自古以來富士山就被日本學者所謳歌，由此形成了濃厚的富士山文化，富士山還被稱作是“富嶽”、“不二的高嶺”而《常陸國風土記》中的“福慈嶽”是富士山最早的記載，還有古文獻將富士山稱為不二山或不盡山。日本古代詩歌集《萬葉集》中也有很多關於富士山的文學作品，而明確記錄了“富士山”這一詞則是來自於《富士山記》。
想必很多人都聽過陳奕迅演唱過的《富士山下》，在歌曲中有句歌詞是“誰能憑愛意要富士山私有？”但富士山還真就不是國有的，是私有財產，日本政府都管不了，只能交天價租金。這個日本最牛的房東就是淺間神社，不過富士山在最早是屬於德川幕府，後來德川幕府將富士山贈送給了淺間神社，富士山頂建立有富士山本宮淺間大社，用以祭祀富士山的神靈，供奉的神靈是“木花開耶姫”，“木花開耶”的意思就是“櫻花”。
相傳木花開耶姫從日本的沖繩出發，途徑九州、關西、關東，到達了北海道，將象徵愛情和希望的櫻花撒遍了各地。江户時期，日本還誕生了許多以富士山信仰為基礎的神道教佛教混合的新宗教，他們發現迅猛，規模龐大，逐漸對幕府產生了威脅，因此遭到了幕府的鎮壓，不過富士山信仰的影響卻沒有因此消失，富士山反而成為了日本人心中的聖地，不僅僅只是作為景色優美的山峯。
日本實行明治維新後，富士山在很長一段時間裏是屬於國有的，但在二戰時期，日本政府又將富士山除山頂外的其他部分歸還給了淺間神社。但淺間神社（其背後是德康家族）在日本的地位也不容小覷，最終在淺間神社的爭取下，日本政府於2004年將山頂部分的所有權也都歸還給了淺間神社。
由於日本富士山文化影響很大，以及各國的遊客都喜歡去看看富士山，日本政府因此租下了富士山，並大力了開發旅遊業，1952年時，富士山被選為了特別名勝；2011年，富士山被選為了史蹟；2013年富士山與其相關聯的文化財產羣被收錄進了世界遺產名錄。