洪森出生在磅佔，是六個孩子中的第三個。洪森的家族是富有的潮州華人地主，洪森也因此繼承了一些家族資產，包括幾公頃土地。他一直過着相對舒適的生活，直到一次綁架事件迫使他們一家變賣了大部分資產。13歲時，洪森離開家人，到金邊的一所修道院上學。
洪森的父親洪恩曾在甘邦佔省當地的一個廟裏當過和尚，後來脱了僧服加入了法國抵抗運動。可能是基因的影響，洪森後來受到越共在柬埔寨革命思想感染，也投身革命。1970年朗諾把西哈努克趕下台後，他放棄了自己的學業加入了紅色高棉。加入紅色高棉後，他再次更改了自己的名字，這次改為洪薩姆拉赫（Hun Samrach），以掩蓋自己的身份。兩年後，他改名為洪森;他後來説，洪薩姆拉赫這個名字不太吉利，在他使用這個名字期間，他曾多次受傷。
洪森隨紅色高棉掌權，並在民主柬埔寨(紅色高棉政府時期的國名)東部地區擔任營長。1977年，在紅色高棉政權的內部清洗期間，洪森和他的營幹部逃到了越南。當越南準備入侵柬埔寨時，洪森成為越南支持的反政府軍和新政府的領導人之一。紅色高棉政權失敗後，洪森於1979年被任命為越南建立的柬埔寨共和國的副總理兼外交部長。
作為外交部長和首相，洪森在1991年的巴黎和談中發揮了關鍵作用，促成了柬埔寨的和平。在此期間，拉那烈（西哈努克的次子）稱他為“越南人的獨眼走狗”。洪森一直擔任總理，直到1993年聯合國發起的選舉，導致了一個無多數議會。在與奉辛比克黨進行了激烈的談判後，洪森被接受為第二總理，與拉那烈一起執政。
1997年，由於拉那烈和洪森之間的緊張關係，聯合政府受到動搖。保皇派奉辛比克黨開始與剩餘的紅色高棉叛軍進行談判，目的是吸收他們加入聯合政府。1980年代，奉辛比克黨曾與紅色高棉結盟，反對越南支持的洪森政府。這樣的局勢發展將會改變保皇黨和洪森的柬埔寨人民黨之間的軍事力量平衡。
（拉那烈）
作為回應，洪森發動了1997年的柬埔寨政變，扶持奉辛比克黨的翁霍取代拉那烈成為總理，並保持了他作為副總理的地位，這種情況一直持續到1998年柬埔寨人民黨贏得選舉，之後洪森成為柬埔寨唯一的總理。在那一年裏，媒體把他描繪成柬埔寨的強者。他後來説，這言過其實，1997年7月的軍事政變只是對金邊的準軍事無政府狀態採取的行動。國際特赦組織曾譴責洪森對政敵進行“有系統的逮捕和騷擾”。
2003年7月的柬埔寨的選舉引起了廣泛的爭議，洪森的人民黨在議會中獲得了較大的多數席位，奉辛比克黨的席位輸給了人民黨和桑蘭西黨。然而，柬埔寨人民黨的多數票還沒有達到憲法規定的單獨組建政府所需的三分之二，只能與其他小黨組成聯合政府。這一僵局在2004年中期被打破，洪森才再次成為唯一的總理。
洪森被認為親越南的原因：
與洪森的個人經歷有關洪森的一些政治對手過去曾指責洪森是越南的傀儡。這是因為洪森在越南軍事佔領期間，在越南建立的政府中的地位，以及他是柬埔寨人民黨（現稱柬埔寨人）中的重要人物。從1979年到1993年的選舉，柬埔寨一直是由越南軍事佔領下支持的柬埔寨人民黨掌權的國家。但洪森和他的支持者反對這樣的指控，説他只代表柬埔寨人民。
