火影忍者手遊中不僅是忍者的調整會影響到一些玩家體驗，就連跟忍者搭配的秘卷和通靈的改動也會有一定的影響。在之前的版本中試水了霸體和解術復秘卷的被動效果，接下來的大版本同樣也會在秘卷的被動效果上做文章，目前根據策劃鹿丸透露的內容，已知的秘卷是查克拉會有被動效果。
簡單來説就是把原本釋放了秘卷後增加兩個奧義點縮減成了一個奧義點，但增加了一個被動的能量條機制。現在還不確定這個能量條的規則，無非就是伴隨着時間增長或者是攻擊對方和被攻擊的時候增長，我個人猜測估計是會跟充能機制一樣，自動的緩慢增長。當能量條集滿以後，就會自動增加一個奧義點。這樣的改動一出，很多玩家認為這是變相的削弱一些依靠查克拉的忍者，比如最近比較熱門的忍界大戰凱。這個忍者帶個查克拉直接四豆，接着就各種開門莽技能，逼出對方的替身以後找準機會就開大。
還有一些玩家擅長使用查克拉雷影、半蛇兜、神卡等等，都是需要藉助查克拉的兩個奧義點來快速釋放奧義，不然就是利用四豆的特殊機制快速打出優勢。但這些打法和優勢都是需要建立在可以瞬間恢復兩個奧義點的查克拉基礎上，在增加被動效果以後，主動釋放的優勢就小了很多。其實，我個人感覺這樣的改動反而是可以讓決鬥場的玩法有更多的變數，甚至是會出現一些更加無解的情況。我簡單舉個例子，當你看到自己的查克拉能量條快要集滿的時候，是不是可以利用手裏的四個奧義點無腦打傷害？這樣在奧義結束後恰好是可以恢復一個奧義點，避免自己一鍵清豆的尷尬局面。
還有一些情況就是當查克拉秘卷還在CD，你卻沒豆了，這個時候被對方抓到是不是可以直接放下手機了？而在增加了被動效果的查克拉上線以後，你就有可能會出現當對方還在連招的過程中，你的能量條就集滿了，這樣手裏就會再次拿到一個奧義點，這樣的場景可能並不多見，但確實存在。通過這樣的對比分析可以看出，查克拉的改動讓本來那些比較依賴四豆的忍者不再那麼無腦，但同樣又給了一些經常一鍵清豆的玩家自救的機會。
至於是否屬於變相削弱一些忍者，這個就見仁見智了，其實除了上面提到的這些忍者以外，即將上架的穢土斑也可能會有一定的影響。因為這個忍者的第一個奧義樹界降臨有抓取，還可以接技能，並且在釋放了第一段的奧義後也有抓取技能和範圍更大的須佐能乎，所以，很多玩家可能也想盡快的拿到四個奧義點，這個時候的查克拉就會有一定的幫助。但在改版後的查克拉上線後，穢土斑的四豆同樣也會變得困難，只能是搭配八連火等秘捲來輔助攻擊了。
其實，查克拉秘卷更多的是在娛樂對戰或者是中低段位活躍，在高段位裏查克拉秘卷的優勢並不大，現在高段位偶爾能看到的查克拉搭配也就是雷影或者忍界大戰凱。