碘131治療總體上很安全治療後一般只有短暫、輕微胃腸道不適和頸部腫脹、疼痛感極個別有噁心、腹瀉、口乾現象。但一般不會引起嘔吐、脱髮、骨髓和性腺抑制等嚴重的毒副反應。河南省腫瘤醫院核醫學科楊輝
通常不會引起不孕也不會增加其他腫瘤的發生幾率。
131I清甲治療的短期副作用（摘自2012中國甲狀腺結節和分化型甲狀腺癌指南問題29）
治療劑量的131I對DTC病灶、殘留甲狀腺組織、鄰近組織和其他可攝碘的正常組織器官形成直接輻射損傷導致不同程度的放射性炎症反應。清甲治療後短期（1-15天）內常見的副作用包括：乏力、頸部腫脹和咽部不適、口乾甚至唾液腺腫痛、味覺改變、鼻淚管阻塞、上腹部不適甚至噁心、泌尿道損傷等。
上述症狀多出現於清甲治療1-5天內常自行緩解無需特殊處置。有研究顯示在131I治療期採用服用酸性糖果、嚼無糖口香糖、按摩唾液腺或補液等措施可減輕唾液腺的輻射損傷[7778]。但近期一項前瞻性、隨機、雙盲、對照研究報道：使用131I後不同時間含服維生素C未明顯改變唾液腺的輻射吸收劑量[79]。
大量飲水、多排尿和服用緩瀉劑等措施可有助於減輕腹腔和盆腔的輻射損傷但需注意引發電解質紊亂的可能性。合併其他慢性疾病和/或高齡DTC患者持續甲減加上清甲後131I的損傷基礎疾病病情可能在短期內加重需密切觀察、及時處理。
另外清甲治療後短期內患者可能出現一些心理方面的改變如無聊感、焦慮、失眠、恐懼等這並非131I的直接損傷而是源於治療實施過程的一些因素（如輻射防護隔離、甲減逐漸加重和其他疾病影響等）