雖然曾國藩平定太平天國運動為清王朝做出了不朽的貢獻，但是曾國藩並沒有可憐太平天軍的軍屬和在太平天國統治下百姓。
當湘軍將太平天國最後一座城池安慶城層層圍住的時候，當時的將領曾國荃收到了曾國藩的一封家書，家書中寫到即"克城盡戮，切不可因假仁慈而誤大事"。這是曾國藩給曾國荃下的攻城前的命令。
曾國荃聽令攻城，咸豐十一年八月一日，對安慶城發起總攻。攻城後將安慶城裏所有的軍民全部屠殺，當時的安慶城擁有2萬軍民，且不論太平軍如何，在安慶城裏百姓是無辜的，歷來攻城都是不絞百姓的。
當時的曾國荃心有不忍，多次勸説曾國藩，但曾國藩卻一意孤行。不僅曾國荃心有不忍，湘軍裏還有很多人有所害怕，曾國藩為了穩定曾國荃以及湘軍，又對湘軍下令道"多殺敵"才是軍士之己任。向各位將士宣佈稱太平軍乾的是謀反的勾當。
被屠殺還是手下留情，不然以他們的罪過誅九族都是應該的，曾國藩的本意是不想讓湘軍擁有太大的心理負擔，但是效果並不是很好，曾國藩為了穩定湘軍內部再次追加一旨告令："安慶初克，誅戮城賊殆盡，民心歸屬，大快人心"。這次慢慢地將局勢穩定下來。
曾國藩在安慶城裏屠殺兩萬軍民的事件也被拍成了電影，看過的人無一不潸然淚下。
當曾國攻打南京城之前，他就收到過一封從南京城城裏傳出來的信，這封信是天平天國的將領李秀成寫給曾國藩的，信中李秀成懇請曾國藩能夠對城中的老弱婦孺手下留情，但是曾國藩並沒有接受他的建議。
他對湘軍下達的命令是"城中放出之婦幼一概不收，均遣歸。一則承認飢餓者多，可致其內亂；二則恐賊之眷口因此而得逃生也。"
曾國藩在這兩個城池中的作為，在外國媒體的筆下更加殘忍，1836年6月13日《華北先驅報》中曾這樣記述這次的事件。
他們以一個英國軍人的親眼所見為視角，寫到湘軍在屠殺天平軍的城池時，曾這樣這寫到清軍屠殺的這批人裏不分男女，不分老少，全部屠殺，最小的是剛剛出世的嬰兒。
還是這羣劊子手幫忙接生的，嬰兒到達這個世界不久，就去往另一個世界了，他都沒來得及好好看看這個世界。
幾乎沒有人求饒了，因為他們知道做什麼都是沒有用的，安安靜靜地等待殺戮，很多人的臉上充滿了絕望，只想能夠痛快地死去，很多人都是死不瞑目，瞪着大眼睛。
但是這羣劊子手好像玩得非常開心，爭相想出一些折磨人的招數，在這羣老弱婦孺，青壯年身上嘗試，對屠殺者毫無尊嚴，對很多女人都是先奸後殺，不僅讓女性屈辱的死去，而且對這些女人實行強暴的對象則是一些地痞流氓。
更有甚者將女性的衣服撕扯下去，用刀直插人的胸膛，將心臟捧出，將嬰兒從母親的懷抱中揪出，對其處以酷刑，在這裏好像將殺人作為一種遊戲，英媒將其比做人間地獄。
對百姓都這樣，對被俘的太平軍就更加殘暴，他們用最殘酷的刑罰對待太平軍。將他們綁在樁子上。將他們身上的肉一塊塊的割下。要不放在自己的嘴裏，要不就將肉扔進現場的觀眾之中，最後將這些天平軍渾身插滿箭，讓其感受生活的痛苦。
看着他們鮮血直流，這些劊子手臉上充滿了興奮之情。直到留幹最後一滴血，劊子手用勝利者的嘴臉舉着刀，在他們身上亂砍，直到頭部砍下。這羣可憐的人，才能夠結束痛苦。
如果有一個英國戰士這樣控訴，我們可以認為這是在抹黑中國，抹黑曾國藩，但是還有在一張報紙上也刊登了這次的事件，1862年5月13日《印度泰晤士報》中英軍講述自己親眼目睹的事實。
這位英國人説自己從未見過這樣殘暴的場面，沒有想到中國將士連自己的同胞都能殘忍地殺害，而且殺害都是一些手無縛雞之力的老孫病弱、婦女兒童，手段極其殘忍，簡直顛覆了自己的認知，顛覆了自己對於中國仁、禮的認知。
他認為英國舉全國之力，支持清政府，不惜搜刮百姓的金銀，讓百姓或者貧困的生活，來支持清政府的決定是錯誤的，英國人不屑與清政府為伍，他還號召英國的百姓要換位思考，讓英國民眾能夠更深刻的瞭解清政府的所作所為。
他在最後寫到連陪伴他一起前往的英國軍人都被此情此景嚇暈，可想而知當時曾國藩的軍隊是何其的殘忍。
在這個報道中，外媒將被屠殺的人稱為可憐蟲。確實非常可憐連孕婦都不放過，將肚子裏的孩子挖出來，讓母親看着剛剛出世的孩子慘死在刀下，很多母親都是眼睜睜地看着孩子死去。
對待青壯年，曾國藩的軍隊更加殘暴，幾乎是個個凌遲而死，從日出到日落整整凌遲一天，為了吸引觀眾的注意力，他們甚至將挖下的肉放在自己的口中。
而曾國藩對手下的行為不僅不予制止，反以為榮，為了能夠彰顯自己的能力，曾國藩在奏章裏這樣寫道"每生擒一賊，輒剖腸，剝皮掛樹，磔石"、"僅予梟首不足恨，概令剜目凌遲"、"令兵勇割賊肉生吞"。
這些讓人們看起來感到膽戰心驚，根本無法想象自喻為"半聖"的曾國藩也有如此作為。
曾國藩確實為中國的近代化做出了非凡的貢獻，支撐搖搖欲墜的清政府數十年，令很多人敬佩，但是這些也無法掩蓋曾國藩的殺戮行為，倘若沒有這份國外報紙揭露了曾國藩令人髮指的殘暴一面，我們永遠不會知道完人曾國藩如此不完。