1688年，葛爾丹奮起3萬騎兵，進攻了喀爾喀，一舉將整個喀爾喀地區收入囊中。
喀爾喀的首領率10萬餘眾向南逃去，請求康熙大帝的幫助。1690年，康熙的清王朝和葛爾丹的準噶爾正式開戰。
後來的準噶爾被清朝軍隊打得落花流水，葛爾丹兵敗自殺。但準噶爾汗國並未從此隕落。葛爾丹死後，準噶爾在沙皇俄國的支持下，多次南下，襲擾大清。這種情況一直持續到1757年，也就是乾隆時期才得以徹底地解決。自康熙統治的公元1690年到乾隆時期的公元1757年，前後歷時67年，清王朝才徹底消滅了準噶爾，接手了新疆。
而到了清朝末年，左宗棠只用了不到兩年就收復了阿古柏統治下的新疆。
為什麼兩者的差距這麼大呢？總的來説有以下幾點：
1.阿古柏和準噶爾比，太弱了。
阿古柏只是一個趁亂髮財的投機分子，出身並不大富大貴的他，當時的中國西部局勢不穩，就尋求了外國勢力的幫助，趁機統治了新疆。
而準噶爾就不同了，它統治西域多年，根深蒂固，鼎盛時期佔領的土地多達700多萬平方公里。
2.阿古柏不得人心
前面已經説過，準噶爾統治這裏多年，而且之前從未臣服過，他們不僅擁有地理上的優勢，更是擁有當地百姓的支持。
而阿古柏這個投機分子剛一得勢就濫殺無辜，施展暴政，他統治新疆不過才幾年，而清朝已經在這裏用心經營了100多年。當地的百姓都希望清朝的軍隊能把他們從阿古柏的魔爪下拯救出來。
3.軍隊實力相差懸殊
康熙到乾隆時期，兩方的戰鬥都是冷兵器加騎兵，輸贏靠的也只是人數上的優勢，國力的強盛程度和指揮將領的優劣。
而到了左宗棠時期，清朝那時剛剛平了洪秀全之亂，給他的軍隊裝備了大批最新的火炮和火器。相比之下，阿古柏就很寒磣了。
而且當初左宗棠是抱着要和沙俄開戰的準備去新疆的，如果不是李鴻章不同意，左宗棠能和沙俄打起來。（據説他是有把握能打贏的。）區區一個阿古柏，自然不是什麼很艱難的事情。