螞蟻集團財報顯示，2017年、2018年、2019年以及2020年1-6月，公司向阿里巴巴集團收取的支付處理和擔保交易服務費金額分別為56.30億元、75.66億元、92.36億元以及40.44億元，而同期螞蟻集團數字支付與商家服務收入分別為358.90億元、443.61億元、519.05億元以及260.11億元，佔比分別為15.7%、17.1%、17.8%和15.5%。
根據螞蟻集團透露，阿里巴巴集團根據費率及阿里巴巴集團的交易市場上實際處理的支付額向支付寶及發行人的其他子公司支付費用。關於費率，螞蟻集團稱，對於市場上的客户，一般會綜合考慮服務對象的業務體量、交易規模、市場競爭狀況、對於支付寶生態體系的價值和重要性、合作深度等因素，在商業談判的基礎上與重要客户合理協商確定支付費率水平。
而對於阿里巴巴，決定費率有三個因素：：一是支付寶向阿里巴巴集團提供服務而產生的銀行處理成本及支付寶運營費用；二是其他服務主體提供類似服務的市場價格；三是支付寶向第三方客户提供服務的價格以及提供給重要客户的折扣，並依據上述相關費用的增減，進行年度調整。