在亞美尼亞和阿塞拜疆停火協議達成後，納卡地區的歸屬權也終於敲定，挾戰勝之威的阿塞拜疆基本達成了戰前目標，獲得了納卡大部分的領土，而亞美尼亞則不得不割地賠款，一方面將還在本國控制下的多個地區割讓給阿塞拜疆，另一方面據稱還要賠償超過500億的戰爭賠款，這也導致了亞美尼亞國內的強烈反彈。然而在戰場上拿不到的東西，在談判桌上更不可能拿到，無論如何，亞美尼亞人將失去納卡的故土，這對於該國來説無疑是奇恥大辱。
在停戰協議公開之後，大批擔心遭到屠殺或清算的亞美尼亞民眾開始大逃亡，拖家帶口從納卡地區撤回到本土避難，由於歷史上的恩恩怨怨，這些亞美尼亞民眾對阿塞拜疆仇恨如海，在撤退時揚言什麼都不留給敵人，就連自己祖祖輩輩居住的房子都放火燒燬，還誓言未來要打回老家報仇雪恨。還有不少當地民眾拒絕撤退，表示要留下來繼續抵抗，和接收割佔領土的阿塞拜疆軍隊繼續作戰，這使得當地的局勢持續緊張一觸即發。
除了納卡東南部被阿塞拜疆軍隊佔領的部分地區外，亞美尼亞還要將西部和北部的阿格達姆、拉欽等多個城鎮及其周邊區域全部移交給阿塞拜疆，未來亞美尼亞將只能保留納卡首府斯捷潘納克特周圍一小片地區，同時還有亞美尼亞本土到斯捷潘納克特之間的一條只有5公里寬的狹窄走廊，以維持亞美尼亞和斯捷潘納克特地區的陸路通道，其餘的大片地區都將落入阿塞拜疆的手中，可謂是一夜之間滿盤皆輸，比蘇聯剛解體時的局面還要差。
軍事專家指出，納卡地區的亞美尼亞人之所以做出焚燒房屋的激烈舉動，實際上還是由於和阿塞拜疆的歷史恩怨，在歷史上，兩國多次爆發激戰，曾多次發生種族屠殺的悲劇，在此次納卡衝突中，阿塞拜疆軍隊多次曝光了屠殺和虐待亞美尼亞戰俘的事件，這使得亞美尼亞人對於割讓領土之後的前景更為恐懼，因此才會寧願燒掉房子也不留給阿塞拜疆人。專家認為，此次停戰對於兩國來説很可能只是暫時的休戰，輸掉戰爭的一方絕不會善罷甘休，兩國未來可能會爆發更多的血腥衝突。