Q1：河水的顏色受什麼影響?
水是無色的。水溶液的顏色取決於水中溶解的礦物，而河水除了溶解礦物外還攜帶泥砂。
前者主要通過金屬離子顯色，比如這樣：
這條小河流經了富含鐵元素的地層，含有過多的三價鐵，於是黃了。並不渾，只是黃，泥砂量很低。
後一種情況，比如黃河，泥砂含量巨大，黃砂的顏色直接影響了河水看上去的顏色——如果將靜置沉澱掉泥砂，水其實並不那麼黃。這種“河水”顏色實際上受到懸浮顆粒顏色的影響。
所以，具體情況應當具體分析。比如題主照片裏的這條河，流速高浪花飛濺，具有很強大的水動力，裹挾大量泥沙——於是，這種灰黑的顏色更可能是懸浮在水中的泥砂、礫石顆粒的顏色。
Q2：泥砂不是黃色的嗎?
當然不止黃色啦，這取決於母巖的類型，也受距母巖的距離控制。
介入一個概念：沉積物的成熟度。包括結構成熟度和成分成熟度。結構成熟度是砂粒從稜角分明變得渾圓一體的程度，和這個問題沒關係就不説了。成分成熟度是砂粒中穩定礦物組分的大致含量。和顏色有什麼關係呢?當然有關，不同的礦物顏色是不一樣的嘛。岩石是礦物的組合體，岩石與岩石的差異很大程度上是礦物顏色差異導致(石灰岩表示不服)。還有一些其他因素，這裏不説了。
沉積學上，泥砂中含量前三的穩定礦物是石英，長石和雲母。其中，石英是無色 - 白色，長石是肉紅色 - 黃褐色，雲母分為淡黃褐半透明的白雲母和暗褐色半透明的黑雲母。其中，對於源遠流長的河流來説，砂粒中長石的成分較高，因此主導了懸浮物的色調：黃色為主。
越接近上游的地區，距離母巖地區近，泥砂、礫石中的不穩定組分更多(成分成熟度低)，顏色更可能絢麗多彩。類似的情況也發生在海灘(去這裏看圖——為什麼有的海灘是沙子，有的卻是石子? - 雲舞空城的回答)。越是源遠流長的河流或海灘，由於遠離母巖區，泥砂、礫石中的不穩定組分顯著降低，顏色先是長石佔優的黃褐色，最後演變為石英佔絕對優勢的白色。
瞭解了河水中懸浮物顏色的成因後，再來看題主的圖：
山區河流，不穩定組分很高;渾濁，懸浮物含量極大;灰黑色，亂七八糟的不穩定礦物成分含量很高，其中大部分應為灰黑色為主的暗色礦物。
而更深層的原因，是這些山體的岩石類型：別忘了，岩石是礦物的集合體。
我們甚至可以開個腦洞，大致推測一下此處的主要巖性：非石灰岩(泥砂少)，非沉積岩(產生泥砂主要是黃色)，非中酸型岩漿岩(巖體顏色和泥砂主要偏黃)。基性岩漿岩或變質岩的可能性很大，顏色豐富。