1864年，清軍打進天京，清末農民起義太平天國運動宣告失敗。此時腐朽的清政府終於意識到了事情的嚴重性，開始大辦洋務運動，嘗試近代化。就在清朝將注意力放在太平天國運動上的時候，另外的一股力量從中亞進入了中國，並且很快便竊取了新疆地區。
新疆從古時起就位於中國政府的管轄之下，西漢時，這裏設有西域都護府，唐朝又稱為安西都護府，1759年，平定西北叛亂之後，乾隆親自將此地命名為新疆，取“新附舊疆”之意，正式將這160多萬平方公里的土地稱為新疆。
但是清軍在新疆的人並不多，大約1.5萬人，至1866年左右，西北的許多地區都落在了一個叫阿古柏的人手中，此人出生中亞，原名穆罕默德·雅霍甫。他在英國以及俄國的支持下，建立了一個國家，自稱“畢條勒特汗”。當時的清朝在帝國主義列強的虎視眈眈之下，還沒有多餘的精力來管這件事情，便任由阿古柏竊取新疆10多年。直到1873年，清朝才有了精力來管這件事情。
當時的中國，終於認識到海防的重要性，在帝國主義堅船利炮的摧殘下，朝廷內的人們已經嚇破了膽，都認為應該集中力量來構建海防。時任直隸總督的李鴻章全力反對對西北的用兵，認為新疆地處邊遠，條件又差，失去了也不會有什麼損失，但是海防若是不建，則清朝危在旦夕。
這時唯有一人站出來指責李鴻章鼠目寸光，此人就是左宗棠。他在呈上的奏摺之中，説明了新疆的重要性，若失去新疆於社稷無益。在左宗棠的一再堅持之下，清朝同意出兵，但卻沒有經費。當時的阿古柏擁有軍隊5萬，其中騎兵就有兩萬，還有1萬軍隊配備了線膛槍。此時左宗棠雖有兵士七萬，但是一無糧二無餉，後繼無力。自河西運糧至烏魯木齊距離850公里，需運費200萬兩，而烏魯木齊距阿古柏的精鋭所在喀什還有1800公里。
沒有辦法，左宗棠只好向匯豐銀行借高利貸，以高達10?利息借了白銀1595萬兩。左宗棠用這筆錢裝備軍隊，買進了最先進的德制和美製的毛瑟步槍，還有江南製造總局放置的步槍數萬支。這支軍隊的裝備質量和數量甚至比當時的歐洲軍隊還要好。1876年8月開始戰爭，歷時一年半，將新疆收回。
左宗棠的功績不可謂不大，被人評價為：乾隆以來，有中國人帶領的中國軍隊所取得的最大成就。