其余藩王眼看朱由崧抢占先机，只好奉朱由崧为正统，然而福王政权仅仅维系一年便失败了，随后唐王政权在福州崛起，成为继福王政权后的又一希望，在唐王建立隆武政权后不久，由于书信不通，鲁王朱以海在不知情的情况下又在绍兴建立鲁王政权，唐王朱聿键得知后极为不满，派使者赴绍兴要求朱以海退位就藩，朱以海虽万般不舍帝位，却只能退位，后来在大臣们的重新拥立中又恢复帝号，并与唐王政权相互倾轧，互相内耗。
鲁王朱以海本是朱元璋第十子朱檀的后代，家族封地本在山东兖州，然而明末天下大乱，公元1642年，清军攻破兖州，朱以海家族遭到清军杀戮，朱以海的哥哥自缢身亡，而他自己幸而躲在死人堆里才侥幸活命，经历生死大劫的朱以海在崇祯十七年承袭鲁王爵位，但是仅仅一个月之后，大明王朝就被李自成灭亡了，李自成欲攻取山东，朱以海闻讯逃跑，只能到浙江台州寻找安身之所。
朱由崧政权倒台后，朱以海在大臣钱肃乐、张煌言、郑遵谦、张国维等人的拥立下于1645年7月18日在绍兴监国，由于朱以海从山东逃亡而来，在浙江绍兴并无嫡系军队，只能依靠方国安和王之仁两位将军，然而此二人有挟天子以令诸侯的野心，对其他所部大加排挤，将朝廷下拨的六十万钱粮擅自霸占分配，其他各部由于无粮无饷，不久之后便四分五裂，自行瓦解，抗清力量大大削弱。
公元1646年，朱聿键派大将携带白银十万两前往浙东犒劳朱以海的军队，想要笼络军心，然而却被朱以海杀害，鲁王、唐王政权天天算计、互挖墙脚，朱以海为分解唐王内部，竟派人来福州封郑芝龙兄弟为公爵，朱聿键得知后勃然大怒，不仅杀了使者而且大加训斥郑芝龙，郑芝龙对朱聿键日渐不满。正当鲁王唐王二人为争夺帝位互相斗争时，清军趁机而入。
公元1646年，清军派大军想要一举平定浙东，由于浙东久旱无雨，正好给了清军陆上作战的机会，朱以海手下的大批官员纷纷投靠清军，朱以海还未组织有效抵抗，便仓皇逃离绍兴，乘船到海上飘荡，朱以海将自己的家眷交由大将毛有伦保护，然而毛有伦却擅作主张，改变路径，终被清军俘获，清军以家眷性命威胁朱以海，要求朱以海归降，朱以海虽然贪恋权力，但对清军却颇有骨气，他痛斥清朝派来的使者，大骂其暴行：\"平夷我陵寝，焚毁我宗庙\"。
朱以海的不配合让清军十分痛恨，便加紧了收拾南明小朝廷，由于朱以海漂泊海上，不成气候，清军便决定先从朱聿键下手，几个月后，朱聿键被俘获，绝食而亡，朱聿键死后，隆武政权中许多不愿降清的大臣纷纷改换旗帜，又尊朱以海为帝，鲁王朱以海的地位发生了很大变化，朱以海后来招纳了永胜伯郑彩，朱以海的势力迅速增强，在攻占福建，消灭隆武政权后，清军由于无法适应南方气候，患病者甚多，再加上农民起义不断，清军的处境堪忧，在此情况下，朱以海抓住时机，迅速反攻。公元1647年，朱以海誓师伐清，在出师大会上，朱以海慷慨激昂，提出着手收复福建失地，不到半年的时间，福建大多失地都已经收回，清军在福建的统治行将崩溃。然而就在福建形势一片大好的情况下，明朝内部又发生了内乱，对权力的争夺又一次将朱以海推上了风口浪尖，拥兵自重的郑彩眼看全国抗清形势一片大好，又想扩充自己的势力，取代朱以海，郑彩无故杀掉忠臣数十人。
朱以海勃然大怒，严厉训斥郑彩，并愤怒流泪，对郑彩说：朝中的忠臣都被杀光了，我朱以海还活着干什么？说罢便要跳河自杀，郑彩惶恐不已，恐担上逼死皇帝的罪名，只好跪下请罪，气焰才有所收敛，表面的矛盾虽然已经化解，然而内部的争斗却仍在暗流涌动，清军借鲁王政权内乱之际再次反扑，鲁王政权兵力不够，向海上的郑成功求救，然而郑成功却以遵奉死去的隆武皇帝为借口，拒绝出兵，一时间朱以海四面楚歌，本来已经恢复的福建各县又被清军相继攻占。
朱以海对抗清形势大失所望，后来他逃到舟山，竭尽所能，开辟出一块抗清基地，然而1651年，舟山又被清军攻陷，朱以海无奈，只好去厦门依靠郑成功，郑成功对唐王朱聿键感情深厚，对朱以海当年挖墙脚，搞内斗的做法相当痛恨，本想拒绝其入城，但又念其是皇室宗亲，便安排朱以海在金门居住，后来随着二人矛盾的升级，朱以海自知想保全性命只能自去监国虚名。
