第一次馬其頓戰爭以平局收場，羅馬與馬其頓簽訂了和平條約。但是，馬其頓國王菲利普五世的野心並沒有因此而終結，在向西的嘗試失敗以後，他將目光投向了東方。公元前204年，埃及國王托勒密四世去世給了他機會，菲利普五世趁機與塞琉古王朝簽署秘密協定，試圖吞併埃及在小亞細亞的勢力。
馬其頓在小亞細亞的活動引起了當地的帕加馬、羅德島等城邦的不安，他們一面在海上抵擋馬其頓的進攻，一面向羅馬求援。正在羅馬當局猶豫不決的時候，馬其頓與以雅典為核心的阿提卡同盟交惡，公元前201年，菲利普五世派遣大軍包圍雅典，給羅馬參戰提供了合適的藉口。
第二次馬其頓戰爭前愛琴海地區形勢圖
羅馬參戰
公元前200年，羅馬執政官蘇爾皮西烏斯説服元老院支持對馬其頓戰爭，隨後他招募了大批剛從“第二次布匿戰爭”結束後退伍的老兵，在巴爾幹半島西部的阿波羅尼亞登陸。與此同時，菲利普五世在吞併愛琴海東岸大片托勒密王朝土地和打敗阿提卡同盟後，也回軍向西，準備抵擋羅馬人的進攻。
公元前200年的冬末，蘇爾皮西烏斯率軍一路向東挺進，在達薩雷地區和馬其頓軍隊遭遇。雙軍沒有爆發大戰，在經過一系列小規模的戰鬥後，菲利普五世因達達尼爾人襲擊馬其頓北部而連夜撤軍，蘇爾皮西烏斯在當地劫掠一番後也返回了自己的基地。隨後，羅馬海軍也在拔除馬其頓海軍的兩個重要基地後返航。
蘇爾皮西烏斯的進軍路線圖
弗拉米尼努斯崛起
公元前198年，未滿30歲的弗拉米尼努斯當選羅馬執政官，率領新招募的軍隊增援馬其頓的戰事。進入巴爾幹半島後，弗拉米尼努斯與菲利普五世舉行了一次和平談判，他要求菲利普五世停止進攻希臘城市，將所有軍隊撤回馬其頓本土以及對所有受到攻擊的城邦進行賠償。
一代雄主菲利普五世自然不會接受這一苛刻的條件，在他大怒離場後，弗拉米尼努斯決定對馬其頓軍隊發起進攻。在隨後的阿歐斯戰役中，弗拉米尼努斯巧妙的派遣一支部隊潛入敵後，兩面夾擊大敗馬其頓軍隊，菲利普五世蒐集殘軍後退往塞薩利。羅馬的勝利迅速引發了此前嚴守中立的希臘各城邦的連鎖反應，馬其頓的世仇埃託利亞人宣佈加入羅馬一方參戰，並一路攻入塞薩利地區與弗拉米尼努斯會和。而在羅馬海軍攻佔埃維亞島包圍希臘重鎮科林斯後，以斯巴達為核心的亞該亞同盟也加入了羅馬一邊。
馬其頓軍隊被打得大敗
面對巴爾幹半島高漲的反馬其頓浪潮，菲利普五世不得不向羅馬求和。弗拉米尼努斯為了連任執政官，以需要等待所有希臘盟友到場參與談判為由拖延時間，同時再次重申上次和談時的條件，讓菲利普五世派遣使者到羅馬與元老院會談。當弗拉米尼努斯得到再次當選執政官的消息後，操縱元老院的支持者們破壞了和談，戰爭仍將繼續。
刻有弗拉米尼努斯頭像的金幣
戰爭結束
和談破裂後，菲利普五世在冬歇期壓榨國家潛力，把未成年人和老人都徵召入伍，試圖進行殊死一搏。而羅馬方面，除了來自本土的援軍外，中立的希臘城邦也陸陸續續加入羅馬同盟。公元前197年6月，弗拉米尼努斯率軍進入塞薩利，與馬其頓軍隊在庫諾斯克法萊展開決戰。
戰鬥從偵察兵的遭遇戰開始，逐漸發展成兩軍主力的混戰，最後，弗拉米尼努斯趁馬其頓增援軍隊立足未穩的機會，發動全軍突襲敵軍左翼，致使馬其頓軍隊全面潰敗。與此同時，羅馬的希臘盟友也在巴爾幹各處擊敗了馬其頓軍隊。
著名的馬其頓方陣
菲利普五世率殘部逃回馬其頓後，再次向羅馬乞求和平，這一次，他接受了弗拉米尼努斯先前提出的所有條件。然而，獲勝後的羅馬提出了更加苛刻的條件，包括大量戰爭賠款，裁撤軍隊和不經羅馬同意不得發動戰爭等。別無選擇的菲利普五世不得不全盤接受並簽署和平協議，第二次馬其頓戰爭以羅馬大獲全勝告終。
弗拉米尼努斯宣佈希臘獲得自由
戰後，弗拉米尼努斯宣佈希臘獲得自由，並於公元前196年從巴爾幹地區撤出了羅馬軍隊。第二次馬其頓戰爭也標誌着馬其頓喪失其區域性大國的地位，取而代之的是羅馬在地中海東部影響力的急劇上升。而羅馬軍團的勝利也宣告了享譽一時的馬其頓方陣的沒落。與此同時，隨着馬其頓退出小亞細亞，塞琉古王朝趁機接收了馬其頓遺留下來的全部地盤，這導致了數年後羅馬與塞琉古的戰爭。