清道光十五年（公元1835年）夏的一天夜裏，徽州城內的百姓相繼關門熄火上牀睡覺。夜半時分，知府衙門大門口的鼓突然咚咚咚響了起來，緊接着府衙外傳來一陣吵鬧之聲。徽州知府胡圖澹從夢中驚醒，小妾忙起牀給他更衣戴帽。幾分鐘後，胡知府來到大堂，看見大堂內來了七八個百姓，其中有一個被五花大綁的美貌少婦。
胡知府剛剛坐下，一對頭髮花白的老夫婦便搶先喊道：“求青天大老爺為我們夫婦做主，這個賤人秋霞殺了我們的兒子！”説罷，二老在堂上又是哭喊，又是抓住被綁的美貌少婦撕扯起來。衙役們花了很大力氣才將老夫婦拉開，胡知府待二人平靜下來後，問明白了事情的緣由。
原來老頭叫汪有根，老婦人叫吳玉花，被綁着的美貌少婦是他們的兒媳婦方秋霞。老夫婦在半個時辰前發現兒子死在家中，兒子太陽穴上插着媳婦的一根金釵。因此懷疑媳婦用金釵扎死兒子，於是夥同親戚將兒媳婦連夜綁送衙門，請求知府大人為他們做主。
胡知府怒拍驚堂木，對跪在堂下的秋霞説道：“真是最毒婦人心，你為何要用金釵刺死丈夫？還不從實招來？”方秋霞聽罷，抬起頭來哭喊道：“民婦冤枉，民婦當時只想用金釵刺死夫君頭邊的大蜈蚣，誰知夫君他忽然把頭一偏，結果民婦手裏已經刺穿蜈蚣脖頸的金釵又刺進了夫君的太陽穴，這才釀成了大錯，我沒有想過要殺丈夫！”
方秋霞還未説完，一旁的婆婆就咬牙切齒地説道：“你這賤人，分明是你嫌我兒是個殺豬宰羊的屠夫，害死了他你好改嫁他人！大人，您可要為我那苦命兒做主呀！”老婦人説完，又撲過去撕扯方秋霞，堂上頓時又陷入一片混亂之中。胡知府將驚堂木重重地連拍三下，堂下這才停止了騷亂。胡知府當即讓人給方秋霞鬆綁，帶上老夫婦一行到案發現場調查走訪。
胡知府很快來到案發現場，只見卧室之中，昏黃的油燈之下躺着一具年輕男人的屍體，死者雙拳緊握，雙目圓睜，臉部表情充滿了痛苦與憤怒。胡知府讓汪家點燃所有燈燭，卧室內瞬間變得明亮起來，仵作開始檢驗屍體。在死者的頭上，果然發現右邊太陽穴上有個細小的傷口，確為金釵一類的鋭器刺傷。除此之外，死者身上再無其他傷痕。
胡知府當即問方秋霞，讓她將當時的情形再説一遍。方秋霞於是説出了事情的經過：半個時辰前，方秋霞一覺醒來，覺得有些內急，於是便下牀點燈去房角的馬桶小解，當她回來時發現丈夫枕頭邊上有一隻很大的蜈蚣，那條蜈蚣一尺多長，比人的大拇指還要粗，方秋霞嚇得差點叫了起來。為了不驚醒丈夫，免得她被近在咫尺的大蜈蚣咬傷，方秋霞從桌子上拿起睡覺前拔下的金釵，對準大蜈蚣刺去。
方秋霞刺中了大蜈蚣，但由於用力過猛，金釵刺中蜈蚣後在枕頭的竹墊子上打滑，而恰好此時丈夫偏偏翻身過來，金釵就刺中了他的太陽穴。汪仁貴大叫一聲，痛得從夢中驚醒，汪仁貴本能地將金釵拔掉，鮮血便噴湧而出。看到丈夫抱着頭不停地慘叫，方秋霞一時亂了方寸，不知所措地站在牀前。
慘叫聲很快驚動了睡在對面房中的公婆，老兩口趕緊起牀趕了過來，可他們衝進房間時，兒子已經死去。汪老漢和吳老太立即伏在兒子屍體上慟哭起來，最後他們叫來了附近的親戚和本家，全然不顧方秋霞所説的事情經過，將她五花大綁起來，連夜押往知府衙門。
胡知府聽罷方秋霞的講述，心中默默想道：“方秋霞刺中丈夫時，大蜈蚣還在金釵上，如今金釵蜈蚣又在何處呢？”方秋霞兩眼一紅道：“當時我看見夫君拔出金釵後，把它連同那條被刺穿在上面的大蜈蚣起扔在了地上，我想現在那蜈蚣和金釵都應該在這房間裏面吧？”
胡圖澹立即讓眾人仔細尋找，可大夥搬開了桌子、衣櫃，甚至還移開了死者躺着的木牀，最終還是沒有發現金釵和大蜈蚣。汪老漢夫婦冷笑道：“賤人，分明是你蓄意謀殺親夫，才編出這番謊言來的！我們都活到60多歲了，還從來沒見過一尺多長、脊背比男人大拇指寬的大蜈蚣，你想騙誰呢？”
大蜈蚣無法找到，胡知府便説道：“兩位老人説的在理，這世上有這麼大的蜈蚣也很少見。而且既然刺中了大蜈蚣，大蜈蚣又不在屋內。根據本官經驗，這八成是婦人紅杏出牆，謀劃好的蓄意殺夫的血案！這一套周密的謊言，必然是姦夫在背後指使！”