不過洪森政府負責在2007-2008年間將柬埔寨45%的土地出租給外國投資者，威脅超過15萬柬埔寨人被驅逐。柬埔寨的土地出售洪森在《2009年全球見證柬埔寨報告》中涉嫌與柬埔寨石油財富和礦產資源有關的腐敗。他和他的密友被指控與有利害關係的私人團體進行秘密談判，從那些的人那裏收取金錢，作為回報，這些人將被授予開採國家資源的權利。而這些外國投資者不乏有越南人的背景，被外界視為有利益輸送或者親越的嫌疑。不過這一指控的可信度受到了柬埔寨政府官員，特別是洪森總理本人的質疑和否認。但是越南在柬埔寨撤軍後，其影響在柬埔寨還是存在，這也是近水樓台先得月，越南不可能徹底放棄其在柬埔寨的國家利益，只不過從之前的軍事幹預轉變為資本控制。
洪森除了母語是高棉語外，還會説一口流利的越南語。很多柬埔寨人都會説越南語，這和柬埔寨在歷史上曾被法國殖民的歷史有關。在近代的法屬印度支那中，其殖民的範圍就包括現在的部分柬埔寨地區。在法國殖民時期，越南和柬埔寨幾乎為一體，幾百年的殖民統治下，都是天涯淪落人，柬埔寨人對越南具有天然的親切感，洪森親越也就不難理解了。
這正是由於法屬印度支那曾囊括了柬埔寨的部分領土，越南在趕跑了法國殖民者後，作為前法屬印度支那的扛把子，就主張越南理應繼承法屬印度支那的疆域。於是信心膨脹的越南就貿然出兵柬埔寨，在柬埔寨實行了軍事統治，試圖吞併柬埔寨。
儘管越南出兵柬埔寨有自己的私心，但是從客觀上推翻了殘暴的紅色高棉政權。雖然當時的柬埔寨不願承認是越南將其從紅色高棉中解救出來，但是實際上讓很多柬埔寨人脱離了紅色高棉的反人類苦海。越南在紅色高棉失去民心後才得以迅速佔領柬埔寨。這和二戰時期日本從東南亞國家趕跑外國殖民者是一樣的效果，柬埔寨人至今對越南人這段入侵歷史並不反感，反而還心存感激。只有當時被推翻的柬埔寨政權下的既得利益者才對此口誅筆伐，拉那烈在巴黎對洪森的辱罵也就可以理解了。
柬埔寨結束內戰後，仍是世界最貧窮的國家之一。柬埔寨是全世界在其境內大部分區域還住着茅草屋的原始生活的國家之一，有60%的柬埔寨人口受到過教育。在柬埔寨的鄉村中，一户人一年只能賺到500美金左右，若遇到旱災洪澇等自然災害則鋭減到一户收入只有125美金左右，而且由於基礎水利設施缺乏，乾旱洪澇災害頻繁。柬埔寨的每10個新生兒就有1個活不過5歲，大多死於營養不良或者疾病。
柬埔寨想扭轉這一形勢，也只有通過改革開放，吸引外資才能獲得國家發展的第一筆原始資本。作為鄰國的越南在富裕之後，由於語言溝通比較順暢，是柬埔寨極力抱大腿的原因之一。對於柬埔寨來説，無論是誰執政，越南這個金主是必須得拉住的，洪森與越南也就一拍即合，沒有理由會拒絕越南的資金。
而且柬埔寨長期與泰國在柏威夏古寺存在邊境衝突，由於越南在中南半島的軍事實力還是能鎮得住場面。在東盟的架構下曾多次調解柬埔寨和泰國的軍事衝突，柬埔寨需要越南為其説話撐腰。這對於柬埔寨來説，越南是一個可以交好的對象，以至於不讓柬埔寨四面都是強敵。而越南在柬埔寨的投資和國家利益，也會讓他們成為利益共同體捆綁在一起，越南若站在柬埔寨一邊，柬泰的實力差距就會瞬間改變。
綜上所述，洪森被指親越，是其政敵的酸葡萄心理，誰也無法改變越南在柬埔寨的影響力。小國在國際博弈中要想在夾縫中生存，必須要犧牲自己選邊站的利益。反正都是得抱大腿，洪森當然是選擇大腿粗的抱住，只要抱住大腿的國家實力夠，親誰也是親，沒有本質的區別。正所謂弱國無外交，洪森也只能擇良木而棲。