明朝崇禎初年，袁崇煥守寧遠，毛文龍駐皮島，分別居於後金的一前一後，使其不敢輕動。崇禎二年（1629年）六月，薊遼督師袁崇煥赴皮島，持尚方寶劍矯詔殺死官居正一品的左都督、平遼總兵官毛文龍，這件事對後來明朝滅亡產生了至關重要的影響，主要有如下三點：
第一，使後金軍從此無後顧之憂，可以肆意南下
毛文龍生前的皮島，可以與寧遠對後金形成前後夾擊之勢，如天啓六年的寧遠大捷，努爾哈赤大舉進攻寧遠五天後就不得不撤兵，直接原因便是毛文龍出兵，威脅到了後金的大本營遼陽。
毛文龍死後，皮島明軍成為一盤散沙，再也無法對後金形成威脅。僅僅在其死後四個月，皇太極就率領幾乎所有的八旗兵馬，繞道蒙古草原的龍井關、洪山口、大安口，平生第一次攻入長城以南，並在短短的一個月內，迅速攻陷遵化、三屯營、遷安等城，繞過薊州，兵圍京師。雖然皇太極不久即被趕來勤王的袁崇煥、西南土司狼兵等擊敗，退回關外，但從此卻掀開了八旗大軍頻繁入關劫掠的序幕。
第二，袁崇煥被崇禎皇帝下獄處死，致使明朝寧錦邊軍失去了最後一任有威望的統帥
武將地位低下是明朝最嚴重的弊病之一，袁崇煥是進士出身的文官，對毛文龍這樣不服管教的武將是相當瞧不上的，他當時的官職僅是二品，而毛文龍卻是一品，但他就是敢矯詔擅殺。其實在殺毛文龍之前，袁崇煥就沒有清楚認識到他的作用，否則也不會在後金攻打毛文龍時，拒不救援，以致他只能從陸地敗退到皮島。
毛文龍被殺之後，袁崇煥是何等的意氣風發，認為自己是為明朝除掉了一個禍害，但他怎麼也不會想到，就在他千里奔襲，解圍京師之後，當即就被崇禎皇帝投入監獄，罪名之一就是擅殺毛文龍。崇禎三年（1630年）八月，袁崇煥被凌遲處死，家人被流徙三千里，並抄沒家產。
袁崇煥是明末寧錦邊軍中最後一任威望足夠的統帥，他死後的邊軍陷入各自為戰的境地，對後金軍的抵禦能力也大大降低。
第三，毛文龍之死，讓明朝大批武將對朝廷失去信任，紛紛投降後金
毛文龍死後幾年間，他的三個養孫孔有德、耿仲明、尚可喜先後投降後金，被封為“三順王”。而後崇禎又以擅殺毛文龍的理由處死了袁崇煥，讓寧遠駐守寧遠的洪承疇、祖大壽等人大為失望，在袁崇煥還沒被處死的時候，祖大壽就憤而率軍出走，後來這些人也都投降了後金。
這些投降的原明朝將領，在跟隨多爾袞入關後，成了清軍攻城略地，追擊李自成殘部，消滅南明的急先鋒，可以説清朝一大半的江山都是這些人打下來的。