風之谷分動畫和漫畫，很多人知道漫畫版的存在，但是並沒有看過。動畫版的內容相當於漫畫版的序章，主要人物只出場了三分之一，內容和漫畫版序章基本是一致的，主要是呼籲人與自然和諧相處以及人與人和諧相處，然而進入主線後，動畫版無論劇情還是主題都被徹底推翻了。
風之谷整個的世界觀設定是這樣的：古代(也就是我們現在)發生了世界大戰，由於化學與核武器的濫用，導致生物圈徹底毀滅。古人利用基因技術製造了一系列的新 生物，使他們形成一個人造的生物圈，清理地表的污染物。在這個體系中，腐海的植物吸收生物圈中的污染物，各種昆蟲和王蟲食用植物，形成生物圈的循環。每隔 一定的時間，王蟲會往外大規模遷移(大海嘯)，把植物孢子帶到新的地區，擴展腐海的面積。老舊的腐海經過上千年的生長，耗盡污染物後就會石化，這時污染物 都已經被固化，環境也就清理完畢(動畫中他們在地下發現的空洞是清理的中間狀態)。
植物生長過程中會排放有毒孢子，所以人類只能在沒有腐海的地方生存。按照古人的計劃，最終腐海會覆蓋全球，因此森林人這個民族研究出在腐海中與自然共生的技術，以便在最終的末日之後倖存。
但是娜烏西卡和瑟爾穆(男主角，森林人，動畫劇情沒進展到他出場)探訪了古代人留下的科研基地(故事中稱為陵墓)，得知現代人其實都是實驗動物，主要是研究 人類在污染環境下的生存能力，並不能在潔淨世界中生活，當污染都被清除後，現代人是必然會滅亡的。而陵墓探查到環境恢復後，會利用冷藏細胞復活古人和古代 生物，讓地球重新回到古代。
於是雙方攤牌，現代人有兩個選擇：
1 按照原本的安排，與自然和諧共處，直到最後滅亡。
2 否定古人的計劃，無論人類還是腐海都脱離古人的控制，走上未知的道路。
漫畫爭議最大的部分就是娜烏西卡的選擇。如果選擇 1，那麼人類至少還有幾千年時間可以苟延殘喘，而且陵墓的計算機許諾，可以提供技術修改現代人的基因使他們 能生活在無污染的世界。而漫畫中選擇的道路則是 2，娜烏西卡摧毀了陵墓，消滅了一切古代遺產，讓人類脱離古人安排好的路線，自己尋找新的道路。雖然沒有明 説，但人類只有摧毀以腐海為中心的這個生物圈才有活路。(當然，這一切都是瞞着其他人乾的，只有瑟爾穆和森林人知道她的作為，這也是漫畫迷們對娜烏西卡爭議最大的一點。)
作為一個以“與自然和諧相處”開頭的故事，風之谷很明顯與主流的環保主義背道而馳，尤其是那些視自然為神聖，要求把人類對自然的影響減 少到最小的原始環保主義。動畫版中安排的自然界的各種奇蹟最後都被證明是古人導演的一場戲，原本是希望在這一步就唬住人類(也就是動畫版結尾的那個狀態)，漫畫中娜烏西卡和瑟爾穆得知真相後也是大受打擊。
但是宮崎駿並沒有否定環保本身，他只是希望能夠更加理智的看待人與自然的關係，自然並不神聖，神聖的是生命，而沒有自由，生命就沒有意義。人類如何對待自然就會如何對待自己，“改造自然”和“改造人類”一樣，都是讓生命失去神性的做法。
看過一個格瓦拉的傳記，裏面這樣總結格瓦拉的價值觀：為了建造理想中的未來，他想要毀滅身邊的一切。漫畫裏的理想鄉和陵墓，其實指的就是這種東西，宮崎駿曾經見證左翼運動的興起和失敗，也只有他們那代人才會畫出這樣的故事。
實際上，宮崎駿筆下的自然可以視為“命運”的隱喻，所謂“享受命運給你準備的每一道菜”只是一種看上去很酷的懦弱而已，而想要操縱命運也是不現實的妄想，正因為無法看穿，人才成為人，迷茫和痛苦是我們活着的證明。
故事最後，在自由和生存之間，娜烏西卡選擇了自由，風是自由的象徵，娜烏西卡是風之谷的公主，這就是標題隱藏的含義——生命誠可貴，愛情價更高，若為自由故，兩者皆可拋。