齊秦老婆名叫孫麗雅，小他24歲長得非常漂亮， 四川成都人，畢業於四川藝校。她的家境比較優越，父親是一位地產商。她的嗓音優美動聽，曾參加過某門户網站舉辦的首屆“彩信小姐”大賽並獲得全國前5名。
兩人相識於2005年，一次偶然21歲的孫麗雅加入了齊秦的經紀公司，開始了一段長達5年的“忘年戀”。2010年，他倆在美國喜結連理低調結婚。婚後夫婦倆育有一女一子，寶貝千金齊心已3週歲，寶貝兒子剛2個多月。如今一家四口生活的非常幸福甜蜜，齊秦與嬌妻相濡以沫令圈內朋友羨慕和妒忌
齊秦曾經有過兩段情感糾葛，他的初戀方美芳，台北華國飯店的歌手。他倆相識於1983年，未婚育有一子方偉。幾年後兒子方偉曾給父親下跪3個多小時懇請能與媽媽結婚，但都無濟於事。之後母子兩為了撫養費(1500萬元台幣)與齊秦對簿公堂，後不再往來。驚喜的是在十幾年以後，與兒子隔閡與恩怨煙消雲散，父與子再次感受到歲月無法改變的血脈親情。
齊秦情傷最重的是第二段情感，她就是台灣著名演員王祖賢。這位身着1.72米的高挑身材，長得美如天仙，其舞台形象深入人心的她，出演了多部大家喜歡的影視劇，有“倩女幽魂”、“青蛇”、“美麗上海”、“遊園驚夢”、“東方不敗風雲再起”。
兩人相差6歲，1986年，一起合作《芳草碧連天》生情相戀。時隔一年，為王祖賢量身定做歌曲《大約在冬季》，這首廣為流傳的歌曲見證了兩人的美好愛情。遺憾的是相戀16年的戀人，2002年最終選擇了以分手告終。
齊秦雖然感情經歷比較坎坷，但已過五旬老來得子也是驚喜。寶貝兒子長相虎頭虎腦，與同父異母的哥哥極其相似。