哈哈，這個問題有意思了，宇智波滅門事件中誰才是最大的受益者？個人認為輝夜的意識黑絕才是最大的受益者，木葉村，團藏和曉組織都是黑絕復活輝夜過程中利用的對象而已，下面具體説明一下。
木葉村和宇智波一族的矛盾根源可以追溯到因陀羅和阿修羅的矛盾，因此從劇情角度來看二者之間的矛盾是不可能完全調和的，但是隨着時間推移，為了維持忍者村內部和諧得到各大國更多的資源分配實際上後續劇情中木葉村和宇智波一族的矛盾並沒有那麼深，之所以後面非要弄到魚死網破就和團藏為了謀取個人利益的所作所為有關係了。
因此個人認為表面上來説鼬執行完滅族行動以後讓木葉村和宇智波一族的矛盾消失，但是實際上從宏觀層面考慮還是讓木葉村的整體戰鬥能力下滑。千手扉間之所以讓宇智波一族承擔木葉村警戒部隊的任務，一方面是為了監視和控制宇智波一族的發展，另一方面就是看中寫輪眼在戰鬥能力方面的加持。
因此即使在滅族行動過後木葉村收集了足夠多的寫輪眼，沒有搭配其使用的宇智波一族族人特殊體質，木葉村並沒有完全發揮寫輪眼的作用。而在宇智波一族滅亡以後日向一族成為木葉村整體實力最強的宗族，但是實際上白眼的能力特點是擅長偵查，真正能夠在戰鬥中壓制對手還是寫輪眼的優勢更加明顯。
而如果沒有團藏要求鼬進行滅族行動的話，以宇智波一族的底藴應該能夠持續誕生具有不錯忍者天賦的角色，這樣一來即使木葉村由於九尾襲擊事件造成大量人才損失，後輩力量依舊儲備充足，甚至如果三代火影更加果斷一些的話即使後面有大蛇丸襲擊木葉村和佩恩入侵的事件，宇智波富嶽，宇智波鼬和止水都能夠有效分擔三代火影的負擔，甚至三代火影都有可能不需要犧牲。畢竟大蛇丸是比較受寫輪眼幻術能力的剋制的。
結果按照劇情發展宇智波一族滅族之後木葉村的中高層戰鬥力下滑幅度就越來越快了，新的木葉十二小強還沒有成長起來，木葉村只能依靠三代火影和傳説中的三忍撐老底。即使在後續劇情中木葉村能夠起到決定戰鬥勝利的關鍵角色並不是木葉村中的大家族，而是漩渦鳴人，宇智波佐助以及幾個為數不多的精英上忍。所以剷除宇智波一族的行動對於本來經歷九尾襲擊事件後實力受損的木葉村是進一步的打擊，沒有主角光環的話早就被其他忍者村解決掉了。
團藏如果不摻和宇智波一族和木葉村之間的利益糾紛問題，後續因為劇情發展需要宇智波一族依舊有可能被猿飛日斬下令消滅。這樣一來後續宇智波佐助復仇的對象就直接是猿飛日斬和其它木葉村高層，結果團藏一通操作可以説是為猿飛日斬和其它木葉村高層背鍋了（團藏自己的問題加上當時是其要求宇智波鼬進行滅族行動的）。這樣一來團藏在等到猿飛日斬死亡，綱手受傷以後也可以憑藉在木葉村積累的資歷上位，甚至可以在鳴人成長起來之前掌控木葉村一段時間。但是由於劇情中團藏過於激進的行為導致宇智波一族行動並沒有從根本上讓團藏得到機會控制木葉村各方面的力量。
團藏雖然收穫了大量的寫輪眼但是由於沒有宇智波一族族人的特殊體質，並不能完全發揮寫輪眼的特殊能力，實力提升層次有限。結果最後團藏成為了推進劇情發展和化解佐助心結的磨刀石。
黑絕想要復活輝夜必須要收集尾獸並且找到十尾人柱力和足夠的查克拉，這幾個準備工作都被斑和曉組織成員完成了。收集尾獸藉助了曉組織成員的能力（如果沒有滅族行動鼬不可能加入曉組織），大蛇丸和團藏勾結研究忍術的過程讓宇智波斑能夠以穢土轉生的方式出現並得以復活，宇智波斑成為十尾人柱力以後黑絕利用斑的身體把輝夜復活。因此客觀來説宇智波一族滅族行動最大的受益者既不是木葉村也不是團藏而是黑絕。
宇智波一族滅族造成木葉村整體戰鬥力滑坡讓外部勢力能夠趁虛而入，讓忍者世界的穩定局面受到挑戰，隨着宇智波鼬加入曉組織和佐助的復仇計劃讓火影的主線劇情更加明朗和有連續性。最後得利的就是黑絕了，可以説宇智波斑之所以會誤入歧途過於追求力量就是黑絕造成的，也為宇智波一族和木葉村之間產生矛盾提供了導火索。
最後總結一下，個人認為宇智波滅族事件最大的受益者就是黑絕，其他無論是木葉村，團藏，佐助和曉組織都是受黑絕利用復活輝夜的對象而已，分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。