邊疆問題是中國古代王朝統治最重要的問題之一，它關係着王朝的領土完整以及中央王朝對於邊疆的統治和權威。許多王朝覆滅於內部腐敗，但邊疆問題卻往往是“壓死駱駝的最後一根稻草”，這一點在明朝展現的淋漓盡致。
明朝的邊疆問題主要在於東北。1386年，朱元璋在南京建國，國號大明，建元洪武。與諸多統治中原的少數民族政權一樣，元朝統治者在數百年間早已經在縱情聲色之中將蒙古人的強大消耗殆盡。元朝的腐敗問題與民族矛盾非常尖鋭，元末明初學者葉子奇在他的著作《草木子》一書中揭露道：“元朝末年，官貪吏污，始因蒙古色目人罔然不知廉恥之為何物。其問人討錢，各有名目……漫不知忠君愛民之為何事也。”如此一來，元朝已是不得民心，因此當朱元璋建國後，元朝很快就被推翻，大量元朝將領投降明朝。當然，還有一部分元朝殘餘勢力佔據在西北和東北一帶，對明朝負隅頑抗，給明朝邊疆統治帶來巨大的威脅。
在這種情況下，為鞏固明朝統治，明太祖在平定元朝殘餘勢力以後，在遼東半島建立遼東都司和許多羈縻衞所。遼東都司全稱為遼東都指揮使司，它是明朝在遼東地區設立的軍政機構，而明朝的羈縻衞所則是明朝時針對邊疆地區，以當地首領為長官，掌管當地軍民政事的地方機構。羈縻衞所直隸於兵部，不過在實際操作中羈縻衞所擁有極大的權力，其長官甚至由各部族世襲，足以可見當地部族首領對於羈縻衞所的掌控力度。
羈縻衞所制度起源很早，宋朝時就已經出現，《資治通鑑》記載：“大者為州，小者為縣，再小者為峒……“巴酋長子弟，量才授仕，置之左右。”明朝時對羈縻衞所制度進行創新，它是明太祖、明成祖等人對於治理邊疆的智慧結晶。羈縻衞所中所謂“羈”就是用軍政加以控制，而“縻”則是指以經濟和物質利益作為撫慰。羈縻衞所最著名的代表是奴兒干都指揮使司，它於永樂九年（1441年）正式設立在黑龍江一帶，主要官員初為流官，後為世襲。兀良哈三衞也是羈縻衞所的重要代表，它比奴兒干都指揮使司成立要早，為1389年設置於納哈出一帶。
由於明朝時在東北大量設立羈縻衞所，因而明朝對於東北的統治也被稱為“羈縻統治”。羈縻統治有利有弊。在明朝初期，明朝國力鼎盛，元朝負隅頑抗的勢力相繼被明太祖和明成祖鎮壓平定，許多蒙古人都依附於明朝，更不用説剛剛經過休養生息恢復元氣的女真人。東北地區的女真人在明代時分為四大支系：建州女真、海西女真、東海女真以及黑龍江女真。黑龍江女真和東海女真距離明朝遼東較遠，因此影響不大，因而建州女真與海西女真成為明朝治理東北的關鍵。
海西女真對明朝遼東地區常有侵擾，但由於遼東總兵李成梁的打擊，海西女真逐漸式微，建州女真卻趁機崛起。建州女真依附於明朝，嚮明朝進貢，接受明朝皇帝冊封。永樂二年（1404年），明朝設立建州衞，封當地首領阿哈出為建州衞指揮使。後來，由於另一位首領猛哥帖木兒因跟隨明成祖攻蒙有功，被封為建州左衞指揮使。在動亂當中，猛哥帖木兒被殺，其子董山也被俘獲，建州左衞印丟失，猛哥帖木兒的弟弟凡察向朝廷上報，明朝皇帝於是再次授予凡察新的建州左衞印。可是不久之後，董山被贖出，原有的建州左衞印也重新找到，叔侄倆關於建州左衞的歸屬權產生爭執。明英宗下令將建州左衞一分為二，再增設建州右衞，凡察與董山各掌一印。因此，建州衞一分為三，分別成為建州衞、建州左衞、建州右衞，史稱“建州三衞”。
明朝初期對於東北地區的統治是比較成功的，通過羈縻政策，明朝獲得東北以及西北地區各部族的支持，比如明太祖以及明成祖平定反抗勢力時都有少數民族的支持。明朝還通過羈縻衞所進行互市，用內地的的服飾、鐵鍋、耕地工具等換取東北地區的馬匹、人蔘、貂皮等土特產，極大促進了明朝內地與東北的交流和發展。
不過，明朝對於東北統治的問題也是顯而易見的，在東北設立的羈縻衞所的長官大都是當地部落首領擔任，且為世襲，這也就是意味着東北地區實際上完全由當地部落掌管，明朝只是名義上的主人。明朝初期國力鼎盛，東北地區的部落首領懼怕明朝的同時多對明朝的冊封心懷感激，因此他們比較聽命於明朝，可是在明朝後期，隨着明朝國力衰弱，加上遼東歷代總兵對於東北地區的剝削和打壓，激起了東北地區各民族的反抗，尤其是不斷崛起的女真人，成為明朝在東北地區最大的威脅。
明萬曆二年（1574年），女真首領王杲自稱建州右衞首領，並以明朝斷絕貢市，剝奪女真生計為由，舉兵進犯遼陽等地。明遼東總兵李成梁在王杲部下覺昌安的帶領下找到王杲部，並將王杲誅殺，不過在戰亂當中，覺昌安也被明軍誤殺。當噩耗傳到愛新覺羅•覺昌安家的時候，有一位少年在心中埋下了仇恨的種子，他發誓要替祖父報仇，推翻女真人眼中的“天皇帝”，而這位少年，就是努爾哈赤。
由於明朝國力衰弱，加上東北各族異動不已，明朝已經逐漸失去對東北地區的掌控。努爾哈赤逐漸崛起，他先是征服建州，然後統一女真，最終於萬曆四十四年（1616年）建國，國號大金。萬曆四十六年（1618年），努爾哈赤發佈“七大恨”檄文，對諸貝勒宣佈：“欺凌實甚，情所難堪，因此七恨之故，是以徵之。”（《滿洲實錄）》此後努爾哈赤不斷率軍攻打明朝北方，成為明朝最大的威脅。明朝對於努爾哈赤的後金疲於應對，只能不斷抽調軍力抵禦女真人的進攻，因此失去鎮壓國內農民起義的最好機會，最終京城被李自成攻陷，明朝覆滅，崇禎皇帝自縊殉國。
參考資料：
《草木子》 葉子奇
《資治通鑑》 司馬光
《滿洲實錄》