新頒佈的《排污許可管理條例》（以下簡稱《條例》）除了規定排污許可證的“申請與審批”和“排污管理”兩章外，還專設一章“監督檢查”。這一章的內容主要是關於執法程序和執法手段的規定，解決了困擾環境執法機構多年的執法手段使用和執法證據認定問題，為今後固定源排污監管的環境執法提供了有力保障。
一是明確了排污許可執法檢查的頻次和檢查方式由生態環境主管部門合理確定。
環境監管執法的方式，除了現場檢查外，還包括在線監控、函詢、要求行政相對人提交或者上傳報告或者資料、對有關環保的設施和設備抽檢、對違法的設備與設施依法查封扣押等，但最主要的方式還是現場檢查。對於一個排污單位，一年要例行現場檢查多少次，進行非常規現場檢查的條件是什麼，怎樣檢查才是合理的，《條例》第25條第1款規定，生態環境主管部門應當加強排污許可的事中事後監管，將排污許可執法檢查納入生態環境執法年度計劃，根據排污許可管理類別、排污單位信用記錄和生態環境管理需要等因素，合理確定檢查頻次和檢查方式。這一規定要求生態環境執法機構應當按照生態環境執法年度計劃進行執法檢查，避免生態環境執法檢查的隨意性和盲目性。對不同的企業也不是要不加區分地進行同樣頻次的執法檢查，而是可以根據排污許可管理類別、排污單位社會誠信檔案和生態環境管理需要等因素確定檢查的頻次和檢查方式。對排污許可重點管理單位、社會誠信較差單位、公眾比較關注的排污單位，應當檢查的頻次多一些；對排污許可簡化管理單位、社會誠信較好單位、生態和社會影響較小的排污單位，就可以檢查頻次少一些。對此各地方可以制定具體的生態環境執法年度計劃和執法檢查條件，環境執法人員要按照年度計劃和執法檢查條件對排污單位進行執法檢查，再加上嚴格執行《條例》第25條第2款關於環境執法信息公開的規定，就可以確保環境執法的公平公正。
二是明確了排污單位配合環境監管執法的義務。
環境監管執法（包括排污許可監管執法）的一大困難是排污單位封閉經營，掌握最原始的資料和信息，生態環境主管部門無論是進行現場執法還是通過平台監控執法，都需要排污單位提供信息資料。一旦排污單位不配合，或者故意阻撓執法，違法證據就難以取得。對此，《條例》第26條第1款規定，排污單位應當配合生態環境主管部門監督檢查，如實反映情況，並按照要求提供排污許可證、環境管理台賬記錄、排污許可證執行報告、自行監測數據等相關材料。其中，要求排污單位提供環境管理台賬記錄是查清排污單位排污情況的一項重要措施。同時，《條例》第39條規定，如果排污單位拒不配合生態環境主管部門監督檢查或者在接受監督檢查時弄虛作假，將被處2萬元以上20萬元以下的罰款。《條例》上述規定，將對生態環境執法起到有力的促進作用。
三是明確了排污單位自行監測數據與生態環境主管部門現場執法的監測數據不一致時，以生態環境主管部門監測數據為執法依據。
排污單位的自行監測數據與生態環境主管部門現場執法的監測數據不一致時，到底以誰的數據為準，容易產生爭議。《條例》第29條第2款規定，排污單位自行監測數據與生態環境主管部門及其所屬監測機構在行政執法過程中收集的監測數據不一致的，以生態環境主管部門及其所屬監測機構收集的監測數據作為行政執法依據。這就以行政法規的形式確立了生態環境主管部門及其所屬監測機構在行政執法過程中收集的監測數據的效力，有利於保障行政執法的順利開展。
四是通過鼓勵採用污染防治可行技術推動和保障排污單位符合排污許可要求。
要使排污符合許可要求，污染治理技術的先進性是重要保障。《條例》第30條規定，國家鼓勵排污單位採用污染防治可行技術。國務院生態環境主管部門制定並公佈污染防治可行技術指南。排污單位未採用污染防治可行技術的，生態環境主管部門應當根據排污許可證、環境管理台賬記錄、排污許可證執行報告、自行監測數據等相關材料，以及生態環境主管部門及其所屬監測機構在行政執法過程中收集的監測數據，綜合判斷排污單位採用的污染防治技術能否穩定達到排污許可證規定；對不能穩定達到排污許可證規定的，應當提出整改要求，並可以增加檢查頻次。《條例》的這一規定，實現了法律規範與技術要求的銜接，有利於增強排污許可制度的成效。