魏斐德（美）和何炳棣（美）認為，太平天國運動是“世界人類歷史上最大的殺戮”，後來葛劍雄、侯楊方、張根福三人在《人口與中國的現代化：1850年來中對此數據進行了嚴肅統計，統計出太平天國大約導致1億人口減少，大約佔到當時總人口的四分之一。
如果憑藉損失人數來計算，似乎我們就要認可兩位美國籍學者的結論，但是我們要考慮兩個細節。
第一，一億人口減少這是基於户籍人口損失的賬面數字。大量逃亡、瞞報的行為並沒有被記錄在內，而當時孱弱的清朝基層統治也無法精確地統計這些數據。所以人口減少不等於人口死亡。
第二，賬面上的人口減少，無法確定到底是什麼原因導致人口減少，更無法認定到底是誰導致了這人口的減少。
這也就能理解太平天國導致一億人口減少這樣結論為何在學術界聚訟成風，一些人説人口死亡5000萬、3502~7097萬、1000萬、2000萬等數據。
而更為重要的是，太平天國運動導致的人口減少不能將所有的罪責歸咎於那個在南京建立的政府。如果我們武斷地將“戰爭罪行”概念引入到那個時代，則不難發現：清軍對無辜百姓的暴行，比太平軍更為惡劣，犯下的戰爭罪更多。
太平天國運動近百年後，山東地區傳唱着一首民歌：
長毛哥！
長毛哥！
一年來三遍！
也不多！
這是一首聽起來很奇怪的民謠，如果我們認定人口減少一個億的罪魁禍首在太平軍，進而推斷這是一支“兵過如篦”的軍隊，那麼百姓何以對太平軍如此的歡迎？
也許是許多人不願意承認的一點：太平軍是一支對百姓秋毫無犯的軍隊，在歷來農民起義的部隊中，其軍紀嚴明程度稱得上是數一數二。
我們能看到歷史中大量這樣的記載：
在太平軍佔領了永安州之後，太平軍公平交易的原則吸引了大量老百姓和地主偷運各種物資，甚至有一些老百姓出於對滿族統治的不滿給予大量軍資。
在太平軍佔領安徽省府安慶後，百姓簞食壺漿、送來大量的糧餉軍資，甚至包括了人口户籍資料。
太平天國的軍紀中明確表明嚴禁滋擾百姓，比如在金田起義前制定的六十二條軍規（天令）中，明確規定了人道對待一般平民，包括禁止屠殺、姦淫、掠奪甚至是強買強賣、虐待勞工和縱火等。
因為人人皆為兄弟，自然人人平等。這種基於儒家化了的基督教信仰，使得他們能夠保持良好的軍事紀律，對百姓秋毫無犯。尤其是從廣西里走出的第一批隊伍，更是幾乎從始至終保持着這樣的理想主義色彩。
在廬州城被佔領後，太平軍公佈了嚴格的命令：“士農工商，各有生業，願拜降就拜降，願回家就回家。”親歷者周邦福寫了一本親歷記，裏面寫道部分不願意投降的百姓竟然在太平軍的護送之下，安全地被送回了家。太平軍對百姓的財產秋毫無犯，這是實打實的鐵證。
清朝官又不得不承認：“賊不殺人，盡人而用之，人不知畏賊。村野之民，盛稱賊之義氣，遂以為德。”曾國藩等士紳官僚將這種軍紀嚴明，視作是太平軍的奸猾計謀，側面來説也是一種肯定。
但我們也無法忽略，太平軍在戰爭過程中也有過屠城行為。初期的典型案例如全州慘劇，全州慘劇是因為太平軍的核心領導人馮雲山在攻佔期間被火炮轟擊受到重傷，全軍以復仇的心態屠殺了全州城內的數千人。北伐期間的比如滄州屠殺，這同樣也是復仇心態所導致。
還有值得注意的是老百姓在城破後的自殺行為。武昌城在城破之後約有10萬人自殺，大多數史家認為這是太平軍屠殺所致，這是不公允的。弔詭的是，太平軍在佔領武昌城後軍紀嚴明，不允許強姦和劫掠行為，儘管有部分太平軍（多沒有經過規訓的新兵或者投降清軍）有零星趁火打劫行為，但這似乎並不妨礙他們受到了武昌百姓的愛戴。
同樣，隨着最早來自廣西的太平軍在連續的戰爭中損耗殆盡，這支隊伍的純潔性和紀律性受到了挑戰。在不斷的腐化後，長毛和清軍的區別，變得相差無幾。
“長毛未到，兵勇先劫掠，長毛一到，兵勇先逃，今長毛已還，又思收入餘燼”
與太平軍初期對百姓的秋毫無犯形成鮮明對比的，是清軍對過往百姓的屠戮無算。
曾國藩的日記中曾有客觀描述，認為清軍在駐紮地附近擄掠無算、擾民不已，説“兵勇不如賊匪之安靜”，對於江南大營，曾國藩還算公允地寫道：“潰敗後之擄掠，或戰勝後之焚殺，尤屬耳不忍聞，目不忍觀，其慘毒實較賊又有過之無不及。餘不欲言，餘亦不敢言也。”
