠臣都被殺光了,我朱以海還活着幹什麼?説罷便要跳河自殺,鄭彩惶恐不已,恐擔上逼死皇帝的罪名,只好跪下請罪,氣焰才有所收斂,表面的矛盾雖然已經化解,然而內部的爭鬥卻仍在暗流湧動,清軍借魯王政權內亂之際再次反撲,魯王政權兵力不夠,向海上的鄭成功求救,然而鄭成功卻以遵奉死去的隆武皇帝為藉口,拒絕出兵,一時間朱以海四面楚歌,本來已經恢復的福建各縣又被清軍相繼攻佔。
朱以海對抗清形勢大失所望,後來他逃到舟山,竭盡所能,開闢出一塊抗清基地,然而1651年,舟山又被清軍攻陷,朱以海無奈,只好去廈門依靠鄭成功,鄭成功對唐王朱聿鍵感情深厚,對朱以海當年挖牆腳,搞內鬥的做法相當痛恨,本想拒絕其入城,但又念其是皇室宗親,便安排朱以海在金門居住,後來隨着二人矛盾的升級,朱以海自知想保全性命只能自去監國虛名。