在清朝以前，也就是元明之間，日本相對處於一個比較混亂的局面，各地大名實力強大。北條時宗之後的日本時代，無論是南北朝時期，還是室町時代，乃至後來的戰國時代，從元朝兩次徵日無功而返後，日本接近400多年的時間裏，都沒有一個能夠約束地方大名的強有力中央政府，叛亂、造反頻仍。
在這種混亂局面之下日本社會矛盾加劇，人民生活貧困，被消滅的大名家的流浪武士、平民們只能出海討生活，同時還要加上九州、瀨户內海沿岸的漁民以及土豪，最初這些人只是劫掠中國沿海地區，到後來發展到與內地中國人勾結進行走私或者倭寇貿易。
然而這種情形隨着日本戰國時代的結束，德川幕府成立，江户時代的來臨，逐漸消失。從16世紀中葉開始，隨着葡萄牙、西班牙人東來，天主教開始傳入日本，而天主教的傳播對日本的統治造成了威脅。早在豐臣秀吉時，日本就開始施行“鎖國令”，嚴禁也學以外的其他船隻駛向國外，嚴禁日本人到外國，違者處死。
到了江户時代，德川幕府為了加強中央集權，避免實力大名們通過海外貿易經營來累積對抗幕府的財富，也為了驅逐天主教，避免來自國外勢力的對統治造成的威脅，進一步強化了“鎖國令”。
德川幕府一系列的對外政策，很好地控制住了沿海走私貿易，使得大名無法通過海貿累積大量財富對抗中央，當然這種“鎖國”政策之下，所帶來的貿易衝擊也是巨大的。但好的地方在於，德川幕府得以實現長久的統治，日本自此到“黑船事件”時都沒有爆發過大的動亂。
雖然日本國內社會矛盾依然嚴重，但隨着戰亂的減少，以及強力執行的“鎖國”政策，日本浪人們再也組織不起來對中國沿海的侵襲。
同時，此時的大海至上，已經沒有了日本倭寇的機會，隨着台灣鄭氏家族的覆滅，東南沿海的貿易早已經進入了新時期，實力強大的歐洲各國紛紛參與到這條貿易航線中來，再也不是明朝時那種沒有什麼國家勢力參與的海貿時代了，划着小舢板下海的日本倭寇在大海上弱小得很，根本無力渡到海對面了。
清朝方面，為了對付沿海的敵人（前期主要是鄭氏家族，中後期主要是西夷），從1644年開始一直持續到1683年，清廷對東南沿海各省人民發佈了內遷30-50裏的詔令，嚴禁商民船隻私自下海貿易，犯禁者不論官民，一律處決。
在內陸殺得人頭滾滾的清廷，早已經把東南的士紳海商們嚇得服服帖帖，再也不敢搞走私貿易了，而喪失了中國商人和海盜們財力支持和帶路，即便想要鋌而走險的日本浪人們連大海都過不來，何談侵襲沿海？
世界局勢的突然變化，西方勢力的強勢入侵，一衣帶水的東亞幾個國家同時開啓了“鎖國”政策，他們拱手將大海讓給了歐洲人的同時，自身之間在海面上的利益也就喪失殆盡，缺乏利益支撐的下層海盜，無論是日本的，還是中國的，都對入侵內陸心有餘而力不足。
畢竟到了17世紀以後，東南沿海的海盜們再也形成不了諸如王直、顏思齊、劉香、鄭芝龍那樣動輒間聚攏上百條船而又亦商亦盜的大“海賊王”了。歐洲人的巨炮快船，使得海面上再也沒有能夠聚集起來肆虐的亞洲海盜們的生存空間了。
時代變了，自然倭寇們也就沒有了生存的空間。