清道光十五年（公元1835年）夏的一天夜里，徽州城内的百姓相继关门熄火上床睡觉。夜半时分，知府衙门大门口的鼓突然咚咚咚响了起来，紧接着府衙外传来一阵吵闹之声。徽州知府胡图澹从梦中惊醒，小妾忙起床给他更衣戴帽。几分钟后，胡知府来到大堂，看见大堂内来了七八个百姓，其中有一个被五花大绑的美貌少妇。
胡知府刚刚坐下，一对头发花白的老夫妇便抢先喊道：“求青天大老爷为我们夫妇做主，这个贱人秋霞杀了我们的儿子！”说罢，二老在堂上又是哭喊，又是抓住被绑的美貌少妇撕扯起来。衙役们花了很大力气才将老夫妇拉开，胡知府待二人平静下来后，问明白了事情的缘由。
原来老头叫汪有根，老妇人叫吴玉花，被绑着的美貌少妇是他们的儿媳妇方秋霞。老夫妇在半个时辰前发现儿子死在家中，儿子太阳穴上插着媳妇的一根金钗。因此怀疑媳妇用金钗扎死儿子，于是伙同亲戚将儿媳妇连夜绑送衙门，请求知府大人为他们做主。
胡知府怒拍惊堂木，对跪在堂下的秋霞说道：“真是最毒妇人心，你为何要用金钗刺死丈夫？还不从实招来？”方秋霞听罢，抬起头来哭喊道：“民妇冤枉，民妇当时只想用金钗刺死夫君头边的大蜈蚣，谁知夫君他忽然把头一偏，结果民妇手里已经刺穿蜈蚣脖颈的金钗又刺进了夫君的太阳穴，这才酿成了大错，我没有想过要杀丈夫！”
方秋霞还未说完，一旁的婆婆就咬牙切齿地说道：“你这贱人，分明是你嫌我儿是个杀猪宰羊的屠夫，害死了他你好改嫁他人！大人，您可要为我那苦命儿做主呀！”老妇人说完，又扑过去撕扯方秋霞，堂上顿时又陷入一片混乱之中。胡知府将惊堂木重重地连拍三下，堂下这才停止了骚乱。胡知府当即让人给方秋霞松绑，带上老夫妇一行到案发现场调查走访。
胡知府很快来到案发现场，只见卧室之中，昏黄的油灯之下躺着一具年轻男人的尸体，死者双拳紧握，双目圆睁，脸部表情充满了痛苦与愤怒。胡知府让汪家点燃所有灯烛，卧室内瞬间变得明亮起来，仵作开始检验尸体。在死者的头上，果然发现右边太阳穴上有个细小的伤口，确为金钗一类的锐器刺伤。除此之外，死者身上再无其他伤痕。
胡知府当即问方秋霞，让她将当时的情形再说一遍。方秋霞于是说出了事情的经过：半个时辰前，方秋霞一觉醒来，觉得有些内急，于是便下床点灯去房角的马桶小解，当她回来时发现丈夫枕头边上有一只很大的蜈蚣，那条蜈蚣一尺多长，比人的大拇指还要粗，方秋霞吓得差点叫了起来。为了不惊醒丈夫，免得她被近在咫尺的大蜈蚣咬伤，方秋霞从桌子上拿起睡觉前拔下的金钗，对准大蜈蚣刺去。
方秋霞刺中了大蜈蚣，但由于用力过猛，金钗刺中蜈蚣后在枕头的竹垫子上打滑，而恰好此时丈夫偏偏翻身过来，金钗就刺中了他的太阳穴。汪仁贵大叫一声，痛得从梦中惊醒，汪仁贵本能地将金钗拔掉，鲜血便喷涌而出。看到丈夫抱着头不停地惨叫，方秋霞一时乱了方寸，不知所措地站在床前。
惨叫声很快惊动了睡在对面房中的公婆，老两口赶紧起床赶了过来，可他们冲进房间时，儿子已经死去。汪老汉和吴老太立即伏在儿子尸体上恸哭起来，最后他们叫来了附近的亲戚和本家，全然不顾方秋霞所说的事情经过，将她五花大绑起来，连夜押往知府衙门。
胡知府听罢方秋霞的讲述，心中默默想道：“方秋霞刺中丈夫时，大蜈蚣还在金钗上，如今金钗蜈蚣又在何处呢？”方秋霞两眼一红道：“当时我看见夫君拔出金钗后，把它连同那条被刺穿在上面的大蜈蚣起扔在了地上，我想现在那蜈蚣和金钗都应该在这房间里面吧？”
胡图澹立即让众人仔细寻找，可大伙搬开了桌子、衣柜，甚至还移开了死者躺着的木床，最终还是没有发现金钗和大蜈蚣。汪老汉夫妇冷笑道：“贱人，分明是你蓄意谋杀亲夫，才编出这番谎言来的！我们都活到60多岁了，还从来没见过一尺多长、脊背比男人大拇指宽的大蜈蚣，你想骗谁呢？”
大蜈蚣无法找到，胡知府便说道：“两位老人说的在理，这世上有这么大的蜈蚣也很少见。而且既然刺中了大蜈蚣，大蜈蚣又不在屋内。根据本官经验，这八成是妇人红杏出墙，谋划好的蓄意杀夫的血案！这一套周密的谎言，必然是奸夫在背后指使！”