而他自己指揮的湘軍，則一味地縱容屠殺和掠奪。每破一城，就擄掠一次，百姓何其苦哉！攻破南京城後，他又縱容曾國荃的部隊在南京屠殺了10萬人，這樣的戰爭罪行比之侵略者日寇何如？至於淮軍和洋槍隊，所犯罪行也是罄竹難書。
當時的外國傳教士有的咒罵屠殺是清軍所為，有的則認為是本地土匪，總之：不是太平軍。
太平天國史的權威專家簡又文説：
“在太平天戰役十餘年間，全國人民地方所受兵燹之災，大多數是受害於清軍，而少數是由太平軍而致者。至於在長江上游兩岸諸省作戰之清軍，幾全是湘軍，則其間殘害人民與蹂躪地方之責任，又須湘軍負其極大部分的責任了。”
近現代史專家范文瀾説：
“如果將曾國藩的話改為“‘受害於兵者十之七八，受害於革命者亦有二三’那就近乎事實了”。
如果你認為“太平天國是起來造反的，如果他不起來造反，清政府就不會派兵，不會派兵，就不會有流氓土匪化的士兵對百姓的騷擾。”那麼我想用留學生之父容閎的觀點做反駁：“（太平天國運動）惡根實種於滿洲政府之政治，最大之真因為行政機關之腐敗”。
這其實是研究太平天國史的學界共識，是基於客觀事實所下的結論，只不過輿論界成了另一幅模樣罷了。
不過，還有一個問題是：為什麼破壞會這麼大？
太平天國在南征北戰的過程中，軍隊戰鬥人員的數量也不過十萬。而清軍所動員的軍隊數量儘管比這多幾倍，但充其量幾十萬人的軍隊縱橫來去，怎麼能夠造成一億人口的減少呢？
歷史上任何一場這樣規模的戰爭，都無法達到這種程度，那麼答案可能只有一個：人口的大量損失，是在太平天國統治期間發生的。
1871年，來華考察的地質學家馮·李希霍芬（後來指出了羅布泊的位置）進行田野調查後，寫下了這麼一段話：
“在不同地方打聽到的太平天國戰爭中所遭受的倖存者的百分比，一般每百人中僅有三人倖存”
“很難現象比這些地區所遭受的更為可怕的生命財產的毀滅，但它們只不過是遭受同樣命運的廣大的地區的很小一部分”
李鴻章在奏摺中報告戰後江蘇省的情況：
“查蘇省民稠地密，大都半里一村，三里一鎮，炊煙相望，雞犬相聞。今則一望平蕪，荊榛滿路，有數里無居民者，有二三十里無居民者。有破壁頹垣，孤鶩弱息，百存一二，皆面無人色，呻吟垂斃……”
曾國藩也形容戰後的江蘇“幾如荒漠”，有些地方几十里沒有人煙。
除了清軍所屬的江北江南大營的長期破壞之外，我們還要承認太平天國極為糟糕的基層統治也有推波助瀾的作用。
一方面，是大量的逃亡情況。這首先是由於太平軍的革命理想主義太過徹底，導致他們對儒家思想和其他宗教的破壞太過嚴重，其次則是太平軍和清軍不斷交戰，導致的大量百姓流亡。而這些流亡的人口，大都未能及時地進入人口統計，是而成為了賬面上人口的損失。
另外一方面，則是由於太平天國基層吏治的極端腐敗。太平天國後期混入了大量清軍的投降士兵、土匪等，這些部隊都來不及進行整訓，太平天國自身的腐化也在加重。這種腐化一方面激化了逃亡，另一方面則在水患、疫情期間變得脆弱不堪，導致災難瞬間擴展，成為災荒，導致普遍的饑饉。
第一個方面是無能，第二個方面是腐敗。我們常説基層統治是政權的晴雨表，如果這樣來觀察太平天國，則不難看出這個政權之所以滅亡的理由。誠然，一些外國史學家認為“太平天國佔領區的經濟 ,無論是商業或農業部門,租税負擔一般都比舊政權時要輕。”而且總體來看社會更加穩定和繁榮，但卻忽視了基層社會的整體吏治生態。
這一支起初具有革命信仰的軍隊，最後越來越渙散，成了名副其實的烏合之眾，其歷史教訓，我想是尤其值得當今人們去反思的。
最後我還想説的是，我們得注意否定太平天國運動的言論為何會盛行的。太平天國被冠以流氓農民起義軍的形象，似乎是近來才特有的現象。（土地革命時期，蔣介石政府曾對太平天國運動持否定態度，其原因昭然若揭）
這種對教科書結論的簡單反動，似乎帶有一種成年後的叛逆，至今在全社會“蔚然成風”。似乎誰能説出和刻板印象即教科書觀點不相符的結論，誰就可以獲得更多人的關注。無論反對的理由多麼荒唐，似乎都有擁躉的人羣，畢竟在畢業以後就沒有了老師、沒有了有對錯判別的考卷。
人們寧可相信自己從衚衕口風聞來的街頭八卦，也不願意相信修煉多年史家在白紙黑字上署名負責的公允結論，這真是咄咄怪事、咄咄怪事了。
