益生菌最好在飯後服用，因為益生菌是活性菌羣，空腹時胃內只有胃液，這時吃下的益生菌會被胃酸破壞，活性就會降低，起不到補充益生菌的效果。吃完飯後，胃酸會被吃進去的食物中和掉，胃酸的濃度會降低，這時吃進去的益生菌就可以保持活性，順利進入腸道內，發揮它的作用。
有些特殊品種的益生菌可能需要在飯前服用，所以在吃益生菌之前最好看説明書，或者諮詢醫生以後再吃。在吃益生菌時，沖服益生菌的水温也非常重要。水温過高時，會讓益生菌失去活力，吃進去這樣的益生菌，完全無法起任何作用。
最好的吃益生菌的時間是早晨，大多數人吃的早飯都比較清淡，可以在吃完早飯以後再吃益生菌。如果吃食物過分油膩或刺激性比較大時，最好不要吃益生菌，因為這些食物還會對益生菌造成傷害，影響益生菌活性，降低吃益生菌的效果。
在感冒或發燒時，可能需要吃藥進行治療，在吃藥時最好不要吃益生菌，因為這些藥物中的抗生素成分，會影響益生菌的活性，還可能將益生菌完全殺死。可以在吃藥兩小時以後，等藥性吸收差不多時再吃益生菌。
益生菌雖然是有益菌羣但是不能長期吃，長期吃腸道內的菌羣種類和數量會發生改變，造成腸道菌羣紊亂等症狀。長期吃益生菌還會讓身體產生依賴性，當不吃益生菌時就會出現消化不良或便秘等症狀，所以最好在腸道出現不適或出現消化不良等症狀時才吃益生菌，等腸道疾病症狀消失以後要立刻停止服用益生菌，以免造成腸道菌羣紊亂。
益生菌有很多的作用，能增加身體新陳代謝率，還能清理身體的有害物質，抑制致病菌繁殖，讓致病菌的數量低於有益菌數量，保持身體健康。益生菌還能阻斷自由基，抑制自由基生成，延緩衰老。益生菌自身有一定的免疫力，能增強肌體功能，提高免疫力。