秋霞正要爭辯，一旁的吳老太搶着説道：“知府大人真是英明啊！經大人這一提醒，老婦倒是想起來了，我這兒媳與隔壁開私塾的趙秀才有些瓜葛，左鄰右舍都在背説着他們的閒話，老婦也曾提醒過我兒，可我那老實巴交的兒子就是不相信，結果卻落到今天的下場！”方秋霞天罷大哭道：“我與趙秀才之間是清白的，只不過看在他前年死了女人、又免費收我們家小虎讀書的分上，偶爾為他縫洗衣服表示感謝罷了。”
胡知府當即命人將方秋霞鎖了，然後傳令將趙秀才批捕。方秋霞氣得大罵：“你這個昏官，真是不折不扣的糊塗蛋啊！”胡知府當即將方、趙二人嚴刑拷打，逼他們招供。方秋霞始終不肯承認與趙秀才之間有姦情，倒是趙秀才受不了這皮肉之苦，終於扛不住了，違心地畫押認了罪，並在一天深夜在牢房懸樑自盡了。不過他在尋死前，還是咬破中指在牢房的牆壁上寫了一個斗大的“冤”字。
胡知府見弄出了人命，不敢再繼續逼問方秋霞，於是只得將她關入牢裏。轉眼到了第二年，胡圖澹調往宣州任職，新任徽州知府胡文瑞接任。胡文瑞看了方、趙二人的案卷之後，覺得此案疑點甚多，於是他重新提審了方秋霞，經過提審，胡文瑞認為方秋霞是冤枉的可能性是有的，但金釵和蜈蚣都沒有下落，無法就此斷定方秋霞無罪。
端午節這天中午，曹大人吃過粽子後換上了便服，讓師爺陪他一起去了汪老漢的家。剛走到門口，便聽到了方秋霞兒子小虎的哭喊聲：“救命呀！蜈蚣，好多好多的蜈蚣呀！曹大人趕緊推開虛掩的大門，和師爺一起衝了進去。
來到卧室時，不禁被眼前的情景嚇呆了：卧室的地面上爬行着幾十條大大小小的蜈蚣，方秋霞的兒子小虎手裏抓着一隻吃剩了的雞腿，心驚膽戰地站在木牀上哭喊着，有好幾條蜈蚣眼看就要爬上了牀沿。
情況危急，曹大人和師爺個抄起了掃帚，一個抓起了木棍，向那羣張牙舞爪的蜈蚣砸去，轉眼之間就打死了十多條蜈蚣，其餘的蜈蚣見勢不妙，趕緊四下逃散。不一會兒，地面上只剩下了20來條蜈蚣的屍體。曹大人和師爺剛鬆了口氣，牀上的小虎忽然指着房內方桌再次驚叫道：“大蜈蚣，桌子下還有一條好大的蜈蚣！”
曹大人拖着掃帚走過來，果然看見桌子下閉匐着一條碩大無比的大蜈蚣，足有一尺多長，脊背比男人的大拇指還要寬，更為驚奇的是，那蜈蚣的脖頸上好像還插着一件灰黑色的物什。愣了一下，曹大人臉上立即露出了微笑，興奮地向師爺道：“看來小虎的母親沒有説謊，她所説的大蜈蚣終於出現了！”正説着，小虎的爺爺、奶奶還有幾個鄰居聞聲趕來了。
曹大人趕緊讓汪老漢取來了一個火鉗，小心翼翼地夾起了桌子下面的那條大蜈蚣。奇怪的是這條大蜈蚣竟然一點沒有跑的意思，曹大人把它拿到門口光亮處仔細一瞧，這才發現原來它頸部以下的毛腳已經枯萎，它已經寸步難行了。曹大人很快將大蜈蚣脖子上的物什拔下，只見大蜈蚣的頭部一陣亂顫，很快就一動不動了。曹大人把拔下的物什遞給一旁的吳老太道：“如果我猜得不錯，這就是你兒媳説的那枚金釵吧？”
吳老太將金釵用布擦乾淨後，果然認出了是兒媳婦的金釵沒錯。曹大人告訴眾人，這隻大蜈蚣被刺中脖子之後，拼死逃離了屋子。但這一年來，它的毛腳已經萎縮，無法動彈。如今大蜈蚣又出現在屋子裏，應是其他蜈蚣將其馱來此處。蜈蚣之所以聚集在屋子裏，極有可能是被雞腿的香味吸引，抑或是這間房子本就是它們的家。
在曹大人的指點下，汪家將卧室房內的後牆拆掉，果然在牆腳底下發現一條通往後山的水溝，水溝裏還大大小小蜈蚣數十隻。從現場情況來看，這個蜈蚣窩原來是沒有的，汪家修了這間新的卧房之後，堵住了蜈蚣上山的通道。蜈蚣只得從方秋霞夫婦的卧室內出入，於是便有了大蜈蚣出現在卧室裏的事情。
汪家出事之後，汪老漢夫婦在房子周圍灑上雄黃等物，蜈蚣便不敢再出來。端午時節，大雨將雄黃衝盡，躲藏在屋腳下的蜈蚣聞着雞肉的香味，便從洞中悉數出來。方秋霞的兒子小虎拿着雞肉在卧室裏吃，於是便遭到了蜈蚣的圍攻。正巧這一幕被曹大人撞見，於是便解開了這樁奇案。
最後，曹大人將方秋霞無罪釋放，胡知府判錯大案導致趙秀才死亡，被罷免職務。為避免蜈蚣再次進家，汪家將卧室拆毀，為蜈蚣留出通道。自此，再也沒有出現大量蜈蚣進家的事情。金釵蜈蚣案在當地轟動一時，此案的最初誘因是汪家貪圖小利，多佔了一條溝道，堵住了蜈蚣上下山林的路，這才導致了這一系列案件的發生。
金釵蜈蚣案告誡後人，敬畏自然、敬畏萬物，只有這樣才能實現物與人的平衡，才能夠和諧共生。