秋霞正要争辩，一旁的吴老太抢着说道：“知府大人真是英明啊！经大人这一提醒，老妇倒是想起来了，我这儿媳与隔壁开私塾的赵秀才有些瓜葛，左邻右舍都在背说着他们的闲话，老妇也曾提醒过我儿，可我那老实巴交的儿子就是不相信，结果却落到今天的下场！”方秋霞天罢大哭道：“我与赵秀才之间是清白的，只不过看在他前年死了女人、又免费收我们家小虎读书的分上，偶尔为他缝洗衣服表示感谢罢了。”
胡知府当即命人将方秋霞锁了，然后传令将赵秀才批捕。方秋霞气得大骂：“你这个昏官，真是不折不扣的糊涂蛋啊！”胡知府当即将方、赵二人严刑拷打，逼他们招供。方秋霞始终不肯承认与赵秀才之间有奸情，倒是赵秀才受不了这皮肉之苦，终于扛不住了，违心地画押认了罪，并在一天深夜在牢房悬梁自尽了。不过他在寻死前，还是咬破中指在牢房的墙壁上写了一个斗大的“冤”字。
胡知府见弄出了人命，不敢再继续逼问方秋霞，于是只得将她关入牢里。转眼到了第二年，胡图澹调往宣州任职，新任徽州知府胡文瑞接任。胡文瑞看了方、赵二人的案卷之后，觉得此案疑点甚多，于是他重新提审了方秋霞，经过提审，胡文瑞认为方秋霞是冤枉的可能性是有的，但金钗和蜈蚣都没有下落，无法就此断定方秋霞无罪。
端午节这天中午，曹大人吃过粽子后换上了便服，让师爷陪他一起去了汪老汉的家。刚走到门口，便听到了方秋霞儿子小虎的哭喊声：“救命呀！蜈蚣，好多好多的蜈蚣呀！曹大人赶紧推开虚掩的大门，和师爷一起冲了进去。
来到卧室时，不禁被眼前的情景吓呆了：卧室的地面上爬行着几十条大大小小的蜈蚣，方秋霞的儿子小虎手里抓着一只吃剩了的鸡腿，心惊胆战地站在木床上哭喊着，有好几条蜈蚣眼看就要爬上了床沿。
情况危急，曹大人和师爷个抄起了扫帚，一个抓起了木棍，向那群张牙舞爪的蜈蚣砸去，转眼之间就打死了十多条蜈蚣，其余的蜈蚣见势不妙，赶紧四下逃散。不一会儿，地面上只剩下了20来条蜈蚣的尸体。曹大人和师爷刚松了口气，床上的小虎忽然指着房内方桌再次惊叫道：“大蜈蚣，桌子下还有一条好大的蜈蚣！”
曹大人拖着扫帚走过来，果然看见桌子下闭匐着一条硕大无比的大蜈蚣，足有一尺多长，脊背比男人的大拇指还要宽，更为惊奇的是，那蜈蚣的脖颈上好像还插着一件灰黑色的物什。愣了一下，曹大人脸上立即露出了微笑，兴奋地向师爷道：“看来小虎的母亲没有说谎，她所说的大蜈蚣终于出现了！”正说着，小虎的爷爷、奶奶还有几个邻居闻声赶来了。
曹大人赶紧让汪老汉取来了一个火钳，小心翼翼地夹起了桌子下面的那条大蜈蚣。奇怪的是这条大蜈蚣竟然一点没有跑的意思，曹大人把它拿到门口光亮处仔细一瞧，这才发现原来它颈部以下的毛脚已经枯萎，它已经寸步难行了。曹大人很快将大蜈蚣脖子上的物什拔下，只见大蜈蚣的头部一阵乱颤，很快就一动不动了。曹大人把拔下的物什递给一旁的吴老太道：“如果我猜得不错，这就是你儿媳说的那枚金钗吧？”
吴老太将金钗用布擦干净后，果然认出了是儿媳妇的金钗没错。曹大人告诉众人，这只大蜈蚣被刺中脖子之后，拼死逃离了屋子。但这一年来，它的毛脚已经萎缩，无法动弹。如今大蜈蚣又出现在屋子里，应是其他蜈蚣将其驮来此处。蜈蚣之所以聚集在屋子里，极有可能是被鸡腿的香味吸引，抑或是这间房子本就是它们的家。
在曹大人的指点下，汪家将卧室房内的后墙拆掉，果然在墙脚底下发现一条通往后山的水沟，水沟里还大大小小蜈蚣数十只。从现场情况来看，这个蜈蚣窝原来是没有的，汪家修了这间新的卧房之后，堵住了蜈蚣上山的通道。蜈蚣只得从方秋霞夫妇的卧室内出入，于是便有了大蜈蚣出现在卧室里的事情。
汪家出事之后，汪老汉夫妇在房子周围洒上雄黄等物，蜈蚣便不敢再出来。端午时节，大雨将雄黄冲尽，躲藏在屋脚下的蜈蚣闻着鸡肉的香味，便从洞中悉数出来。方秋霞的儿子小虎拿着鸡肉在卧室里吃，于是便遭到了蜈蚣的围攻。正巧这一幕被曹大人撞见，于是便解开了这桩奇案。
最后，曹大人将方秋霞无罪释放，胡知府判错大案导致赵秀才死亡，被罢免职务。为避免蜈蚣再次进家，汪家将卧室拆毁，为蜈蚣留出通道。自此，再也没有出现大量蜈蚣进家的事情。金钗蜈蚣案在当地轰动一时，此案的最初诱因是汪家贪图小利，多占了一条沟道，堵住了蜈蚣上下山林的路，这才导致了这一系列案件的发生。
金钗蜈蚣案告诫后人，敬畏自然、敬畏万物，只有这样才能实现物与人的平衡，才能够和谐共生。